KI
Katherine Ishizuka
Author with expertise in Marine Invasions and Biodiversity Loss in Mediterranean Sea
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(50% Open Access)
Cited by:
250
h-index:
14
/
i10-index:
15
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Global Age-Specific Patterns of Cyclic Gene Expression Revealed by Tunicate Transcriptome Atlas

Yotam Voskoboynik et al.Dec 9, 2020
Abstract Expression levels of circadian clock genes, which regulate 24-hour rhythms of behavior and physiology, have been shown to change with age. However, a study holistically linking aging and circadian gene expression is missing. Using the colonial chordate Botryllus schlosseri , we combined transcriptome sequencing and stem cell-mediated aging phenomena to test how circadian gene expression changes with age. This revealed that B. schlosseri clock and clock-controlled genes oscillate organism-wide, with daily, age-specific amplitudes and frequencies. These age-related, circadian patterns persist at the tissue level, where dramatic variations in cyclic gene expression of tissue profiles link to morphological and cellular aging phenotypes. Similar cyclical expression differences were found in hundreds of pathways associated with known hallmarks of aging, as well as pathways that were not previously linked to aging. The atlas we developed points to alterations in circadian gene expression as a key regulator of aging. One Sentence Summary The Ticking Clock: Systemic changes in circadian gene expression correlates with wide-ranging phenotypes of aging
1
Citation4
0
Save
0

Molecular and Morphological Signatures of Chordate Development: Two Distinct Pathways, One Tunicate

Mark Kowarsky et al.Oct 14, 2019
All chordates, including urochordates such as tunicates, develop through embryogenesis. The chordate larvae of colonial tunicates metamorphose to lose all chordate structures such as notochord, neural tube, segmented musculature, and then develop by asexual reproduction [blastogenesis], whereby stem cells form tissues and organs. These two developmental pathways establish the same body axis, morphogenetic patterning and organ formation. It is unknown if this convergent morphology implies convergent cellular and molecular mechanisms, and whether the stem cells that mediate these processes differ. Using the colonial tunicate Botryllus schlosseri, we combined transcriptome sequencing and multiple microscopy techniques to study the molecular and morphological signatures of cells at each developmental stage of embryogenesis and blastogenesis. This revealed that the molecular programs are distinct, but the blastogenic tissue-specific stem cells and embryonic precursor populations share similar molecular profiles. By comparing embryogenesis in other chordates we found shared developmental principles, highlighting transcription factors as key evolutionary conserved elements. This study establishes a platform for advancing the science of stem cell biology and regulation of development and regeneration.