SO
Sandra O’Keefe
Author with expertise in Classification and Treatment of Cutaneous Lymphomas
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(29% Open Access)
Cited by:
737
h-index:
16
/
i10-index:
20
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Characterization of the Gut Microbiome Using 16S or Shotgun Metagenomics

Juan Jovel et al.Apr 20, 2016
+8
W
J
J
The advent of next generation sequencing (NGS) has enabled investigations of the gut microbiome with unprecedented resolution and throughput. This has stimulated the development of sophisticated bioinformatics tools to analyze the massive amounts of data generated. Researchers therefore need a clear understanding of the key concepts required for the design, execution and interpretation of NGS experiments on microbiomes. We conducted a literature review and used our own data to determine which approaches work best. The two main approaches for analyzing the microbiome, 16S ribosomal RNA (rRNA) gene amplicons and shotgun metagenomics, are illustrated with analyses of libraries designed to highlight their strengths and weaknesses. Several methods for taxonomic classification of bacterial sequences are discussed. We present simulations to assess the number of sequences that are required to perform reliable appraisals of bacterial community structure. To the extent that fluctuations in the diversity of gut bacterial populations correlate with health and disease, we emphasize various techniques for the analysis of bacterial communities within samples (α-diversity) and between samples (β-diversity). Finally, we demonstrate techniques to infer the metabolic capabilities of a bacteria community from these 16S and shotgun data.
0
Citation736
0
Save
4

Transcriptomic Changes During Stage Progression of Mycosis Fungoides

Maggie Xiao et al.Apr 21, 2021
+4
A
D
M
Abstract Background Mycosis fungoides (MF) is the most common cutaneous T cell lymphoma, which in the early patch/plaque stages runs an indolent course. However, ~25% of MF patients develop skin tumors, a hallmark of progression to the advanced stage and associated with high mortality. The mechanisms involved in stage progression are poorly elucidated. Methods We performed whole-transcriptome and whole-exome sequencing of malignant MF cells from skin biopsies obtained by laser-capture microdissection. We compared three types of MF lesions: early-stage plaques (ESP, n=12), and plaques and tumors from patients in late-stage disease (late-stage plaques, LSP, n=10, and tumors, TMR, n=15). Gene Ontology (GO) and KEGG analysis were used to determine pathway changes specific for different lesions which we linked to the recurrent somatic mutations overrepresented in MF tumors. Results The key upregulated pathways during stage progression were those related to cell proliferation and survival (MEK/ERK, Akt-mTOR), Th2/Th9 signaling (IL4, STAT3, STAT5, STAT6), meiomitosis (CT45A1, CT45A3, STAG3, GTSF1, and REC8) and DNA repair (PARP1, MYCN, OGG1). Principal coordinate clustering of the transcriptome revealed extensive gene expression differences between early (ESP) and advanced-stage lesions (LSP and TMR). LSP and TMR showed remarkable similarities at the level of the transcriptome, which we interpreted as evidence of cell percolation between lesions via hematogenous self-seeding. Conclusion Stage progression in MF is associated with Th2/Th9 polarization of malignant cells, activation of proliferation, survival, as well as increased genomic instability. Global transcriptomic changes in multiple lesions are probably caused by hematogenous cell percolation between discrete skin lesions.
4
Citation1
0
Save
0

The neoantigen landscape of mycosis fungoides

Arunima Sivanand et al.Jan 29, 2020
+4
A
D
A
Background: Mycosis fungoides (MF), the most common type of cutaneous T-cell lymphoma, has a dismal prognosis in advanced stages. Treatments for advanced disease are mostly palliative and MF remains incurable. Although MF is a known immunogenic neoplasm, immunotherapies such as interferons and the immune checkpoint inhibitors yield inconsistent results. Since the number, HLA-binding strength and subclonality of neoantigens are correlated with the therapeutic responses, we aimed here to characterize the landscape of neoantigens in MF. Methods: We conducted whole exome and whole transcriptome sequencing of 24 MF samples (16 plaque, 8 tumour) from 13 patients. Bioinformatic pipelines (Mutect2, OptiType, MuPeXi) were used for in silico mutation calling, HLA typing, and neoantigen prediction. Phylogenetic analysis was used to subdivide the malignant cell population into stem and clades (subclones). Clonality of neaontigens was determined by matching neoantigens to the stem and clades of the phylogenetic tree of each MF sample. Results: MF has a high mutational load (median 3217 non synonymous mutations), resulting in a significant number of total neoantigens (median 1309 per sample) and high-affinity neoantigens (median 328). In stage I disease most neoantigens were clonal but with progression to stage II, subclonal neoantigens comprised >50% of the total. There was very little overlap in neoantigens across patients or between different lesions on the same patient, indicating a high degree of genetic heterogeneity. Conclusions: Analysis of the neoantigen landscape of MF revealed a very high neoantigen load and thus a significant immunogenic potential of this lymphoma. However, neoantigenic heterogeneity and significant subclonality might limit the efficacy of immunotherapy. We hypothesize that neoantigen number and subclonality might be useful biomarkers determining sensitivity to immunotherapeutic strategies.
0

Branched evolution and genomic intratumor heterogeneity in the pathogenesis of cutaneous T-cell lymphoma

Aishwarya Iyer et al.Oct 15, 2019
+4
S
D
A
Mycosis fungoides (MF) is a slowly progressive cutaneous T-cell lymphoma (CTCL) for which there is no cure. In the early plaque stage the disease is indolent, but development of tumors heralds an increased risk of metastasis and death. Previous research into the genomic landscape of CTCL revealed a complex pattern of >50 driver mutations implicated in more than a dozen of signaling pathways. However, the genomic mechanisms governing disease progression and treatment resistance remain unknown. Building on our previous discovery of the clonotypic heterogeneity of MF, we hypothesized that this lymphoma does not progress in a linear fashion as currently thought, but comprises heterogeneous mutational subclones. We sequenced exomes of 49 cases of MF and identified 28 previously unreported putative driver genes. MF exhibited extensive intratumoral heterogeneity (ITH) of a median of six subclones showing branched pattern of phylogenetic relationships. Stage progression was correlated with an increase in ITH and redistribution of mutations from the stem to the clades. The pattern of clonal driver mutations was highly variable with no consistent mutations between patients. A similar intratumoral heterogeneity was detected in leukemic CTCL (Sezary syndrome). Based on these findings we propose a model of the pathogenesis of MF comprising neutral, divergent evolution of cancer subclones and discuss how ITH impacts the efficacy of targeted drug therapies and immunotherapies of CTCL.
0

Novel insights into the molecular heterogeneity of hepatocellular carcinoma

Juan Jovel et al.Jan 19, 2017
+7
G
W
J
Hepatocellular carcinoma (HCC) is influenced by numerous factors, which results in diverse genetic, epigenetic and transcriptional scenarios, thus posing obvious challenges for disease management. We scrutinized the molecular heterogeneity of HCC with a multi-omics approach in two small cohorts of resected and explanted livers. Whole-genome transcriptomics was conducted, including polyadenylated transcripts and micro (mi)-RNAs. Copy number variants (CNV) were inferred from whole genome low-pass sequencing data. Fifty-six cancer-related genes were screened using an oncology panel assay. HCC was associated with a dramatic transcriptional deregulation of hundreds of protein-coding genes suggesting downregulation of drugs catabolism, induction of inflammatory responses, and increased cell proliferation in resected livers. Moreover, several long non-coding RNAs and miRNAs not reported previously in the context of HCC were found deregulated. In explanted livers, downregulation of genes involved in energy-producing processes and upregulation of genes aiding in glycolysis were detected. Numerous CNV events were observed, with conspicuous hotspots on chromosomes 1 and 17. Amplifications were more common than deletions, and spanned regions containing genes potentially involved in tumorigenesis. CSF1R, FGFR3, FLT3, NPM1, PDGFRA, PTEN, SMO and TP53 were mutated in all tumors, while other 26 cancer-related genes were mutated with variable penetrance. Our results highlight a remarkable molecular heterogeneity between HCC tumors and reinforce the notion that precision medicine approaches are urgently needed for cancer treatment. We expect that our results will serve as a valuable dataset that will generate hypotheses for us or other researchers to evaluate to ultimately improve our understanding of HCC biology.
0

Skin colonization by circulating neoplastic clones in cutaneous T-cell lymphoma

Aishwarya Iyer et al.Jul 16, 2019
+4
S
D
A
Mycosis fungoides (MF) is a mature T-cell lymphoma currently thought to develop primarily in the skin by a clonal expansion of a transformed, resident memory T-cell. However, this concept does not explain the key characteristics of MF such as the debut with multiple, widespread skin lesions or inability of skin directed therapies to provide cure. The testable inference of the mature T-cell theory is the clonality of MF with respect to all rearranged T-cell receptor (TCR) genes. Here we have used whole exome sequencing approach to detect and quantify TCRα, -β and -γ clonotypes in tumor cell clusters microdissected from MF lesions. This method allows us to calculate the tumor cell fraction of the sample and therefore an unequivocal identification of the TCR clonotypes as neoplastic. Analysis of TCR sequences from 29 patients with MF stage I-IV proved existence of multiple T-cell clones within the tumor cell fraction, with a considerable variation between patients and between lesions from the same patient (median 11 clones, range 2-80 clones/sample). We have also detected multiple neoplastic clones in the peripheral blood in all examined patients. Based on these findings we propose that circulating neoplastic T-cell clones continuously replenish the lesions of MF thus increasing their heterogeneity by a mechanism analogous to the consecutive tumor seeding. We hypothesize that circulating neoplastic clones might be a promising target for therapy and could be exploited as a potential biomarker in MF.
0

Independent evolution of cutaneous lymphoma subclones in different microenvironments of the skin

Aishwarya Iyer et al.Nov 4, 2019
+4
S
D
A
Mycosis fungoides (MF) is the most common, yet incurable, cutaneous T-cell lymphoma. We have recently shown that the disease is initiated by hematogenous seeding the skin with clonotypically diverse neoplastic T-cells which proliferate accumulating numerous mutations and produce lesions of high intratumoral heterogeneity (ITH). A characteristic but a poorly studied feature of MF is epidermotropism, the tendency to infiltrate skin epithelial layer (epidermis) in addition to the vascularized dermis. By sequencing the exomes of the microdissected clusters of lymphoma cells from the epidermis and the dermis, we found that those microenvironments harbored different malignant clonotypes and exhibited different patterns of driver gene mutation. Phylogenetic relationships between cancer subclones witnessed to the independent mutational evolution in the epidermis and dermis. Thus, the invasion of MF to different skin layers does not occur by gradual infiltration of the expanding tumor mass, but is caused by separate seeding processes with different malignant clones that develop independently of one another via a neutral, branched evolution. In conclusion, tissue microenvironments shape the subclonal architecture in MF leading to ecological heterogeneity which contributes to the total ITH. Since ITH adversely affects cancer prognosis, targeting the microenvironment may present therapeutic opportunities in MF and other cancers.