The United Kingdom General Practice Research Database (GPRD) is an office‐based, computer‐generated, medical resource designed from its inception to be used for epidemiologic research. A distinct version of the GPRD is maintained by the Boston Collaborative Drug Surveillance Program and has been the source of more than 130 scientific articles primarily addressing drug safety issues. We reviewed evidence related to the validity of the GPRD. Specifically, with our extensive experience with this automated database, we evaluated the quality and completeness of the data that it contains.

Abstract Glycaemic traits are used to diagnose and monitor type 2 diabetes, and cardiometabolic health. To date, most genetic studies of glycaemic traits have focused on individuals of European ancestry. Here, we aggregated genome-wide association studies in up to 281,416 individuals without diabetes (30% non-European ancestry) with fasting glucose, 2h-glucose post-challenge, glycated haemoglobin, and fasting insulin data. Trans-ancestry and single-ancestry meta-analyses identified 242 loci (99 novel; P <5×10 -8 ), 80% with no significant evidence of between-ancestry heterogeneity. Analyses restricted to European ancestry individuals with equivalent sample size would have led to 24 fewer new loci. Compared to single-ancestry, equivalent sized trans-ancestry fine-mapping reduced the number of estimated variants in 99% credible sets by a median of 37.5%. Genomic feature, gene-expression and gene-set analyses revealed distinct biological signatures for each trait, highlighting different underlying biological pathways. Our results increase understanding of diabetes pathophysiology by use of trans-ancestry studies for improved power and resolution.

Abstract A major challenge of genome-wide association studies (GWAS) is to translate phenotypic associations into biological insights. Here, we integrate a large GWAS on blood lipids involving 1.6 million individuals from five ancestries with a wide array of functional genomic datasets to discover regulatory mechanisms underlying lipid associations. We first prioritize lipid-associated genes with expression quantitative trait locus (eQTL) colocalizations, and then add chromatin interaction data to narrow the search for functional genes. Polygenic enrichment analysis across 697 annotations from a host of tissues and cell types confirms the central role of the liver in lipid levels, and highlights the selective enrichment of adipose-specific chromatin marks in high-density lipoprotein cholesterol and triglycerides. Overlapping transcription factor (TF) binding sites with lipid-associated loci identifies TFs relevant in lipid biology. In addition, we present an integrative framework to prioritize causal variants at GWAS loci, producing a comprehensive list of candidate causal genes and variants with multiple layers of functional evidence. Two prioritized genes, CREBRF and RRBP1 , show convergent evidence across functional datasets supporting their roles in lipid biology.

Children with experience of maltreatment, abuse or neglect have higher prevalence of poor mental health. In the United Kingdom, child protection services identify children at risk of significant harm on the Child Protection Register (CPR) and intervene to reduce risk. Prevalence and incidence of mental health service use among this population of children are not well understood. We analysed records from one Scottish Local Authority's CPR, linked to electronic health records for all children in the broader health board region aged 0-17 years. We described mental health service use among children with a CPR registration using measures of mental health prescribing and referrals to child and adolescent mental health services (CAMHS). We calculated age- and sex-specific incidence rates for comparison with the general population. Between 2012 and 2022, we found 1498 children with a CPR registration, with 69% successfully linked to their health records. 20% were registered before birth and median age at registration was 3 years. Incidence rates in all measures of mental health service use were higher in children with a CPR record across all ages (at outcome) and genders compared to the general population. The largest absolute difference was for boys aged 5-9 with a CPR record, who had 31.8 additional mental health prescriptions per 1000 person-years compared to the general population (50.4 vs. 18.6 prescriptions per 1000 person-years, IRR: 2.7). Girls aged 0-4 years with a CPR registration had the largest relative difference, with a rate of CAMHS referral 5.4 times higher than the general population (12.3 vs. 2.3 per 1000 person-years). Our reproducible record linkage of the CPR to health records reveals an increased risk of mental health service use during childhood. Our findings have relevance to public mental health surveillance, service prioritisation and wider policy aiming to reduce childhood exposure to risk of harm.

Prospective cohort studies of kidney equity are limited by a focus on advanced rather than early disease and selective recruitment. Whole population studies frequently rely on area-level measures of deprivation as opposed to individual measures of social disadvantage. Here, we linked kidney health and individual census records in the North of Scotland (Grampian area), 2011-2021 (GLOMMS-CORE) and identified incident kidney presentations at thresholds of estimated glomerular filtration rate (eGFR) under 60 (mild/early), under 45 (moderate), under 30 ml/min/1.73m2(advanced), and acute kidney disease (AKD). Household and neighborhood socioeconomic measures, living circumstances, and long-term mortality were compared. Case-mix adjusted multivariable logistic regression (living circumstances), and Cox models (mortality) incorporating an interaction between the household and the neighborhood were used. Among census respondents, there were 48546, 29081, 16116, 28097 incident presentations of each respective eGFR cohort and AKD. Classifications of socioeconomic position by household and neighborhood were related but complex, and frequently did not match. Compared to households of professionals, people with early kidney disease in unskilled or unemployed households had increased mortality (adjusted hazard ratios: 95% confidence intervals) of (1.26: 1.19-1.32) and (1.77: 1.60-1.96), respectively with adjustment for neighborhood indices making little difference. Those within either a deprived household or deprived neighborhood experienced greater mortality, but those within both had the poorest outcomes. Unskilled and unemployed households frequently reported being limited by illness, adverse mental health, living alone, basic accommodation, lack of car ownership, language difficulties, visual and hearing impairments. Thus, impacts of deprivation on kidney health are spread throughout society, complex, serious, and not confined to those living in deprived neighborhoods.