Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
WI
William Irving
Author with expertise in Hepatitis C Infection and Treatment
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
13
(77% Open Access)
Cited by:
1,523
h-index:
48
/
i10-index:
162
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Impact of direct acting antiviral therapy in patients with chronic hepatitis C and decompensated cirrhosis

Graham Foster et al.Jan 30, 2016
All oral direct acting antivirals (DAAs) effectively treat chronic hepatitis C virus (HCV) infection, but the benefits in advanced liver disease are unclear. We compared outcomes in treated and untreated patients with decompensated cirrhosis.Patients with HCV and decompensated cirrhosis or at risk of irreversible disease were treated in an expanded access programme (EAP) in 2014. Treatment, by clinician choice, was with sofosbuvir, ledipasvir or daclatasvir, with or without ribavirin. For functional outcome comparison, untreated patients with HCV and decompensated cirrhosis who were registered on a database 6months before treatment was available were retrospectively studied. Primary endpoint was sustained virological response 12weeks post antiviral treatment (treated cohort) and the secondary endpoint (both cohorts) was adverse outcomes (worsening in MELD score or serious adverse event) within 6months.467 patients received treatment (409 decompensated cirrhosis). Viral clearance was achieved in 381 patients (81.6%) - 209 from 231 (90.5%) with genotype 1 and 132 from 192 (68.8%) with genotype 3. MELD scores improved in treated patients (mean change -0.85) but worsened in untreated patients (mean+0.75) (p<0.0001). Patients with initial serum albumin <35g/L, aged >65 or with low (<135mmol/L) baseline serum sodium concentrations were least likely to benefit from therapy.All oral DAAs effectively cured HCV in patients with advanced liver disease. Viral clearance was associated with improvement in liver function within 6months compared to untreated patients. The longer term impact of HCV treatment in patients with decompensated cirrhosis remains to be determined.
0

Outcomes after successful direct-acting antiviral therapy for patients with chronic hepatitis C and decompensated cirrhosis

Michelle Cheung et al.Jul 5, 2016
Direct-acting antivirals have become widely used for patients with chronic hepatitis C virus infection with decompensated cirrhosis. Virological responses are excellent and early improvements in liver function, at least in a proportion of patients, have been observed but the longer term impact of viral clearance on end-stage liver disease complications is unclear.Prospective study of patients with decompensated cirrhosis who received 12weeks of all-oral direct-acting antivirals through the English Expanded Access Programme. Endpoints were deaths, liver transplantation, hepatocellular carcinoma, serious decompensation events, sepsis or hospitalisations, and MELD scores between start of therapy to 15months post-treatment start. An untreated cohort of patients was retrospectively studied over 6months for comparison.Amongst 317/406 patients who achieved sustained virological response at 24weeks post-treatment, there were 9 deaths (3%), 17 new liver cancers (5%), 39 transplantations (12%) and 52 with serious decompensations (16%), over 15months. When compared to the first six months from treatment start and to untreated patients, there was a reduction in incidence of decompensations [30/406 (7%) in months 6-15 and 72/406 (18%) in months 0-6 for treated patients vs. 73/261 (28%) in untreated patients]. There was no significant difference in liver cancer incidence (10/406 (2.5%) in months 6-15 and 17/406 (4%) in months 0-6 for treated patients vs. 11/261 (4%) in untreated patients).This study suggests that antiviral therapy in patients with decompensated cirrhosis led to prolonged improvement in liver function, with no evidence of paradoxical adverse impact nor increase in liver malignancy.This is a report of a large group of patients in England who have hepatitis C virus (HCV) infection with advanced liver disease. They have been treated with new anti-HCV drugs, which cured the infection in the majority. This study looks at their outcomes a year following treatment, in terms of deaths, cancers and other complications of advanced liver disease. We conclude that in most patients anti-HCV treatment is beneficial even in advanced liver disease.
0

aMAP risk score predicts hepatocellular carcinoma development in patients with chronic hepatitis

Rong Fan et al.Jul 21, 2020
•In total, 17,374 patients with viral and non-viral hepatitis from 11 global prospective cohorts/trials were studied.•An HCC risk score (called the aMAP score, ranging from 0 to 100), which involves only age, male, albumin–bilirubin and platelet data, was developed and validated.•The aMAP score had excellent discrimination and calibration in assessing the 5-year HCC risk irrespective of aetiology and ethnicity.•Patients with aMAP score <50, accounting for 44% of overall population, had an HCC incidence of <0.2% per year. Background & AimsHepatocellular carcinoma (HCC) is the leading cause of death in patients with chronic hepatitis. In this international collaboration, we sought to develop a global universal HCC risk score to predict the HCC development for patients with chronic hepatitis.MethodsA total of 17,374 patients, comprising 10,578 treated Asian patients with chronic hepatitis B (CHB), 2,510 treated Caucasian patients with CHB, 3,566 treated patients with hepatitis C virus (including 2,489 patients with cirrhosis achieving a sustained virological response) and 720 patients with non-viral hepatitis (NVH) from 11 international prospective observational cohorts or randomised controlled trials, were divided into a training cohort (3,688 Asian patients with CHB) and 9 validation cohorts with different aetiologies and ethnicities (n = 13,686).ResultsWe developed an HCC risk score, called the aMAP score (ranging from 0 to 100), that involves only age, male, albumin–bilirubin and platelets. This metric performed excellently in assessing HCC risk not only in patients with hepatitis of different aetiologies, but also in those with different ethnicities (C-index: 0.82–0.87). Cut-off values of 50 and 60 were best for discriminating HCC risk. The 3- or 5-year cumulative incidences of HCC were 0–0.8%, 1.5–4.8%, and 8.1–19.9% in the low- (n = 7,413, 43.6%), medium- (n = 6,529, 38.4%), and high-risk (n = 3,044, 17.9%) groups, respectively. The cut-off value of 50 was associated with a sensitivity of 85.7–100% and a negative predictive value of 99.3–100%. The cut-off value of 60 resulted in a specificity of 56.6–95.8% and a positive predictive value of 6.6–15.7%.ConclusionsThis objective, simple, reliable risk score based on 5 common parameters accurately predicted HCC development, regardless of aetiology and ethnicity, which could help to establish a risk score-guided HCC surveillance strategy worldwide.Lay summaryIn this international collaboration, we developed and externally validated a simple, objective and accurate prognostic tool (called the aMAP score), that involves only age, male, albumin–bilirubin and platelets. The aMAP score (ranged from 0 to 100) satisfactorily predicted the risk of hepatocellular carcinoma (HCC) development among over 17,000 patients with viral and non-viral hepatitis from 11 global prospective studies. Our findings show that the aMAP score had excellent discrimination and calibration in assessing the 5-year HCC risk among all the cohorts irrespective of aetiology and ethnicity. Hepatocellular carcinoma (HCC) is the leading cause of death in patients with chronic hepatitis. In this international collaboration, we sought to develop a global universal HCC risk score to predict the HCC development for patients with chronic hepatitis. A total of 17,374 patients, comprising 10,578 treated Asian patients with chronic hepatitis B (CHB), 2,510 treated Caucasian patients with CHB, 3,566 treated patients with hepatitis C virus (including 2,489 patients with cirrhosis achieving a sustained virological response) and 720 patients with non-viral hepatitis (NVH) from 11 international prospective observational cohorts or randomised controlled trials, were divided into a training cohort (3,688 Asian patients with CHB) and 9 validation cohorts with different aetiologies and ethnicities (n = 13,686). We developed an HCC risk score, called the aMAP score (ranging from 0 to 100), that involves only age, male, albumin–bilirubin and platelets. This metric performed excellently in assessing HCC risk not only in patients with hepatitis of different aetiologies, but also in those with different ethnicities (C-index: 0.82–0.87). Cut-off values of 50 and 60 were best for discriminating HCC risk. The 3- or 5-year cumulative incidences of HCC were 0–0.8%, 1.5–4.8%, and 8.1–19.9% in the low- (n = 7,413, 43.6%), medium- (n = 6,529, 38.4%), and high-risk (n = 3,044, 17.9%) groups, respectively. The cut-off value of 50 was associated with a sensitivity of 85.7–100% and a negative predictive value of 99.3–100%. The cut-off value of 60 resulted in a specificity of 56.6–95.8% and a positive predictive value of 6.6–15.7%. This objective, simple, reliable risk score based on 5 common parameters accurately predicted HCC development, regardless of aetiology and ethnicity, which could help to establish a risk score-guided HCC surveillance strategy worldwide.
0
Citation238
0
Save
3

Impact of virus subtype and host IFNL4 genotype on large-scale RNA structure formation in the genome of hepatitis C virus

Peter Simmonds et al.Jun 17, 2020
ABSTRACT Mechanisms underlying the ability of hepatitis C virus (HCV) to establish persistent infections and induce progressive liver disease remain poorly understood. HCV is one of several positive-stranded RNA viruses capable of establishing persistence in their immunocompetent vertebrate hosts, an attribute associated with formation of large scale RNA structure in their genomic RNA. We developed novel methods to analyse and visualise genome-scale ordered RNA structure (GORS) predicted from the increasingly large datasets of complete genome sequences of HCV. Structurally conserved RNA secondary structure in coding regions of HCV localised exclusively to polyprotein ends (core, NS5B). Coding regions elsewhere were also intensely structured based on elevated minimum folding energy difference (MFED) values, but the actual stem-loop elements involved in genome folding were structurally entirely distinct, even between subtypes 1a and 1b. Dynamic remodelling was further evident from comparison of HCV strains in different host genetic background. Significantly higher MFED values, greater suppression of UpA dinucleotide frequencies and restricted diversification were found in subjects with the TT genotype of the rs12979860 SNP in the IFNL4 gene compared to the CC (non-expressing) allele. These structural and compositional associations with expression of interferon-λ4 were recapitulated on a larger scale by higher MFED values and greater UpA suppression of genotype 1 compared to genotype 3a, associated with previously reported HCV genotype-associated differences in hepatic interferon-stimulated gene induction. Associations between innate cellular responses with HCV structure and further evolutionary constraints represents an important new element in RNA virus evolution and the adaptive interplay between virus and host.
3
Citation2
0
Save
0

Reconstruction of the historic time course of blood‐borne virus contamination of clotting factor concentrates, 1974–1992

C. McClure et al.Jul 1, 2024
Abstract Factor VIII and IX clotting factor concentrates manufactured from pooled plasma have been identified as potent sources of virus infection in persons with hemophilia (PWHs) in the 1970s and 1980s. To investigate the range and diversity of viruses over this period, we analysed 24 clotting factor concentrates for several blood‐borne viruses. Nucleic acid was extracted from 14 commercially produced clotting factors and 10 from nonremunerated donors, preserved in lyophilized form (expiry dates: 1974–1992). Clotting factors were tested by commercial and in‐house quantitative PCRs for blood‐borne viruses hepatitis A, B, C and E viruses (HAV, HBV, HCV, HEV), HIV‐ types 1/2, parvoviruses B19V and PARV4, and human pegiviruses types 1 and 2 (HPgV‐1,‐2). HCV and HPgV‐1 were the most frequently detected viruses (both 14/24 tested) primarily in commercial clotting factors, with frequently extremely high viral loads in the late 1970s–1985 and a diverse range of HCV genotypes. Detection frequencies sharply declined following introduction of virus inactivation. HIV‐1, HBV, and HAV were less frequently detected (3/24, 1/24, and 1/24 respectively); none were positive for HEV. Contrastingly, B19V and PARV4 were detected throughout the study period, even after introduction of dry heat treatment, consistent with ongoing documented transmission to PWHs into the early 1990s. While hemophilia treatment is now largely based on recombinant factor VIII/IX in the UK and elsewhere, the comprehensive screen of historical plasma‐derived clotting factors reveals extensive exposure of PWHs to blood‐borne viruses throughout 1970s‐early 1990s, and the epidemiological and manufacturing parameters that influenced clotting factor contamination.
0
Citation1
0
Save
3

Viral genome wide association study identifies novel hepatitis C virus polymorphisms associated with sofosbuvir treatment failure

David Smith et al.May 5, 2020
Abstract Chronic hepatitis C virus (HCV) infection is a major cause of chronic liver disease, cirrhosis and hepatocellular carcinoma worldwide. With the recent development of direct acting antivirals (DAA), treatment of chronically infected patients has become highly effective although a subset of patients do not respond to therapy. Sofosbuvir is a common component of current de novo or salvage combination therapies. We used pre-treatment whole genome sequencing of HCV from 507 patients infected with HCV subtype 3a and treated with sofosbuvir containing regimens to detect viral polymorphisms associated with response to treatment. We found that three common polymorphisms present in HCV NS2 and NS3 proteins (not direct targets of sofosbuvir) were associated with reduced treatment response. These polymorphisms were enriched in post-treatment HCV sequences of patients unresponsive to treatment; they were also associated with lower reductions in viral load in the first week of therapy. The finding of polymorphisms in NS2 and NS3 proteins associated with poor treatment outcomes emphasises the value of more systematic genome-wide analyses of HCV in uncovering indirect but clinically relevant mechanisms of antiviral resistance.
0

Coxsackievirus A6 U.K. Genetic and Clinical Epidemiology Pre- and Post-SARS-CoV-2 Emergence

Anna Joyce et al.Nov 20, 2024
Coxsackievirus A6 (CVA6) has become increasingly clinically relevant as a cause of Hand, Foot and Mouth Disease (HFMD) globally since 2008. However, most laboratories do not routinely determine the enteroviral type of positive samples. The non-pharmaceutical measures introduced to curb transmission during the COVID-19 pandemic may also have perturbed CVA6 epidemiology. We thus aimed to determine the prevalence, clinical presentation and genetic relationship of CVA6 across three complete epidemic seasons: one pre-SARS-CoV-2 emergence and two post-SARS-CoV-2 emergence in our regional healthcare setting. Surplus diagnostic nucleic acid from diagnosed enteroviral positives diagnosed between September and December of 2018 and between May 2021 and April of 2023 was subject to VP1 gene sequencing to determine the CVA6 cases and interrogate their phylogenetic relationship. The confirmed CVA6 cases were also retrospectively clinically audited. CVA6 infections were identified in 33 and 69 individuals pre- and post-pandemic, respectively, with cases peaking in November of 2018 and 2022, but in October of 2021. HFMD was the primary diagnosis in 85.5% of the post-pandemic cases, but only 69.7% of the pre-pandemic cases, where respiratory and neurological symptoms (45.5% and 12.1%, respectively) were significantly elevated. A complete VP1 sequence was retrieved for 94% of the CVA6 cases, revealing that studied infections were genetically diverse and suggestive of multiple local and international transmission chains. CVA6 presented a significant clinical burden in our regional U.K. hospital setting both pre- and post-pandemic and was subject to dynamic clinical and genetic epidemiology.
Load More