Vertebrate bone is composed of three main cell types: osteoblasts, osteoclasts and osteocytes, the latter being by far the most numerous.Osteocytes are thought to play a fundamental role in bone physiology and homeostasis, however they are entirely absent in most extant species of teleosts, a group that comprises the vast majority of bony 'fishes', and approximately half of vertebrates.Understanding how this acellular (anosteocytic) bone appeared and was

Abstract Arachnids are important components of cave ecosystems and display many examples of troglomorphisms, such as blindness, depigmentation, and elongate appendages. Little is known about how the eyes of arachnids are specified genetically, let alone the mechanisms for eye reduction and loss in troglomorphic arachnids. Additionally, paralogy of Retinal Determination Gene Network (RDGN) homologs in spiders has convoluted functional inferences extrapolated from single-copy homologs in pancrustacean models. Here, we investigated a sister species pair of Israeli cave whip spiders (Arachnopulmonata, Amblypygi, Charinus ) of which one species has reduced eyes. We generated the first embryonic transcriptomes for Amblypygi, and discovered that several RDGN homologs exhibit duplications. We show that paralogy of RDGN homologs is systemic across arachnopulmonates (arachnid orders that bear book lungs), rather than being a spider-specific phenomenon. A differential gene expression (DGE) analysis comparing the expression of RDGN genes in field-collected embryos of both species identified candidate RDGN genes involved in the formation and reduction of eyes in whip spiders. To ground bioinformatic inference of expression patterns with functional experiments, we interrogated the function of three candidate RDGN genes identified from DGE in a spider, using RNAi in the spider Parasteatoda tepidariorum. We provide functional evidence that one of these paralogs, sine oculis/Six1 A ( soA ), is necessary for the development of all arachnid eye types. Our results support the conservation of at least one RDGN component across Arthropoda and establish a framework for investigating the role of gene duplications in arachnid eye diversity.

Abstract Chelicerates exhibit dynamic evolution of genome architecture, with multiple whole genome duplication events affecting groups like spiders, scorpions, and horseshoe crabs. Yet, genomes remain unavailable for several chelicerate orders, such as Opiliones (harvestmen), which has hindered comparative genomics and developmental genetics across arachnids. We assembled a draft genome of the daddy-long-legs Phalangium opilio, which revealed no signal of whole genome duplication. To test the hypothesis that single-copy Hox genes of the harvestman exhibit broader functions than subfunctionalized spider paralogs, we performed RNA interference against Deformed in P. opilio. Knockdown of Deformed incurred homeotic transformation of the two anterior pairs of walking legs into pedipalpal identity; by comparison, knockdown of the spatially restricted paralog Deformed-A in the spider affects only the first walking leg. To investigate the genetic basis for leg elongation and tarsomere patterning, we identified and interrogated the function of an Epidermal growth factor receptor (Egfr) homolog. Knockdown of Egfr incurred shortened appendages and the loss of distal leg structures. The overlapping phenotypic spectra of Egfr knockdown experiments in the harvestman and multiple insect models are striking because tarsomeres have evolved independently in these groups. Our results suggest a conserved role for Egfr in patterning distal leg structures across arthropods, as well as cooption of EGFR signaling in tarsomere patterning in both insects and arachnids. The establishment of genomic resources for P. opilio, together with functional investigations of appendage fate specification and distal patterning mechanisms, are key steps in understanding how daddy-long-legs make their long legs.

Abstract Deciphering the evolutionary relationships of Chelicerata (arachnids, horseshoe crabs, and allied taxa) has proven notoriously difficult, due to their ancient rapid radiation and the incidence of elevated evolutionary rates in several lineages. While conflicting hypotheses prevail in morphological and molecular datasets alike, the monophyly of Arachnida is nearly universally accepted. Though a small number of phylotranscriptomic analyses have recovered arachnid monophyly, these did not sample all living chelicerate orders. We generated a dataset of 506 high-quality genomes and transcriptomes, sampling all living orders of Chelicerata with high occupancy and rigorous approaches to orthology inference. Our analyses consistently recovered the nested placement of horseshoe crabs within a paraphyletic Arachnida. This result was insensitive to variation in evolutionary rates of genes, complexity of the substitution models, and alternatives algorithmic approaches to species tree inference. Investigation of systematic bias showed that genes and sites that recover arachnid monophyly are enriched in noise and exhibit low information content. To test the effect of morphological data, we generated a 514-taxon morphological data matrix of extant and fossil Chelicerata, analyzed in tandem with the molecular matrix. Combined analyses recovered the clade Merostomata (the marine orders Xiphosura, Eurypterida, and Chasmataspidida), but nested within Arachnida. Our results suggest that morphological convergence resulting from adaptations to life in terrestrial habitats has driven the historical perception of arachnid monophyly, paralleling the history of numerous other invertebrate terrestrial groups.

Abstract Scorpions constitute a charismatic lineage of arthropods and comprise more than 2,500 described species. Found throughout various tropical and temperate habitats, these predatory arachnids have a long evolutionary history, with a fossil record that began in the Silurian. While all scorpions are venomous, the asymmetrically diverse family Buthidae harbors nearly half the diversity of extant scorpions, and all but one of the 58 species that are medically significant to humans. Many aspects of scorpion evolutionary history are unclear, such as the relationships of the most toxic genera and their constituent venom peptides. Furthermore, the diversification age of toxins that act specifically on mammalian ion channels have never been inferred. To redress these gaps, we assembled a large-scale phylogenomic dataset of 100 scorpion venom transcriptomes and/or genomes, emphasizing the sampling of highly toxic buthid genera. To infer divergence times of venom gene families, we applied a phylogenomic node dating approach for the species tree in tandem with phylostratigraphic bracketing to estimate minimum ages of mammal-specific toxins. Our analyses establish a robustly supported phylogeny of scorpions, particularly with regard to relationships between medically significant taxa. Analysis of venom gene families shows that mammal-specific sodium channel toxins have independently evolved in five lineages within Buthidae. The temporal windows of mammal-specific toxin origins are contiguous with the basal diversification of major scorpion mammal predators such as carnivores, shrews, bats and rodents. These results suggest an evolutionary arms race model comprised of co-diversification of mammalian predators and NaTx homologs in buthid venom.

Abstract Considerable progress has been achieved in resolving higher-level relationships of Arthropoda in the past two decades, largely precipitated by advances in sequencing technology. Yet, dark branches persist in the arthropod tree of life, principally among groups that are difficult to collect, occur in cryptic habitats, or are characterized by minute body size. Among chelicerates, the mesodiverse order Solifugae (commonly called camel spiders or sun spiders) is one of the last orders of Arachnida that lacks a higher-level phylogeny altogether and has long been characterized as one of the “neglected cousins”, a lineage of arachnid orders that are comparatively poorly studied with respect to evolutionary relationships. Though renowned for their aggression, remarkable running speed, and adaptation to arid habitats, inferring solifuge relationships has been hindered by inaccessibility of diagnostic characters in most ontogenetic stages for morphological datasets, whereas molecular investigations to date have been limited to one of the 12 recognized families. In this study we generated a phylogenomic dataset via capture of ultraconserved elements (UCEs) and sampled all extant families. We recovered a well-resolved phylogeny of solifuge families, with two distinct groups of New World taxa nested within a broader Paleotropical radiation. To provide a temporal context to solifuge diversification, we estimated molecular divergence times using fossil calibrations within a least-squares framework. Solifugae were inferred to have radiated by the Permian, with divergences of most families dating to the post Paleogene-Cretaceous extinction. These results accord with a diversification history largely driven by vicariance as a result of continental breakup.

Despite significant advances in invertebrate phylogenomics over the past decade, the higher-level phylogeny of Pycnogonida (sea spiders) remains elusive. Due to the inaccessibility of some small-bodied lineages, few phylogenetic studies have sampled all sea spider families. Previous efforts based on a handful of genes have yielded unstable tree topologies. Here, we inferred the relationships of 89 sea spider species using targeted capture of the mitochondrial genome, 56 conserved exons, 101 ultraconserved elements, and three nuclear ribosomal genes. We inferred molecular divergence times by integrating morphological data for fossil species to calibrate 15 nodes in the arthropod tree of life. This integration of data classes resolved the basal topology of sea spiders with high support. The enigmatic family Austrodecidae was resolved as the sister group to the remaining Pycnogonida and the small-bodied family Rhynchothoracidae as the sister group of the robust-bodied family Pycnogonidae. Molecular divergence time estimation recovered a basal divergence of crown group sea spiders in the Ordovician. Comparison of diversification dynamics with other marine invertebrate taxa that originated in the Paleozoic suggests that sea spiders and some crustacean groups exhibit resilience to mass extinction episodes, relative to mollusk and echinoderm lineages.

Abstract Long-branch attraction is a systematic artifact that results in erroneous groupings of fast-evolving taxa. The combination of short, deep internodes in tandem with LBA artifacts has produced empirically intractable parts of the Tree of Life. One such group is the arthropod subphylum Chelicerata, whose backbone phylogeny has remained unstable despite improvements in phylogenetic methods and genome-scale datasets. Pseudoscorpion placement is particularly variable across datasets and analytical frameworks, with this group either clustering with other long-branch orders or with Arachnopulmonata (scorpions and tetrapulmonates). To surmount LBA, we investigated the effect of taxonomic sampling via sequential deletion of basally branching pseudoscorpion superfamilies, as well as varying gene occupancy thresholds in supermatrices. We show that concatenated supermatrices and coalescent-based summary species tree approaches support a sister group relationship of pseudoscorpions and scorpions, when more of the basally branching taxa are sampled. Matrix completeness had demonstrably less influence on tree topology. As an external arbiter of phylogenetic placement, we leveraged the recent discovery of an ancient genome duplication in the common ancestor of Arachnopulmonata as a litmus test for competing hypotheses of pseudoscorpion relationships. We generated a high-quality developmental transcriptome and the first genome for pseudoscorpions to assess the incidence of arachnopulmonate-specific duplications (e.g., homeobox genes and miRNAs). Our results support the inclusion of pseudoscorpions in Arachnopulmonata, as the sister group of scorpions. Panscorpiones ( new name ) is proposed for the clade uniting Scorpiones and Pseudoscorpiones.

Abstract The chelicerate body plan is distinguished from other arthropod groups by its division of segments into two tagmata: the anterior prosoma (“cephalothorax”) and the posterior opisthosoma (“abdomen”). Little is understood about the genetic mechanisms that establish the prosomal-opisthosomal (PO) boundary. To discover these mechanisms, we created high-quality genomic resources for the large-bodied spider Aphonopelma hentzi . We sequenced specific territories along the antero-posterior axis of developing embryos and applied differential gene expression analyses to identify putative regulators of regional identity. After bioinformatic screening for candidate genes that were consistently highly expressed in the posterior segments, we validated the function of highly ranked candidates in the tractable spider model Parasteatoda tepidariorum . Here, we show that an arthropod homolog of the Iroquois complex of homeobox genes is required for proper formation of the boundary between arachnid tagmata. The function of this homolog had not been previously characterized, because it was lost in the common ancestor of Pancrustacea, precluding its investigation in well-studied insect model organisms. Knockdown of the spider copy of this gene, which we designate as waist-less , in P. tepidariorum resulted in embryos with defects in the PO boundary, incurring discontinuous spider germ bands. We show that waist-less is required for proper specification of dorso-ventral identity in the segments that span the prosoma-opisthosoma boundary, which in adult spiders corresponds to the narrowed pedicel. Our results suggest the requirement of an ancient, taxon-restricted paralog for the establishment of the tagmatic boundary that defines Chelicerata.