Circular RNAs (circRNAs) are RNA transcripts that are widespread in the eukaryotic genome. Recent evidence indicates that circRNAs play important roles in tissue development, gene regulation, and carcinogenesis. However, whether circRNAs encode functional proteins remains elusive, although translation of several circRNAs was recently reported.CircRNA deep sequencing was performed by using 10 pathologically diagnosed glioblastoma samples and their paired adjacent normal brain tissues. Northern blotting, Sanger sequencing, antibody, and liquid chromatograph Tandem Mass Spectrometer were used to confirm the existence of circ-FBXW7 and its encoded protein in in two cell lines. Lentivirus-transfected stable U251 and U373 cells were used to assess the biological functions of the novel protein invitro and invivo (five mice per group). Clinical implications of circ-FBXW7 were assessed in 38 pathologically diagnosed glioblastoma samples and their paired periphery normal brain tissues by using quantitative polymerase chain reaction (two-sided log-rank test).Circ-FBXW7 is abundantly expressed in the normal human brain (reads per kilobase per million mapped reads [RPKM] = 9.31). The spanning junction open reading frame in circ-FBXW7 driven by internal ribosome entry site encodes a novel 21-kDa protein, which we termed FBXW7-185aa. Upregulation of FBXW7-185aa in cancer cells inhibited proliferation and cell cycle acceleration, while knockdown of FBXW7-185aa promoted malignant phenotypes invitro and invivo. FBXW7-185aa reduced the half-life of c-Myc by antagonizing USP28-induced c-Myc stabilization. Moreover, circ-FBXW7 and FBXW7-185aa levels were reduced in glioblastoma clinical samples compared with their paired tumor-adjacent tissues (P < .001). Circ-FBXW7 expression positively associated with glioblastoma patient overall survival (P = .03).Endogenous circRNA encodes a functional protein in human cells, and circ-FBXW7 and FBXW7-185aa have potential prognostic implications in brain cancer.

Circular RNAs (circRNAs) are a large class of transcripts in the mammalian genome. Although the translation of circRNAs was reported, additional coding circRNAs and the functions of their translated products remain elusive. Here, we demonstrate that an endogenous circRNA generated from a long noncoding RNA encodes regulatory peptides. Through ribosome nascent-chain complex-bound RNA sequencing (RNC-seq), we discover several peptides potentially encoded by circRNAs. We identify an 87-amino-acid peptide encoded by the circular form of the long intergenic non-protein-coding RNA p53-induced transcript (LINC-PINT) that suppresses glioblastoma cell proliferation in vitro and in vivo. This peptide directly interacts with polymerase associated factor complex (PAF1c) and inhibits the transcriptional elongation of multiple oncogenes. The expression of this peptide and its corresponding circRNA are decreased in glioblastoma compared with the levels in normal tissues. Our results establish the existence of peptides encoded by circRNAs and demonstrate their potential functions in glioblastoma tumorigenesis.

Wnt/β-catenin signaling is essential for stem cell regulation and tumorigenesis, but its molecular mechanisms are not fully understood. Here, we report that FoxM1 is a downstream component of Wnt signaling and is critical for β-catenin transcriptional function in tumor cells. Wnt3a increases the level and nuclear translocation of FoxM1, which binds directly to β-catenin and enhances β-catenin nuclear localization and transcriptional activity. Genetic deletion of FoxM1 in immortalized neural stem cells abolishes β-catenin nuclear localization. FoxM1 mutations that disrupt the FoxM1-β-catenin interaction or FoxM1 nuclear import prevent β-catenin nuclear accumulation in tumor cells. FoxM1-β-catenin interaction controls Wnt target gene expression, is required for glioma formation, and represents a mechanism for canonical Wnt signaling during tumorigenesis.

Abstract Purpose: The present study was aimed at clarifying the expression of astrocyte elevated gene-1 (AEG-1), one of the target genes of oncogenic Ha-ras, in breast cancer and its correlation with clinicopathologic features, including the survival of patients with breast cancer. Experimental Design: The expression of AEG-1 in normal breast epithelial cells, breast cancer cell lines, and in four cases of paired primary breast tumor and normal breast tissue was examined using reverse transcription-PCR and Western blot. Real-time reverse transcription-PCR was applied to determine the mRNA level of AEG-1 in the four paired tissues, each from the same subject. Furthermore, AEG-1 protein expression was analyzed in 225 clinicopathologically characterized breast cancer cases using immunohistochemistry. Statistical analyses were applied to test for the prognostic and diagnostic associations. Results: Western blot and reverse transcription-PCR showed that the expression level of AEG-1 was markedly higher in breast cancer cell lines than that in the normal breast epithelial cells at both mRNA and protein levels. AEG-1 expression levels were significantly up-regulated by up to 35-fold in primary breast tumors in comparison to the paired normal breast tissue from the same patient. Immunohistochemical analysis revealed high expression of AEG-1 in 100 of 225 (44.4%) paraffin-embedded archival breast cancer biopsies. Statistical analysis showed a significant correlation of AEG-1 expression with the clinical staging of the patients with breast cancer (P = 0.001), as well as with the tumor classification (P = 0.004), node classification (P = 0.026), and metastasis classification (P = 0.001). Patients with higher AEG-1 expression had shorter overall survival time, whereas patients with lower AEG-1 expression had better survival. Multivariate analysis suggested that AEG-1 expression might be an independent prognostic indicator for the survival of patients with breast cancer. Conclusions: Our results suggest that AEG-1 protein is a valuable marker of breast cancer progression. High AEG-1 expression is associated with poor overall survival in patients with breast cancer.

Abstract Background The RTK/PI3K/AKT pathway plays key roles in the development and progression of many cancers, including GBM. As a regulatory molecule and a potential drug target, the oncogenic role of AKT has been substantially studied. Three isoforms of AKT have been identified, including AKT1, AKT2 and AKT3, but their individual functions in GBM remain controversial. Moreover, it is not known if there are more AKT alternative splicing variants. Methods High-throughput RNA sequencing and quantitative reverse transcription-PCR were used to identify the differentially expressed circRNAs in GBM samples and in paired normal tissues. High throughput RNA sequencing was used to identify circ-AKT3 regulated signaling pathways. Mass spectrometry, western blotting and immunofluorescence staining analyses were used to validate AKT3-174aa expression. The tumor suppressive role of AKT3-174aa was validated in vitro and in vivo. The competing interaction between AKT3-174aa and p-PDK1 was investigated by mass spectrometry and immunoprecipitation analyses. Results Circ-AKT3 is a previously uncharacterized AKT transcript variant. Circ-AKT3 is expressed at low levels in GBM tissues compared with the expression in paired adjacent normal brain tissues. Circ-AKT3 encodes a 174 amino acid (aa) novel protein, which we named AKT3-174aa, by utilizing overlapping start-stop codons. AKT3-174aa overexpression decreased the cell proliferation, radiation resistance and in vivo tumorigenicity of GBM cells, while the knockdown of circ-AKT3 enhanced the malignant phenotypes of astrocytoma cells. AKT3-174aa competitively interacts with phosphorylated PDK1, reduces AKT-thr308 phosphorylation, and plays a negative regulatory role in modulating the PI3K/AKT signal intensity. Conclusions Our data indicate that the impaired circRNA expression of the AKT3 gene contributes to GBM tumorigenesis, and our data corroborate the hypothesis that restoring AKT3-174aa while inhibiting activated AKT may provide more benefits for certain GBM patients.

Abstract B cells are exposed to innate and T cell stimuli during the antibody response, although whether and how they functionally integrate such signals are unclear. Here we have identified IL-27 as the cytokine specifically produced by murine B cells upon sequential stimulation by TLR ligands and then CD154 and IL-21, the hallmark factors of T follicular helper cells, and during the T-dependent antibody response to a conjugated hapten or virus infection. B-cell Il27p28 transcription is concomitant with increased locus accessibility and depends on newly induced BATF3 transcription factor. IL-27-producing B cells are inefficient in antibody secretion, but cooperate with IFNγ to promote proliferation, survival, class-switching and plasma cell differentiation of CD40-activated B cells, leading to optimal IgG2a and IgG1 responses. Overall, IL-27-producing B cells function as “helper” B cells that integrate the innate and adaptive stages of the antibody response. One-sentence summary B cells integrate innate TLR and adaptive CD40 signals to induce BATF3 transcription factor for production of IL-27, which together with INFg optimizes antibody responses.

Abstract Group 2 innate lymphoid cells (ILC2) are emerging as a critical player in type 2 immunity at barrier sites in response to microbial infections and allergen exposures. Although their classical activators are known to be host epithelial-derived alarmin cytokines IL-33, IL-25 or TSLP, it remains elusive whether ILC2 cells can be activated by directly sensing microbial ligands via pattern-recognition receptors such as toll-like receptors (TLRs). Here we report that toll-like receptor 4 (TLR4) is a potent activating receptor of human ILC2. We found that among many microbial ligands examined, lipopolysaccharides (LPS) from multiple species of Gram-negative bacteria, was found to potently stimulate human, but not murine ILC2, to proliferate and produce massive amounts of type 2 effector cytokines IL-4, IL-5, and IL-13. LPS-activated ILC2 also had greatly enhanced the CD40 ligand (CD154) expression and were able to promote the proliferation and antibody production of human B cells in culture. In a humanized mouse model, LPS activated the adoptively transferred human ILC2 in mouse lungs. Both NF-kB and JAK pathways, but not the IL-33-ST2 pathway, were required for LPS to activate human ILC2. RNA-seq data further revealed that LPS induced a large set of genes overlapped significantly with those induced by IL-33. Collectively, these findings support a non-classical mode of activating human ILC2 cells via the LPS-TLR4 signaling axis. Thus, targeting TLR4 signaling pathway might be developed as a new approach by modulating ILC2 activation in treating various type 2 immunity-associated diseases.

Abstract Stem-like CD8 + T cells represent the key subset responding to multiple tumor immunotherapies, including tumor vaccination. However, the signals that control the differentiation of stem-like T cells are not entirely known. Most previous investigations on stem-like T cells are focused on tumor infiltrating T cells (TIL). The behavior of stem-like T cells in other tissues remains to be elucidated. Tissue-resident memory T cells (T RM ) are often defined as a non-circulating T cell population residing in non-lymphoid tissues. TILs carrying T RM features are associated with better tumor control. Here, we found that stem-like CD8 + T cells differentiated into T RM s in a TGF-β and tumor antigen dependent manner almost exclusively in tumor draining lymph node (TDLN). TDLN-resident stemlike T cells were negatively associated with the response to tumor vaccine. In other words, after tumor vaccine, TDLN stem-like T cells transiently lost T RM features, differentiated into migratory effectors and exerted tumor control.