Thierry Wirth, Philip Supply, Stefan Niemann and colleagues analyze 4,987 Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing lineage isolated from 99 countries. They report whole-genome sequencing of 110 representative strains, characterize global population structure and reconstruct the evolutionary history of this lineage. Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing lineage are globally distributed and are associated with the massive spread of multidrug-resistant (MDR) tuberculosis in Eurasia. Here we reconstructed the biogeographical structure and evolutionary history of this lineage by genetic analysis of 4,987 isolates from 99 countries and whole-genome sequencing of 110 representative isolates. We show that this lineage initially originated in the Far East, from where it radiated worldwide in several waves. We detected successive increases in population size for this pathogen over the last 200 years, practically coinciding with the Industrial Revolution, the First World War and HIV epidemics. Two MDR clones of this lineage started to spread throughout central Asia and Russia concomitantly with the collapse of the public health system in the former Soviet Union. Mutations identified in genes putatively under positive selection and associated with virulence might have favored the expansion of the most successful branches of the lineage.

Generalist and specialist species differ in the breadth of their ecological niches. Little is known about the niche width of obligate human pathogens. Here we analyzed a global collection of Mycobacterium tuberculosis lineage 4 clinical isolates, the most geographically widespread cause of human tuberculosis. We show that lineage 4 comprises globally distributed and geographically restricted sublineages, suggesting a distinction between generalists and specialists. Population genomic analyses showed that, whereas the majority of human T cell epitopes were conserved in all sublineages, the proportion of variable epitopes was higher in generalists. Our data further support a European origin for the most common generalist sublineage. Hence, the global success of lineage 4 reflects distinct strategies adopted by different sublineages and the influence of human migration.

The clinical phenotype of zoonotic tuberculosis, its contribution to the global burden of disease and prevalence is poorly understood and probably underestimated. This is partly because currently available laboratory and in silico tools have not been calibrated to accurately distinguish between all subspecies of the Mycobacterium tuberculosis complex (Mtbc). We here present the first such tool, SNPs to Identify TB (SNP-IT). Applying SNP-IT to a collection of clinical genomes from a UK reference laboratory, we demonstrate an unexpectedly high number of M. orygis isolates. These are seen at a similar rate to M. bovis which attracts much health protection resource and yet M. orygis cases have not been previously described in the UK. From an international perspective it is likely that M. orygis is an underestimated zoonosis. As whole genome sequencing is increasingly integrated into the clinical setting, accurate subspecies identification with SNP-IT will allow the clinical phenotype, host range and transmission mechanisms of subspecies of the Mtbc to be studied in greater detail.

Abstract Objectives Chest x‐ray (CXR) plays an important role in childhood tuberculosis (TB) diagnosis, but access to quality CXR remains a major challenge in resource‐limited settings. Digital CXR (d‐CXR) can solve some image quality issues and facilitate their transfer for quality control. We assess the implementation of introducing d‐CXR in 12 district hospitals (DHs) in 2021–2022 across Cambodia, Cameroon, Ivory Coast, Mozambique, Sierra Leone and Uganda as part of the TB‐speed decentralisation study on childhood TB diagnosis. Methods For digitisation of CXR, digital radiography (DR) plates were setup on existing analogue radiography devices. d‐CXR were transferred to an international server at Bordeaux University and downloaded by sites' clinicians for interpretation. We assessed the uptake and performance of CXR services and health care workers' (HCW) perceptions of d‐CXR implementation. We used a convergent mixed method approach utilising process data, individual interviews with 113 HCWs involved in performing or interpreting d‐CXRs and site support supervision reports. Results Of 3104 children with presumptive TB, 1642 (52.9%) had at least one d‐CXR, including 1505, 136 and 1 children with one, two and three d‐CXRs, respectively, resulting in a total of 1780 d‐CXR. Of them, 1773 (99.6%) were of good quality and 1772/1773 (99.9%) were interpreted by sites' clinicians. One hundred and sixty‐four children had no d‐CXR performed despite attending the radiography department: 126, 37 and 1 with one, two and three attempts, respectively. d‐CXRs were not performed in 21.6% (44/203) due to connectivity problem between the DR plate captor and the computer. HCW reported good perceptions of d‐CXR and of the DR plates provided. The main challenge was the upload to and download from the server of d‐CXRs due to limited internet access. Conclusion d‐CXR using DR plates was feasible at DH level and provided good quality images but required overcoming operational challenges.