ABSTRACT Genome organization is driven by forces affecting transcriptional state, but the relationship between transcription and genome architecture remains unclear. Here, we identified the Drosophila transcription factor Motif 1 Binding Protein (M1BP) in physical association with the gypsy chromatin insulator core complex, including the universal insulator protein CP190. M1BP is required for enhancer-blocking and barrier activities of the gypsy insulator as well as its proper nuclear localization. Genome-wide, M1BP specifically colocalizes with CP190 at Motif 1-containing promoters, which are enriched at topologically associating domain (TAD) borders. M1BP facilitates CP190 chromatin binding at many shared sites and vice versa. Both factors promote Motif 1-dependent gene expression and transcription near TAD borders genome-wide. Finally, loss of M1BP reduces chromatin accessibility and increases both inter- and intra-TAD local genome compaction. Our results reveal physical and functional interaction between CP190 and M1BP to activate transcription at TAD borders and mediate chromatin insulator-dependent genome organization.

Abstract MicroRNA (miRNA) abundance is tightly controlled by regulation of biogenesis and decay. Here we show that the mir-35 miRNA family undergoes selective decay at the transition from embryonic to larval development in C. elegans . The seed sequence of the miRNA is necessary and largely sufficient for this regulation. Sequences outside the seed (3’ end) regulate mir-35 abundance in the embryo but are not necessary for sharp decay at the transition to larval development. Enzymatic modifications of the miRNA 3’ end are neither prevalent nor correlated with changes in decay, suggesting that miRNA 3’ end display is not a core feature of this mechanism and further supporting a seed-driven decay model. Our findings demonstrate that seed sequence-specific decay can selectively and coherently regulate all redundant members of a miRNA seed family, a class of mechanism that has great biological and therapeutic potential for dynamic regulation of a miRNA family’s target repertoire.

Perfluoroalkyl substances (PFASs) have elimination half-lives in years in humans and are persistent in the environment. PFASs can cross the placenta and impact fetal development. Exposure to PFASs may lead to adverse effects through epigenetic mechanisms. This study aimed to investigate whether prenatal exposure to perfluorooctyl sulfonate (PFOS), perfluorooctanoic acid (PFOA), perfluorononanoic acid (PFNA), and perfluoroundecanoic acid (PFUA) was associated with global histone methylation level changes among the 130 2-year-old children followed-up in a birth cohort study in Taiwan. PFOS, PFOA, PFNA, and PFUA were measured by UHPLC/MS/MS in cord blood. Global histone methylation levels were measured from the blood leukocytes of 2-year-old children by Western blotting. Multivariable regression analyses were applied to adjust for potential confounding effects. Among the 2-year-old children, an IQR increase in the natural log-transformed PFUA exposure was associated with an increased H3K4me3 level by 2.76-fold (95%CI = (0.79, 4.73), p = 0.007). PFOA and PFNA exposures was associated with a decreased H3K27me3 level by 2.35-fold (95%CI = (−4.29, −0.41), p = 0.01) and 2.01-fold (95%CI = (−4.00, −0.03), p = 0.04), respectively. Our findings suggest that prenatal PFAS exposure affected histone post-translational modifications.