Ants are ecologically dominant insects in most terrestrial ecosystems, with more than 14,000 extant species in about 340 genera recorded to date. However, genomic resources are still scarce for most species, especially for species endemic in East or Southeast Asia, limiting the study of phylogeny, speciation and adaptation of this evolutionarily successful animal lineage. Here, we assemble and annotate the genomes of Odontoponera transversa and Camponotus friedae, two ant species with a natural distribution in China, to facilitate future study of ant evolution.

Extensive adenosine-to-inosine (A-to-I) editing of nuclear-transcribed RNAs is the hallmark of metazoan transcriptional regulation, and is fundamental to numerous biochemical processes. Here we explore the origin and evolution of this regulatory innovation, by quantifying its prevalence in 22 species that represent all major transitions in metazoan evolution. We provide substantial evidence that extensive RNA editing emerged in the common ancestor of extant metazoans. We find the frequency of RNA editing varies across taxa in a manner independent of metazoan complexity. Nevertheless, cis-acting features that guide A-to-I editing are under strong constraint across all metazoans. RNA editing seems to preserve an ancient mechanism for suppressing the more recently evolved repetitive elements, and is generally nonadaptive in protein-coding regions across metazoans, except for Drosophila and cephalopods. Interestingly, RNA editing preferentially target genes involved in neurotransmission, cellular communication and cytoskeleton, and recodes identical amino acid positions in several conserved genes across diverse taxa, emphasizing broad roles of RNA editing in cellular functions during metazoan evolution that have been previously underappreciated.

Amphibian genomes are usually challenging to assemble due to large genome size and high repeat content. The Limnodynastidae is a family of frogs native to Australia, Tasmania and New Guinea. As an anuran lineage that successfully diversified on the Australian continent, it represents an important lineage in the amphibian tree of life but lacks reference genomes. Here we sequenced and annotated the genome of the eastern banjo frog Limnodynastes dumerilii dumerilii to fill this gap. The total length of the genome assembly is 2.38 Gb with a scaffold N50 of 285.9 kb. We identified 1.21 Gb of non-redundant sequences as repetitive elements and annotated 24,548 protein-coding genes in the assembly. BUSCO assessment indicated that more than 94% of the expected vertebrate genes were present in the genome assembly and the gene set. We anticipate that this annotated genome assembly will advance the future study of anuran phylogeny and amphibian genome evolution.

Background: The agamid dragon lizard Pogona vitticeps is one of the most popular domesticated reptiles to be kept as pets worldwide. The capacity of breeding in captivity also makes it emerging as a model species for a range of scientific research, especially for the studies of sex chromosome origin and sex determination mechanisms. Results: By leveraging the CycloneSEQ and DNBSEQ sequencing technologies, we conducted whole genome and long-range sequencing for a captive-bred ZZ male to construct a chromosome-scale reference genome for P. vitticeps. The new reference genome is ~1.8 Gb in length, with a contig N50 of 202.5 Mb and all contigs anchored onto 16 chromosomes. Genome annotation assisted by long-read RNA sequencing greatly expanded the P. vitticeps lncRNA catalog. With the chromosome-scale genome, we were able to characterize the whole Z sex chromosome for the first time. We found that over 80% of the Z chromosome remains as pseudo-autosomal region (PAR) where recombination is not suppressed. The sexually differentiated region (SDR) is small and occupied mostly by transposons, yet it aggregates genes involved in male development, such as AMH, AMHR2 and BMPR1A. Finally, by tracking the evolutionary origin and developmental expression of the SDR genes, we proposed a model for the origin of P. vitticeps sex chromosomes which considered the Z-linked AMH as the master sex-determining gene. Conclusions: Our study provides novel insights into the sex chromosome origin and sex determination of this model lizard. The near-complete P. vitticeps reference genome will also benefit future study of amniote evolution and may facilitate genome-assisted breeding.