Zika virus (ZIKV) transmission in the Americas was first confirmed in May 2015 in Northeast Brazil1. Brazil has the highest number of reported ZIKV cases worldwide (>200,000 by 24 Dec 2016) as well as the greatest number of cases associated with microcephaly and other birth defects (2,366 confirmed cases by 31 Dec 2016). Following the initial detection of ZIKV in Brazil, 47 countries and territories in the Americas have reported local ZIKV transmission, with 24 of these reporting ZIKV-associated severe disease. Yet the origin and epidemic history of ZIKV in Brazil and the Americas remain poorly understood, despite the value of such information for interpreting past and future trends in reported microcephaly. To address this we generated 54 complete or partial ZIKV genomes, mostly from Brazil, and report data generated by the ZiBRA project - a mobile genomics lab that travelled across Northeast (NE) Brazil in 2016. One sequence represents the earliest confirmed ZIKV infection in Brazil. Joint analyses of viral genomes with ecological and epidemiological data estimate that ZIKV epidemic was present in NE Brazil by March 2014 and likely disseminated from there, both nationally and internationally, before the first detection of ZIKV in the Americas. Estimated dates of the international spread of ZIKV from Brazil indicate the duration of pre-detection cryptic transmission in recipient regions. NE Brazil's role in the establishment of ZIKV in the Americas is further supported by geographic analysis of ZIKV transmission potential and by estimates of the virus' basic reproduction number.

São Paulo (SP), a densely populated state in southeast Brazil that contains one of the world's largest urban regions, has experienced its largest yellow fever virus (YFV) outbreak in decades. Surveillance in non-human primates (NHP) is important in order to detect YFV early during an epidemic or epizootic, to quantify the magnitude of the outbreak in NHP, and to evaluate the risk of YFV spillover infection in human populations. To better understand the genetic diversity and spatial distribution of YFV during the current outbreak in southeast Brazil, we generated 46 new virus genomes from YFV positive cases identified in 18 different municipalities in SP, mostly sampled from non-human primates between April 2017 and February 2018. Our data show that most NHP cases in São Paulo state were likely caused by the introduction of a single YFV lineage from Minas Gerais to São Paulo. Phylogenetic and phylogeographic analyses of these data indicate that YFV spread southwards from Minas Gerais into São Paulo state at a typical rate of <1km per day. These results shed light in the sylvatic transmission of yellow fever in highly fragmented forested regions in São Paulo state and highlight the importance of continued operational research and surveillance of zoonotic pathogens in sentinel populations.

The global incidence of chikungunya has surged in recent decades, with South America, particularly Brazil, experiencing devastating outbreaks. The primary vector for transmitting CHIKV in urban areas is the mosquito species Aedes aegypti, which is very abundant in Brazil. However, little is known about the impact of locally circulating CHIKV genotypes and specific combinations of mosquito populations on vector competence. In this study, we analyzed and compared the infectivity and transmissibility of a recently isolated CHIKV-ECSA lineage from Brazil among four Ae. aegypti populations collected from different regions of the country. When exposed to CHIKV-infected mice for blood feeding, all mosquito populations showed high infection rates and dissemination efficiency. Moreover, using a mouse model to assess transmission rates in a manner that better mirrors natural cycles, we observed that these populations exhibit highly efficient transmission rates of CHIKV-ECSA. Our findings underscore the robust capability of Brazilian Ae. aegypti populations to transmit the locally circulating CHIKV-ECSA lineage, potentially explaining its higher prevalence compared to the Asian lineage also introduced in Brazil.