Virus genomes reveal the establishment of Zika virus in Brazil and the Americas, and provide an appropriate timeframe for baseline (pre-Zika) microcephaly in different regions. Three papers in this issue present a wealth of new Zika virus (ZIKV) genome sequences and further insights into the genetic epidemiology of ZIKV. Nathan Grubaugh et al. provide 39 new ZIKV genome sequences from infected patients and Aedes aegypti mosquitoes in Florida. Phylogenetic analysis suggests that the virus has been introduced on multiple separate occasions, probably linked to travel from the Caribbean. They find a low probability of long-term persistence of ZIKV transmission chains within Florida, suggesting that the potential for future ZIKV outbreaks there will depend on transmission dynamics in the Americas. Nuno Faria et al. and Hayden Metsky et al. reconstruct the spread of ZIKV in Brazil and the Americas. Faria et al. provide 54 new ZIKV genomes, several sequenced in real time in a mobile genomics laboratory. They trace the spatial origins and spread of ZIKV in Brazil and the Americas and date the timing of the international spread of ZIKV from Brazil. They find that northeast Brazil had a crucial role in the establishment of the epidemic and the spread of the virus within Brazil and the Americas. Metsky et al. generate 110 ZIKV genomes from clinical and mosquito samples from ten regions. They also see rapid expansion of the epidemic within Brazil and multiple introductions to other geographic areas. In agreement with Faria et al., they find that ZIKV circulated unobserved for many months before transmission was detected. Metsky et al. additionally describe ZIKV evolution and discuss how the accumulation of mutations might affect the performance of diagnostic tests in the future. Transmission of Zika virus (ZIKV) in the Americas was first confirmed in May 2015 in northeast Brazil1. Brazil has had the highest number of reported ZIKV cases worldwide (more than 200,000 by 24 December 20162) and the most cases associated with microcephaly and other birth defects (2,366 confirmed by 31 December 20162). Since the initial detection of ZIKV in Brazil, more than 45 countries in the Americas have reported local ZIKV transmission, with 24 of these reporting severe ZIKV-associated disease3. However, the origin and epidemic history of ZIKV in Brazil and the Americas remain poorly understood, despite the value of this information for interpreting observed trends in reported microcephaly. Here we address this issue by generating 54 complete or partial ZIKV genomes, mostly from Brazil, and reporting data generated by a mobile genomics laboratory that travelled across northeast Brazil in 2016. One sequence represents the earliest confirmed ZIKV infection in Brazil. Analyses of viral genomes with ecological and epidemiological data yield an estimate that ZIKV was present in northeast Brazil by February 2014 and is likely to have disseminated from there, nationally and internationally, before the first detection of ZIKV in the Americas. Estimated dates for the international spread of ZIKV from Brazil indicate the duration of pre-detection cryptic transmission in recipient regions. The role of northeast Brazil in the establishment of ZIKV in the Americas is further supported by geographic analysis of ZIKV transmission potential and by estimates of the basic reproduction number of the virus.

Sixty nosocomial infections caused by Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii resistant to aminoglycosides, cephalosporins, quinolones, penicillins, monobactams, and imipenem were treated with colistin (one patient had two infections that are included as two different cases). The infections were pneumonia (33% of patients), urinary tract infection (20%), primary bloodstream infection (15%), central nervous system infection (8%), peritonitis (7%), catheter-related infection (7%), and otitis media (2%). A good outcome occurred for 35 patients (58%), and three patients died within the first 48 hours of treatment. The poorest results were observed in cases of pneumonia: only five (25%) of 20 had a good outcome. A good outcome occurred for four of five patients with central nervous system infections, although no intrathecal treatment was given. The main adverse effect of treatment was renal failure; 27% of patients with initially normal renal function had renal failure, and renal function worsened in 58% of patients with abnormal baseline creatinine levels. Colistin may be a good therapeutic option for the treatment of severe infections caused by multidrugresistant P. aeruginosa and A. baumannii.

To assess a bedside technique for diagnosing osteomyelitis.We prospectively assessed infected pedal ulcers for detectable bone by probing with a sterile, blunt, stainless steel probe. We then examined the relationship between detection of bone and the presence or absence of osteomyelitis that was defined histopathologically and/or clinically.A tertiary care center.Seventy-five hospitalized diabetic patients with a total of 76 infected foot ulcers were studied.Osteomyelitis was diagnosed in 50 instances (66%) and was excluded in 26 instances. Bone was detected by probing in 33 of 50 ulcers with contiguous osteomyelitis; in contrast, bone was probed in only four of 26 ulcers without contiguous osteomyelitis (P < .001). Bone detected on probing was visible in only three instances. Palpating bone on probing the pedal ulcer had a sensitivity of 66% for osteomyelitis, a specificity of 85%, a positive predictive value of 89%, and a negative predictive value of 56%.Palpation of bone in the depths of infected pedal ulcers in patients with diabetes is strongly correlated with the presence of underlying osteomyelitis. If bone is palpated on probing, specialized roentgenographic and radionuclide tests to diagnose osteomyelitis are unnecessary. Probing for bone should be included in the initial assessment of all diabetic patients with infected pedal ulcers.

Multidrug resistant microorganisms are a growing challenge and new substances that can be useful to treat infections due to these microorganisms are needed. Silver nanoparticle may be a future option for treatment of these infections, however, the methods described in vitro to evaluate the inhibitory effect are controversial. This study evaluated the in vitro activity of silver nanoparticles against 36 susceptible and 54 multidrug resistant Gram-positive and Gram-negative bacteria from clinical sources. The multidrug resistant bacteria were oxacilin-resistant Staphylococcus aureus, vancomycin-resistant Enterococcus spp., carbapenem- and polymyxin B-resistant A. baumannii, carbapenem-resistant P. aeruginosa and carbapenem-resistant Enterobacteriaceae. We analyzed silver nanoparticles stabilized with citrate, chitosan and polyvinyl alcohol and commercial silver nanoparticle. Silver sulfadiazine and silver nitrate were used as control. Different methods were used: agar diffusion, minimum inhibitory concentration, minimum bactericidal concentration and time-kill. The activity of AgNPs using diffusion in solid media and the MIC methods showed similar effect against MDR and antimicrobial-susceptible isolates, with a higher effect against Gram-negative isolates. The better results were achieved with citrate and chitosan silver nanoparticle, both with MIC90 of 6.75 μg mL−1, which can be due the lower stability of these particles and, consequently, release of Ag+ ions as revealed by X-ray diffraction (XRD). The bactericidal effect was higher against antimicrobial-susceptible bacteria. It seems that agar diffusion method can be used as screening test, minimum inhibitory concentration/minimum bactericidal concentration and time kill showed to be useful methods. The activity of commercial silver nanoparticle and silver controls did not exceed the activity of the citrate and chitosan silver nanoparticles. The in vitro inhibitory effect was stronger against Gram-negative than Gram-positive, and similar against multidrug resistant and susceptible bacteria, with best result achieved using citrate and chitosan silver nanoparticles. The bactericidal effect of silver nanoparticle may, in the future, be translated into important therapeutic and clinical options, especially considering the shortage of new antimicrobials against the emerging antimicrobial resistant microorganisms, in particular against Gram-negative bacteria.

ABSTRACT Background Infections by carbapenem‐resistant Pseudomonas aeruginosa (CRPA) have been associated with high morbidity and mortality among solid organ recipients. Objectives To delineate the epidemiological and molecular characteristics of a recurrent outbreak of imipenem (IMP)‐producing P. aeruginosa (CRPA) among kidney transplant (KT) recipient Methods We described a recurring CRPA outbreak in a KT ward, divided into two periods: before unit closure (Feb 2019–2020) and after reopening (Aug 2020–Dec 2023). Routine surveillance cultures (SCs) were performed using axillary‐perineum‐rectal swabs with immunochromatographic tests. A case‐control study identified risk factors for CRPA acquisition. Pulsed‐field gel electrophoresis and whole genome sequencing characterized the strains. Results After reopening, new cases arose from patients previously colonized, peaking 18 months later. A total of 67 KT recipients with CRPA‐IMP‐producing strains were identified. All except one sequenced strain belonged to the ST446 clone, differing by a maximum of 110 single nucleotide polymorphisms. Forty‐five (67.2%) cases were identified through SC, with 45.7% showing intermittent SC positivity. Patients remained colonized for up to 623 days. Twenty‐four (35.8%) patients had infections, with the most common site being the urinary tract. Identified risk factors included older age, deceased donor, re‐transplantation, reoperation, carbapenem or quinolone use, lymphopenia, hospital stay >10 days, and the first 60 days post‐KT. Conclusion KT recipients can harbor CRPA for extended periods, and detecting CRPA‐colonized patients is challenging. These characteristics highlight the patient as the major source and a critical point in outbreak control. image

Zika virus (ZIKV) transmission in the Americas was first confirmed in May 2015 in Northeast Brazil1. Brazil has the highest number of reported ZIKV cases worldwide (>200,000 by 24 Dec 2016) as well as the greatest number of cases associated with microcephaly and other birth defects (2,366 confirmed cases by 31 Dec 2016). Following the initial detection of ZIKV in Brazil, 47 countries and territories in the Americas have reported local ZIKV transmission, with 24 of these reporting ZIKV-associated severe disease. Yet the origin and epidemic history of ZIKV in Brazil and the Americas remain poorly understood, despite the value of such information for interpreting past and future trends in reported microcephaly. To address this we generated 54 complete or partial ZIKV genomes, mostly from Brazil, and report data generated by the ZiBRA project - a mobile genomics lab that travelled across Northeast (NE) Brazil in 2016. One sequence represents the earliest confirmed ZIKV infection in Brazil. Joint analyses of viral genomes with ecological and epidemiological data estimate that ZIKV epidemic was present in NE Brazil by March 2014 and likely disseminated from there, both nationally and internationally, before the first detection of ZIKV in the Americas. Estimated dates of the international spread of ZIKV from Brazil indicate the duration of pre-detection cryptic transmission in recipient regions. NE Brazil's role in the establishment of ZIKV in the Americas is further supported by geographic analysis of ZIKV transmission potential and by estimates of the virus' basic reproduction number.

We aimed to characterise vaccine-induced protection against COVID-19 during five waves caused by Variants of Concern (VOCs). This is a nested case-control study of 3,972 HCW primarily vaccinated with CoronaVac (98%) that evaluated symptomatic SARS-CoV-2 breakthrough infections (BI) in almost two-years follow-up until the 3rd Omicron wave. Predictors of protection against SARS-CoV-2 BI were analysed using conditional logistic regression models. We included 1,491 SARS-CoV-2 breakthrough cases, mostly mild, and 2,962 controls. Most participants (90%) had received at least one booster before the onset of the Omicron waves, mainly BNT162b2. A multivariate logistic regression showed that vaccine-induced protection against BI wanes after six months regardless of the number of monovalent booster doses. Additionally, booster dose with BNT162b2 showed a trend for higher protection compared to CoronaVac during the Omicron waves. In conclusion, immunity of monovalent booster doses against SARS-CoV-2 is short-lasting. Individuals previously vaccinated with an inactivated vaccine should receive a BNT162B2 booster dose.

In the current study carbapanem-resistant P. aeruginosa bloodstream infection (CRPA-BSI) was associated with high 14-day mortality. Although, highly resistant to meropenem, half of the isolates achieved in vitro synergy with the combination of meropenem with colistin, and the patients that received this combination therapy showed a tendency towards lower mortality. Our strains did not carry exoU gene, on the other hand, patients with CRPA-BSI caused by strains harboring gene lasB evolved more frequent to death.

ABSTRACT Backgrounds: Fortunately, much has been studied about COVID-19 in patients with inflammatory bowel diseases (IBD). Evidence suggests that these patients do not appear to be at increased risk of severe COVID-19. However, there are still some uncertainties regarding the clinical manifestations of COVID-19 in patients with immune-mediated diseases. Objective: This study aimed to describe the main symptoms of COVID-19 and their frequency in IBD patients and evaluate the impact of the IBD therapeutic drugs on clinical presentation of COVID-19 and to determine factors associated with COVID-19 in this population. Methods: Adult patients with IBD from three tertiary-care public, teaching hospitals in Ceará, Northeastern Brazil, were evaluated during one scheduled appointment from March to December 2020. Patients with possible or confirmed COVID-19 were compared with patients without COVID-19. Furthermore, incidences of each symptom were evaluated based on the use of IBD therapeutic drugs. Results: A total of 515 patients with IBD were included in the study: 234 with CD, and 281 with UC. Of these, 174 patients (34%) had possible/confirmed COVID-19 of whom 156 (90%) were symptomatic. Main symptoms were fever (65%) and headache (65%); gastrointestinal symptoms occurred in one third of patients and were higher than COVID-19 in general population. The factors associated with having COVID-19 were female gender (OR 1.71, 95%CI: 1.17-2.50); contact at home (OR 5.07, 95%CI: 3.31-7.78) and outside the home (OR 3.14, 95%CI: 2.10-4.71) with a case of COVID-19; work outside of the home (OR 1.87, 95%CI: 1.26-2.78); family history of COVID-19 (OR 2.29, 95%CI 1.58-3.33) use of salicylate (OR 1.71, 95%CI: 1.17-4.28); and asthma (OR 7.10, 95%CI: 1.46-34.57). Conclusion: IBD patients at high risk of COVID-19 infection may need to avoid salicylate therapy but further studies are necessary to confirm this association.