MP
Md Patwary
Author with expertise in Computational Methods in Drug Discovery
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(67% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
9
/
i10-index:
9
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
3

Green synthesis of ZnO nanoparticles usingCocos nuciferaleaf extract: Characterization, antimicrobial, antioxidant, and photocatalytic activity

Farjana Rahman et al.Oct 27, 2022
Abstract Zinc oxide nanoparticles (ZnO NPs) have been successfully prepared using Cocos nucifera leaf extract and investigated with their antimicrobial, antioxidant, and photocatalytic activity. The structural, compositional, and morphological properties of the NPs were recorded and studied systematically to confirm the synthesis. The aqueous suspension of NPs showed a UV-Vis. absorption maxima of 370 nm indicating primarily its formation. The XRD analysis identified the NPs with hexagonal wurtzite structure with an average particle size of 16.6 nm. The FTIR analysis identified some biomolecules and functional groups in the leaf extract as responsible for the encapsulation and stabilization of ZnO NPs. The EDX analysis showed the desired elemental compositions in the material. A flower-shaped morphology of ZnO NPs was observed by SEM with a grain size of around 15 nm. The optical properties of the NPs were studied by UV-Vis spectroscopy and the band gap was calculated as 3.37 eV. The prepared ZnO NPs have demonstrated antimicrobial activity against T. harzianum and S. aureus with a ZOI (zone of inhibition) of 14 and 10 mm, respectively. The photocatalytic behavior of ZnO NPs showed absorbance degradation at around 640 nm and discolored methylene blue dye after one hour with a degradation maximum of 84.29 %. Thus, the prepared ZnO NPs could be used potentially in antibiotic development, pharmaceutical industries, and as photocatalysts.
3
Citation2
0
Save
0

Antioxidant and antidiabetic effects of Flemingia macrophylla leaf extract and fractions: In vitro, molecular docking, dynamic simulation, pharmacokinetics, and biological activity studies

Kaniz Fatema et al.Jun 5, 2024
Flemingia macrophylla has traditionally been applied to relieve inflammation, diabetes, and circulatory complications. The leaf extract of F. macrophylla and its fractions were investigated for their in-vitro antioxidant and anti-diabetic properties. The phytochemical screening showed valuable phytochemicals, including glycosides, flavonoids, saponins, etc. GC‒MS analysis of the phytochemicals in the methanol extract detected 19 bioactive compounds. Among the diverse fractions, the ethyl acetate fraction (EFM) exhibited the highest phenol and flavonoid contents of 557 mg GAE/g and 326 mg QCE/g, respectively. The total antioxidant content of EFM was found to be 292.41±19.16 mg AAE/g, while its antidiabetic study showed the greatest level of α -glucosidase (IC50: 11.27±1.25 µg/mL) and α -amylase (IC50: 10.04±0.63 µg/mL) inhibitory effects. The docking results showed that C6 had the highest binding scores of -9.0, -7.4, and -7.6 kcal/mol against antioxidant (6NGJ), α-glucosidase (5NN5), and α-amylase (4GQR) proteins, respectively. The dynamics simulation disclosed that C6-receptor protein complexes remained stable at the binding pocket under human body conditions and retained their stiff morphology for 100 nanoseconds (ns). ADMET results demonstrated their noncarcinogenic and well-absorbed properties, where PASS prediction data confirmed their efficacy as an antioxidant, antiulcerative, thrombolytic, and antidiabetic. Therefore, F. macrophylla has potential health benefits.
0
Citation1
0
Save
0

Effect of activated carbon compaction on water filtration efficiency

Mohd Mersal et al.Jun 19, 2024
Water contamination in rural Malaysian areas, mainly caused by logging activities leading to soil erosion and river pollution, presents a significant threat to water supplies. In response, a specialized activated carbon water filtering device was developed to target the absorption of organic molecules. The impact of compaction of activated carbon on water filtering efficiency was evaluated. Testing both compacted and uncompacted activated carbon filters with contaminated river water, the study utilized the Malaysia Department of Environment’s (DOE) water quality index (WQI) to assess filter effectiveness. The results revealed that water filtered through compacted activated carbon was clearer and less yellowish compared to the uncompacted counterpart. Moreover, the compacted filter showed higher dissolved oxygen levels, lower ammoniacal nitrogen levels, and a lower pH, resulting in a significantly higher WQI score of 80.4 compared to 78.8 for the uncompacted filter. Further analysis via an adsorption isotherm test demonstrated the superior ability of compacted activated carbon to absorb acetic acid, as evidenced by higher lines in the Freundlich isotherm model graphs. These findings emphasize the efficacy of compacted activated carbon in water filtration, advocating for its integration into filter construction to enhance water quality in rural regions.
0

In-vitro antioxidant and antidiabetic effects of Rorippa indica (L.) extract and fractions with molecular docking, dynamics simulation, ADMET, and PASS studies

Kaniz Fatema et al.Jun 4, 2024
Rorippa indica (L.) is an annual herb of the Brassicaceae family that has the potential as a traditional medicine. In this research, the antioxidant, and antidiabetic effects of R. indica were systematically studied by computational and experimental techniques. The prepared methanolic extract of R. indica (MRI) was fractionated with petroleum ether (PRI), dichloromethane (DRI), ethyl acetate (ERI), and distilled water (WRI). The total phenols (TPC) and flavonoids (TFC) of the extract and fractions were measured applying the Folin-Ciocalteu and AlCl3 methods, respectively, and the ERI fraction showed the highest TPC and TFC values. Spectrophotometric techniques estimated the total antioxidant capacity and ERI showed the highest antioxidant (IC50: 30.35±3.58 µg/ml in DPPH, EC50: 24.98±7.11 µg/ml in FRPT) potentials. In an in-vitro antidiabetic investigation, ERI demonstrated maximum α-glucosidase and α-amylase inhibitory action where the IC50 values were 25.13 and 19.96 μg/ml, respectively. Further, the GC‒MS study revealed 23 compounds, among them molecular docking of (±)-Kusunokinin (C2) exhibited the highest binding scores with antioxidant (2HE3) (-6.6 kcal/mol), antidiabetic α-glucosidase (5NN5) (-8.3 kcal/mol), and α-amylase (4GQR) protein (-8.0 kcal/mol), respectively. Molecular dynamics by YASARA demonstrated that the complex C2 had an initial higher RMSD trend, reduced its profile after 30 ns, stabilized after 40 ns, and maintained a stable state until 100 ns. Moreover, the ADMET results depicted the non-hepatotoxic, and well-absorbed behaviour. In contrast, the PASS prediction and drug-likeness data revealed their effectiveness as antioxidant, antidiabetic, and anticancer agents, and excellent oral bioavailability. Overall, the R. indica plant could be an expected source of lead compounds for the discovery and advancement of a fresh potential drug.
0

Efficient Synthesis of Mannopyranoside-based Fatty Acyl Esters: Effects of Acyl Groups on Antimicrobial Potential

Md. Rahaman et al.Jun 4, 2024
Background: The approval of Sucrose Fatty Acid Esters (SFAEs) as food additives/ preservatives with antimicrobial potential has triggered enormous interest in discovering new biological applications. Accordingly, many researchers reported that SFAEs consist of various sugar moieties, and hydrophobic side chains are highly active against certain fungal species. Objective: This study aimed to conduct aregioselective synthesis of SAFE and check the effect of chain length and site of acylation (i.e., C-6 vs. C-2, C-3, C-4, and long-chain vs. short-chain) on antimicrobial potency. Methods: A direct acylation method maintaining several conditions was used for esterification. In vitro tests, molecular docking, and in silico studies were conducted using standard procedures. Results: In vitro tests revealed that the fatty acid chain length in mannopyranoside esters significantly affects the antifungal activity, where C12 chains are more potent against Aspergillus species. In terms of acylation site, mannopyranoside esters with a C8 chain substituted at the C-6 position are more active in antifungal inhibition. Molecular docking also revealed that these mannopyranoside esters had comparatively better stable binding energy and hence better inhibition, with the fungal enzymes lanosterol 14-alpha-demethylase (3LD6), urate oxidase (1R51), and glucoamylase (1KUL) than the standard antifungal drug fluconazole. Additionally, the thermodynamic, orbital, drug-likeness, and safety profiles of these mannopyranoside esters were calculated and discussed, along with the Structure-Activity Relationships (SAR). Conclusion: This study thus highlights the importance of the acylation site and lipid-like fatty acid chain length that govern the antimicrobial activity of mannopyranoside-based SFAE.