Abstract Auxin-inducible degrons are a chemical genetic tool for targeted protein degradation and are widely used to study protein function in cultured mammalian cells. Here, we develop CRISPR-engineered mouse lines that enable rapid and highly specific degradation of tagged endogenous proteins in vivo . Most but not all cell types are competent for degradation. Using mouse genetics, we show that degradation kinetics depend upon the dose of the tagged protein, ligand, and the E3 ligase subunit Tir1. Rapid degradation of condensin I and condensin II – two essential regulators of mitotic chromosome structure - revealed that both complexes are individually required for cell division in precursor lymphocytes, but not in their differentiated peripheral lymphocyte derivatives. This generalisable approach provides unprecedented temporal control over the dose of endogenous proteins in mouse models, with implications for studying essential biological pathways and modelling drug activity in mammalian tissues. Highlights Auxin-inducible degradation of endogenously tagged proteins in living mice and a range of primary cells. Most but not all cell types are competent for degradation Dosage of the tagged protein, E3 ligase substrate receptor and ligand can all determine degradation kinetics Rapid degradation of condensin subunits in lymphocytes reveals stage-specific requirements during cell division

In the developing liver, bipotent epithelial progenitor cells known as hepatoblasts undergo lineage segregation to form the two major epithelial cell types, hepatocytes that constitute the bulk of the liver parenchyma and biliary epithelial cells (cholangiocytes) which comprise the bile duct, a complex tubular network which is critical for normal liver function. Notch and TGFβ signalling promote the formation of a sheet of biliary epithelial cells, the ductal plate that organises into discontinuous tubular structures. How these structures elongate and connect to form a continuous duct remains undefined. Here, we show that the planar cell polarity protein, VANGL2 is expressed late in intrahepatic bile duct development and patterns the formation of cell-cell contacts between biliary cells. The patterning of these cell contacts regulates the normal polarisation of the actin cytoskeleton within biliary cells and loss of Vangl2-function results in the abnormal distribution of cortical actin remodelling resulting in the failure of bile duct formation. Planar cell polarity is a critical step in the post-specification sculpture of the bile duct and is essential for establishing normal tissue architecture.

Abstract Pathological liver cysts are an important comorbidity in multiple diseases and syndromes(1, 2) driven by dysfunction of the primary cilium (PC), a complex sensory organelle that protrudes from the apical surface of biliary epithelial cells (BECs)(3, 4). The essential nature of PC in liver development(5, 6) makes understanding the molecular role of this organelle in the structural maintenance of the adult bile duct challenging. Here, we show that PC loss deletion of Wdr35 in adult mouse BECs is sufficient to cause bile duct expansion, driving cyst formation through the de novo production of a fibronectin-rich pro-cystic microenvironment. This newly formed niche promotes both cell-autonomous changes in cell shape and duct-level mechanical rearrangements that converge to drive cyst-fission, a novel process whereby single, large cysts undergo morphological splitting. This process gives rise to many, smaller polycystic progeny and can be halted by pharmacological inhibition of a specific pro-cystic integrin receptor.