In phase 2 studies, treatment with the all-oral combination of the nucleotide polymerase inhibitor sofosbuvir and the NS5A inhibitor ledipasvir resulted in high rates of sustained virologic response among previously untreated patients with hepatitis C virus (HCV) genotype 1 infection.We conducted a phase 3, open-label study involving previously untreated patients with chronic HCV genotype 1 infection. Patients were randomly assigned in a 1:1:1:1 ratio to receive ledipasvir and sofosbuvir in a fixed-dose combination tablet once daily for 12 weeks, ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin for 12 weeks, ledipasvir-sofosbuvir for 24 weeks, or ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin for 24 weeks. The primary end point was a sustained virologic response at 12 weeks after the end of therapy.Of the 865 patients who underwent randomization and were treated, 16% had cirrhosis, 12% were black, and 67% had HCV genotype 1a infection. The rates of sustained virologic response were 99% (95% confidence interval [CI], 96 to 100) in the group that received 12 weeks of ledipasvir-sofosbuvir; 97% (95% CI, 94 to 99) in the group that received 12 weeks of ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin; 98% (95% CI, 95 to 99) in the group that received 24 weeks of ledipasvir-sofosbuvir; and 99% (95% CI, 97 to 100) in the group that received 24 weeks of ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin. No patient in either 12-week group discontinued ledipasvir-sofosbuvir owing to an adverse event. The most common adverse events were fatigue, headache, insomnia, and nausea.Once-daily ledipasvir-sofosbuvir with or without ribavirin for 12 or 24 weeks was highly effective in previously untreated patients with HCV genotype 1 infection. (Funded by Gilead Sciences; ION-1 ClinicalTrials.gov number NCT01701401.).

Better characterization of human immunodeficiency virus-type 1 (HIV-1) in patients with primary infection has important implications for the development of an acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) vaccine because vaccine strategies should target viral isolates with the properties of transmitted viruses. In five HIV-1 seroconverters, the viral phenotype was found to be uniformly macrophage-tropic and non-syncytium-inducing. Furthermore, the viruses were genotypically homogeneous within each patient, but a common signature sequence was not discernible among transmitted viruses. In the two cases where the sexual partners were also studied, the sequences of the transmitted viruses matched best with minor variants in the blood of the transmitters. There was also a stronger pressure to conserve sequences in gp120 than in gp41, nef, and p17, suggesting that a selective mechanism is involved in transmission.

In phase 2 trials, treatment with the combination of the nucleotide polymerase inhibitor sofosbuvir and the NS5A inhibitor velpatasvir resulted in high rates of sustained virologic response in patients chronically infected with hepatitis C virus (HCV) genotype 2 or 3.We conducted two randomized, phase 3, open-label studies involving patients who had received previous treatment for HCV genotype 2 or 3 and those who had not received such treatment, including patients with compensated cirrhosis. In one trial, patients with HCV genotype 2 were randomly assigned in a 1:1 ratio to receive sofosbuvir-velpatasvir, in a once-daily, fixed-dose combination tablet (134 patients), or sofosbuvir plus weight-based ribavirin (132 patients) for 12 weeks. In a second trial, patients with HCV genotype 3 were randomly assigned in a 1:1 ratio to receive sofosbuvir-velpatasvir for 12 weeks (277 patients) or sofosbuvir-ribavirin for 24 weeks (275 patients). The primary end point for the two trials was a sustained virologic response at 12 weeks after the end of therapy.Among patients with HCV genotype 2, the rate of sustained virologic response in the sofosbuvir-velpatasvir group was 99% (95% confidence interval [CI], 96 to 100), which was superior to the rate of 94% (95% CI, 88 to 97) in the sofosbuvir-ribavirin group (P=0.02). Among patients with HCV genotype 3, the rate of sustained virologic response in the sofosbuvir-velpatasvir group was 95% (95% CI, 92 to 98), which was superior to the rate of 80% (95% CI, 75 to 85) in the sofosbuvir-ribavirin group (P<0.001). The most common adverse events in the two studies were fatigue, headache, nausea, and insomnia.Among patients with HCV genotype 2 or 3 with or without previous treatment, including those with compensated cirrhosis, 12 weeks of treatment with sofosbuvir-velpatasvir resulted in rates of sustained virologic response that were superior to those with standard treatment with sofosbuvir-ribavirin. (Funded by Gilead Sciences; ASTRAL-2 ClinicalTrials.gov number, NCT02220998; and ASTRAL-3, NCT02201953.).

Summary

Background

 Interferon-based treatment is not suitable for many patients with hepatitis C virus (HCV) infection because of contraindications such as psychiatric illness, and a high burden of adverse events. We assessed the efficacy and safety of an interferon-free regimen—a fixed-dose combination of the nucleotide polymerase inhibitor sofosbuvir (400 mg) and the HCV NS5A inhibitor ledipasvir (90 mg), with and without ribavirin—in patients with genotype-1 hepatitis C infection who were treatment-naive or previously treated with a protease-inhibitor regimen. 

Methods

 For this open-label study, we enrolled 100 adult patients (>18 years) with HCV infection at a centre in the USA between Nov 2, 2012, and Dec 21, 2012. In cohort A, we used a computer-generated sequence to randomly assign (1:1:1; stratified by HCV genotype [1a vs 1b]) 60 non-cirrhotic, treatment-naive patients to receive sofosbuvir plus ledipasvir for 8 weeks (group 1), sofosbuvir plus ledipasvir and ribavirin for 8 weeks (group 2), or sofosbuvir plus ledipasvir for 12 weeks (group 3). In cohort B, we randomly allocated (1:1; stratified by genotype and presence or absence of cirrhosis) 40 patients who previously had virological failure after receiving a protease inhibitor regimen to receive sofosbuvir plus ledipasvir for 12 weeks (group 4) or sofosbuvir plus ledipasvir and ribavirin for 12 weeks (group 5). 22 (55%) of 40 patients in cohort B had compensated cirrhosis. The primary endpoint was sustained virological response 12 weeks after treatment (SVR12), analysed by intention to treat. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01726517. 

Findings

 In cohort A, SVR12 was achieved by 19 (95%) of 20 patients (95% CI 75–100) in group 1, by 21 (100%) of 21 patients (84–100) in group 2, and by 18 (95%) of 19 patients (74–100) in group 3. In cohort B, SVR12 was achieved by 18 (95%) of 19 patients (74–100) in group 4 and by all 21 (100%) of 21 patients (84–100) in group 5. Two patients had viral relapse; one patient was lost to follow-up after achieving sustained virological response 8 weeks after treatment. The most common adverse events were nausea, anaemia, upper respiratory tract infection, and headache. One patient in group five had a serious adverse event of anaemia, thought to be related to ribavirin treatment. 

Interpretation

 These findings suggest that the fixed-dose combination of sofosbuvir-ledipasvir alone or with ribavirin has the potential to cure most patients with genotype-1 HCV, irrespective of treatment history or the presence of compensated cirrhosis. Further clinical trials are needed to establish the best treatment duration and to further assess the contribution of ribavirin. 

Funding

 Gilead Sciences.

Background Compared with other countries, patients with chronic hepatitis C infection in Japan tend to be older, have more advanced liver disease, and are more likely to have been previously treated for hepatitis C. We aimed to assess the efficacy and safety of an all-oral, fixed-dose combination of the hepatitis C virus NS5A inhibitor ledipasvir and the NS5B nucleotide polymerase inhibitor sofosbuvir with and without ribavirin for 12 weeks in treatment-naive and previously treated Japanese patients with chronic genotype 1 hepatitis C virus infection. Methods In this randomised, open-label study, we enrolled patients from 19 clinical Japanese centres. Patients were randomly assigned (1:1) to receive either ledipasvir (90 mg) and sofosbuvir (400 mg) or ledipasvir, sofosbuvir, and ribavirin (dosed according to the Japanese Copegus product label—ie, patients ≤60 kg received 600 mg daily, patients >60 kg to ≤80 kg received 800 mg daily, and patients >80 kg received 1000 mg daily) orally once daily for 12 weeks. After completion or early discontinuation of treatment, patients were followed up off-treatment for 24 weeks. Eligible patients were at least 20 years of age with chronic genotype 1 hepatitis C virus infection with serum hepatitis C virus RNA concentrations of at least 5 log10 IU/mL, creatinine clearance of at least 1·0 mL/s, and a platelet count of at least 50 × 109 per L. An interactive web response system was used to manage patient randomisation and treatment assignment. Randomisation was stratified by the presence or absence of cirrhosis for treatment-naive patients and stratified by presence or absence of cirrhosis and by previous treatment category (relapser or breakthrough, non-responder, or interferon-intolerant) for previously treated patients. Within each strata, patients were sequentially assigned to either treatment with ledipasvir-sofosbuvir or ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin in a 1:1 ratio with block size of 4. The primary endpoint was sustained virological response 12 weeks after completion of treatment (SVR12) assessed in all patients who were randomly assigned and received at least one dose of study drug; safety outcomes were assessed in all patients who received at least one dose of study drug. This trial is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01975675. Findings Between Oct 15, 2013 and Dec 13, 2013, 341 patients were randomly assigned to treatment groups and received at least one dose of study treatment. SVR12 was achieved in all 171 (100%) patients (83 of 83 treatment naive and 88 of 88 treatment experienced) receiving ledipasvir-sofosbuvir (95% CI 98–100) and 167 (98%) of 170 patients (80 of 83 treatment naive and 87 of 87 treatment experienced) receiving ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin (95% CI 95–100). Of the 76 patients with baseline NS5A resistant variants, 75 (99%) achieved SVR12. Two (1·2%) of 170 patients in the ledipasvir-sofosbuvir plus ribavirin group discontinued treatment because of adverse events. The most common adverse events were nasopharyngitis (50 [29·2%] of 171), headache (12 [7·0%] of 171), and malaise (nine [5·3%] of 171) in patients receiving ledipasvir-sofosbuvir; and nasopharyngitis (40 [23·5%] of 170), anaemia (23 [13·5%] of 170), and headache in those receiving ledipasvir-sofosbuvir and ribavirin (15 [8·8%] of 170). Interpretation Although existing regimens for the treatment of hepatitis C virus are effective for many patients, medical needs remain unmet, particularly in Japan where the population with hepatitis C virus genotype 1 is generally older and treatment-experienced, with advanced liver disease. The efficacy, tolerability, and absence of drug–drug interactions of ledipasvir-sofosbuvir suggest that it could be an important option for treatment of genotype 1 hepatitis C virus in Japanese patients. Funding Gilead Sciences.

Protease inhibitors have improved treatment of infection with hepatitis C virus (HCV), but dosing, a low barrier to resistance, drug interactions, and side-effects restrict their use. We assessed the safety and efficacy of sofosbuvir, a uridine nucleotide analogue, in treatment-naive patients with genotype 1-3 HCV infection.In this two-cohort, phase 2 trial, we recruited treatment-naive patients with HCV genotypes 1-3 from 22 centres in the USA. All patients were recruited between Aug 16, 2010, and Dec 13, 2010, and were eligible for inclusion if they were aged 18-70 years, had an HCV RNA concentration of 50,000 IU/mL or greater, and had no cirrhosis. We randomly allocated all eligible patients with HCV genotype 1 (cohort A) to receive sofosbuvir 200 mg, sofosbuvir 400 mg, or placebo (2:2:1) for 12 weeks in combination with peginterferon (180 μg per week) and ribavirin (1000-1200 mg daily), after which they continued peginterferon and ribavirin for an additional 12 weeks or 36 weeks (depending on viral response). Randomisation was done by use of a computer-generated randomisation sequence and patients and investigators were masked to treatment allocation until week 12. Patients with genotypes 2 or 3 (cohort B) received open-label sofosbuvir 400 mg plus peginterferon and ribavirin for 12 weeks. Our primary outcomes were safety and tolerability. Secondary efficacy analyses were by intention to treat and endpoints included sustained virological response, defined as undetectable HCV RNA at post-treatment weeks 12 and 24. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01188772.In cohort A, 122 patients were assigned 200 mg sofosbuvir (48 patients), 400 mg sofosbuvir (48), or placebo (26). We enrolled 25 patients into cohort B. The most common adverse events--fatigue, headache, nausea, and chills--were consistent with those associated with peginterferon and ribavirin. Eight patients discontinued treatment due to adverse events, two (4%) receiving sofosbuvir 200 mg, three (6%) receiving sofosbuvir 400 mg, and three (12%) receiving placebo. In cohort A, HCV RNA was undetectable at post-treatment week 12 in 43 (90%; 95% CI 77-97) of 48 patients in the 200 mg sofosbuvir group; 43 (91%; 80-98) of 47 patients in the 400 mg sofosbuvir group, and 15 (58%; 37-77) of 26 patients in the placebo group. In cohort B, 23 (92%) of 25 patients had undetectable HCV RNA at post-treatment week 12.Our findings lend support to the further assessment, in phase 2 and 3 trials, of sofosbuvir 400 mg plus peginterferon and ribavirin for 12 weeks in treatment-naive patients with HCV genotype-1.Gilead Sciences.

Hepatitis C virus (HCV) exhibits great genetic diversity and is classified into 7 genotypes (GTs), with varied geographic prevalence. Until the recent development of pangenotypic direct-acting antiviral regimens, the determination of HCV GT was necessary to inform optimal treatment. Plasma samples with unresolved GT using standard commercial genotyping methods were subjected to HCV full-genome sequencing, and phylogenetic analysis was performed to assign GT. Four patients, previously classified as GT5 by LiPA or Abbott RealTime polymerase chain reaction assays, were identified as infected with a novel HCV GT. This novel HCV GT, GT8, is genetically distinct from previously identified HCV GT1–7 with >30% nucleotide sequence divergence to the established HCV subtypes. All 4 patients were originally from Punjab, India, but now reside in Canada and are epidemiologically unlinked. Despite presence of baseline resistance-associated substitutions within the GT8 virus of all 4 patients (NS3: V36L, Q80K/R; NS5A: Q30S, Y93S), all patients achieved a sustained virologic response; 2 treated with sofosbuvir/velpatasvir/voxilaprevir for 8 weeks, 1 with sofosbuvir/ledipasvir plus ribavirin for 24 weeks and 1 with sofosbuvir plus daclatasvir for 12 weeks. The discovery of a novel HCV GT8 confirms the circulation of this newly identified lineage in the human population.

Data demonstrate a uniform susceptibility of subject-derived hepatitis C virus (HCV) to sofosbuvir, and also show that selection of sofosbuvir-resistant HCV is exceedingly rare and is associated with a significant reduction in viral fitness. Background. Sofosbuvir is a chain-terminating nucleotide analogue inhibitor of the hepatitis C virus (HCV) NS5B RNA polymerase that is efficacious in subjects with HCV genotype 1–6 infection. Sofosbuvir resistance is primarily conferred by the S282T substitution in NS5B. Methods. NS5B sequencing and susceptibility testing of HCV from subjects infected with genotypes 1–6 who participated in phase 2 and 3 sofosbuvir clinical trials was performed. Results. No NS5B variants present at baseline among 1645 sofosbuvir-treated subjects were associated with treatment failure; sofosbuvir susceptibility was within 2-fold of reference. Among 282 subjects who did not achieve sustained virologic response, no novel sofosbuvir resistance–associated variants were identified, and the NS5B changes observed did not confer significant reductions in sofosbuvir susceptibility. In 1 subject with S282T observed at relapse 4 weeks after sofosbuvir monotherapy, the resistant variant (13.5-fold reduced sofosbuvir susceptibility, replication capacity <2% of control) became undetectable by deep sequencing 12 weeks after treatment. L159F and V321A were identified as treatment-emergent variants but did not confer resistance to sofosbuvir in the replicon system. Conclusions. These data demonstrate a uniform susceptibility of subject-derived HCV to sofosbuvir, and also show that selection of sofosbuvir-resistant HCV is exceedingly rare and is associated with a significant reduction in viral fitness.