Abstract Scarce studies on microbial diversity in tropical caves have been published, a subterranean system still neglected from a microbiological point of view. Although most published studies are about temperate caves, usually archaeas and fungi have less attention than bacterial communities. Here, the microbiome structure and composition in a tropical cave system, as well the main environmental drivers, were studied during the wet and dry season. Soil and sediments from three different habitats at the cave (surface, entrance cave and dark zone) were sampled. Samples were characterized (temperature, air and substrate humidity, salinity, pH, nitrogen and organic carbon content, and chemical composition) and the microbiome was assessed by high-throughput sequencing, using amplicon sequencing (16S and ITS). Prokaryotic communities were dominated by Halobacteria, Actinobacteria and Bacilli , while fungal communities showed high abundance of Sordariomycetes . Microbiomes from the cave entrance, where a significantly elevated salinity levels were found, supported up to 63% of Haloarchaea compared to the other habitats studied. Differences in community structure were significant between habitats, but no influence of the season was observed. Main environmental drivers of community assembly included nitrogen and organic carbon content, temperature, and salinity. This is the first report of Halobacteria dominance in cave habitats, where they likely play important roles in nitrogen and phosphorus cycles. The cave entrance had lower diversity, but higher degree of microbial endemism, which characterize it as an important cave ecotone. The prevalence of heterotrophic microbial groups implies trophic structure based on detritivores, particularly in the dark zones. Our study brings new insights on microbiome composition in the underexplored tropical cave habitats.

Glass knifefish (Eigenmannia) are a group of nocturnal weakly electric fishes found throughout the Amazon basin. We made recordings of the electric fields of two populations of freely behaving Eigenmannia in their natural habitats: a troglobitic population of blind cavefish (Eigenmannia vicentespelaea) and a nearby epigean population (Eigenmannia trilineata). These recordings were made using a grid of electrodes to determine the movements of individual fish in relation to their electrosensory behaviors. Cavefish showed continuous evidence of territoriality whereas epigean fish modulated their social behavior in response to diurnal cues. Surprisingly, we routinely found nearby surface fish but not cavefish with sustained differences in electric field frequencies that were below 10 Hz. Such low-frequency differences in electric field frequencies should both cause detrimental sensory interference and trigger the jamming avoidance response. Both surface fish and cavefish showed significant interactions between their electric field frequencies and relative movements at unexpectedly large distances, of at least two meters, and at high differences in frequencies, often greater than 50 Hz.

Abstract The Carajás region is home to the largest number of iron caves in Brazil, but studies that integrate elements of biological diversity and landscape characteristics are scarce. We present the first study based on the bat cave vulnerability index (BCVI), which uses bats as a key species for prioritizing caves in South America, whose objective was to assess the biotic potential and vulnerability of caves in the Carajás region, determining priority sites and the most effective conservation actions. The study took place from August 2021 to March 2023, where an inventory of the chiropterofauna of 12 caves was carried out. We recorded 16 bat species, two of which are vulnerable to extinction – Furipterus horrens (Cuvier, 1828) and Natalus macrourus (Gervais, 1856) – and two endemics to the Amazon region – Hsunycteris aff. thomasi (Allen, 1904) and Phyllostomus latifolius (Thomas, 1901); as well as one species with insufficient data to delimit its endemicity or threat status (Lonchophyllinae sp.). Mining is the main anthropogenic activity in the region, but tourism is also present and acts as a potential source of disturbance to the caves. The BCVI revealed three high priority caves for conservation and four with medium priority, indicating that these habitats are vulnerable to species loss and population decline due to exposure to anthropogenic activities and habitat destruction, thus requiring more effective conservation strategies. Considering the uniqueness of the subterranean habitats, we recommend re‐evaluating the proposals for expanding mining activities, implementing controlled tourist visitation plans and conducting ecological studies and long‐term monitoring.

Rhamdiopsis krugi is a highly specialized troglobitic (exclusively subterranean) catfish endemic to the phreatic water bodies of twelve caves located within two separated metasedimentary basins in the region of Chapada Diamantina, Bahia state, Brazil. This species is included in the List of Endangered Fauna of Brazil, under the Vulnerable category—VU. In general, troglobites have different strategies for searching for food and reproductive partners, as well as unique behaviors. Knowledge of the reproductive periods, as well as its feeding habits, provides fundamental data for effective protection and species conservation. Biological aspects related to feeding habits and reproduction of R. krugi were addressed across six annual cycles, considering both dry and rainy seasons. For this, stomach content analysis, using the frequency of occurrence and volumetric index methods, as well as observation of the sex ratio and stage of maturation of the gonads were carried out for 148 individuals of R. krugi sampled in eight caves in Chapada Diamantina. Stomach volumes correlated with reproduction aspects across the dry and rainy seasons. These populations showed opportunistic carnivorous feeding habits, consuming both autochthonous and allochthonous items, with a preference for foraging in submerged guano deposits, which demonstrates the catfish’s strong dependence on bats. Regarding sex ratios, there was no marked seasonality; however, in rainy seasons, there was a higher proportion of maturing females, showing a reproductive tendency. During these periods, there was also a significantly higher number of stomachs with contents, showing seasonality in the diet. Specialized diet and dependence on rainy periods, especially in diet, corroborate the fragility of R. krugi, especially considering the changes in rainfall regimes in Brazil, with dry seasons exceeding eight months per year in the last ten years.