Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
QL
Qing Lyu
Author with expertise in Role of Long Noncoding RNAs in Cancer and Development
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(80% Open Access)
Cited by:
655
h-index:
13
/
i10-index:
15
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

MiRNA-Directed Regulation of VEGF and Other Angiogenic Factors under Hypoxia

Hua Zhong et al.Dec 27, 2006
MicroRNAs (miRNAs) are a class of 20–24 nt non-coding RNAs that regulate gene expression primarily through post-transcriptional repression or mRNA degradation in a sequence-specific manner. The roles of miRNAs are just beginning to be understood, but the study of miRNA function has been limited by poor understanding of the general principles of gene regulation by miRNAs. Here we used CNE cells from a human nasopharyngeal carcinoma cell line as a cellular system to investigate miRNA-directed regulation of VEGF and other angiogenic factors under hypoxia, and to explore the principles of gene regulation by miRNAs. Through computational analysis, 96 miRNAs were predicted as putative regulators of VEGF. But when we analyzed the miRNA expression profile of CNE and four other VEGF-expressing cell lines, we found that only some of these miRNAs could be involved in VEGF regulation, and that VEGF may be regulated by different miRNAs that were differentially chosen from 96 putative regulatory miRNAs of VEGF in different cells. Some of these miRNAs also co-regulate other angiogenic factors (differential regulation and co-regulation principle). We also found that VEGF was regulated by multiple miRNAs using different combinations, including both coordinate and competitive interactions. The coordinate principle states that miRNAs with independent binding sites in a gene can produce coordinate action to increase the repressive effect of miRNAs on this gene. By contrast, the competitive principle states when multiple miRNAs compete with each other for a common binding site, or when a functional miRNA competes with a false positive miRNA for the same binding site, the repressive effects of miRNAs may be decreased. Through the competitive principle, false positive miRNAs, which cannot directly repress gene expression, can sometimes play a role in miRNA-mediated gene regulation. The competitive principle, differential regulation, multi-miRNA binding sites, and false positive miRNAs might be useful strategies in the avoidance of unwanted cross-action among genes targeted by miRNAs with multiple targets.
0
Citation649
0
Save
25

Prime Editing in Mice Reveals the Essentiality of a Single Base in Driving Tissue-Specific Gene Expression

Pan Gao et al.Nov 8, 2020
Abstract Most single nucleotide variants (SNVs) occur in noncoding sequence where millions of transcription factor binding sites (TFBS) reside. Several genome editing platforms have emerged to evaluate the functionality of TFBS in animals. Here, a comparative analysis of CRISPR-mediated homology-directed repair (HDR) versus the recently reported prime editing 2 (PE2) system was carried out in mice to demonstrate the essentiality of a single TFBS, called a CArG box, in the promoter region of the Tspan2 gene. HDR-mediated substitution of three base pairs in the Tspan2 CArG box resulted in 20/37 (54%) founder mice testing positive for the correct edit. Mice homozygous for this edit showed near loss of Tspan2 expression in aorta and bladder with no change in heart or brain. Using the same protospacer, PE2-mediated editing of a single base in the Tspan2 CArG box yielded 12/47 (26%) founder mice testing positive for the correct edit. This single base substitution resulted in âˆ¼90% loss of Tspan2 expression in aorta and bladder with no change in heart or brain. Targeted sequencing demonstrated all PE2 and HDR founders with some frequency of on-target editing. However, whereas no spurious on-target indels were detected in any of the PE2 founders, many HDR founders showed variable levels of on-target indels. Further, off-target analysis by targeted sequencing revealed mutations in 5/11 (45%) HDR founders but none in PE2 founders. These results demonstrate high fidelity editing of a TFBS with PE2 and suggest a new paradigm for Cre/ lox P-free tissue-specific gene inactivation via single base substitution in a TFBS. The PE2 platform of genome editing represents a powerful approach for modeling and correcting relevant noncoding SNVs in the mouse.
25
Citation4
0
Save
2

An Inducible Cre Mouse with Preferential Activity in Vascular Smooth Muscle Evades a Previously Lethal Intestinal Phenotype

Ganesh Warthi et al.Feb 4, 2022
Abstract All smooth muscle cell (SMC) restricted Cre mice recombine floxed alleles in vascular and visceral SMCs. We generated a new tamoxifen-inducible CreER T2 mouse, Itga8-CreER T2 , and compared its activity to the widely used Myh11-CreER T2 mouse. Both CreER T2 mice showed similar activity in vascular SMCs; however, Itga8-CreER T2 displayed limited activity in visceral SMC-containing tissues ( e.g. , intestine). Myh11-CreER T2 (but not Itga8-CreER T2 ) mice displayed high levels of CreER T2 protein, tamoxifen-independent activity, and an altered transcriptome. Whereas Myh11-CreER T2 -mediated knockout of Srf resulted in a lethal intestinal phenotype, loss of Srf with Itga8-CreER T2 ( Srf Itga8 ) revealed viable mice with attenuated vascular SMC contractile gene expression, but no evidence of intestinal pathology. Male and female Srf Itga8 mice presented with vascular contractile incompetence; however, only male Srf Itga8 mice showed systemic changes in blood pressure. These results establish the Itga8-CreER T2 mouse as an alternative to existing SMC Cre strains, including Myh11-CreER T2 , where SMC gene loss results in visceral myopathies that obfuscate accurate phenotyping in vascular SMCs.
2
Citation2
0
Save
2

INKILNis a novel long noncoding RNA promoting vascular smooth muscle inflammation via scaffolding MKL1 and USP10

Wei Zhang et al.Jan 8, 2023
Activation of vascular smooth muscle cells (VSMCs) inflammation is vital to initiate vascular disease. However, the role of human-specific long noncoding RNAs (lncRNAs) in VSMC inflammation is poorly understood.Bulk RNA-seq in differentiated human VSMCs revealed a novel human-specific lncRNA called IN flammatory M K L1 I nteracting L ong N oncoding RNA ( INKILN ). INKILN expression was assessed in multiple in vitro and ex vivo models of VSMC phenotypic modulation and human atherosclerosis and abdominal aortic aneurysm (AAA) samples. The transcriptional regulation of INKILN was determined through luciferase reporter system and chromatin immunoprecipitation assay. Both loss- and gain-of-function approaches and multiple RNA-protein and protein-protein interaction assays were utilized to uncover the role of INKILN in VSMC proinflammatory gene program and underlying mechanisms. Bacterial Artificial Chromosome (BAC) transgenic (Tg) mice were utilized to study INKLIN expression and function in ligation injury-induced neointimal formation.INKILN expression is downregulated in contractile VSMCs and induced by human atherosclerosis and abdominal aortic aneurysm. INKILN is transcriptionally activated by the p65 pathway, partially through a predicted NF-κB site within its proximal promoter. INKILN activates the proinflammatory gene expression in cultured human VSMCs and ex vivo cultured vessels. Mechanistically, INKILN physically interacts with and stabilizes MKL1, a key activator of VSMC inflammation through the p65/NF-κB pathway. INKILN depletion blocks ILIβ-induced nuclear localization of both p65 and MKL1. Knockdown of INKILN abolishes the physical interaction between p65 and MKL1, and the luciferase activity of an NF-κB reporter. Further, INKILN knockdown enhances MKL1 ubiquitination, likely through the reduced physical interaction with the deubiquitinating enzyme, USP10. INKILN is induced in injured carotid arteries and exacerbates ligation injury-induced neointimal formation in BAC Tg mice.These findings elucidate an important pathway of VSMC inflammation involving an INKILN /MKL1/USP10 regulatory axis. Human BAC Tg mice offer a novel and physiologically relevant approach for investigating human-specific lncRNAs under vascular disease conditions.