Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
WB
William Beggs
Author with expertise in Genomic Selection in Plant and Animal Breeding
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(100% Open Access)
Cited by:
677
h-index:
15
/
i10-index:
16
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genetic adaptation to high altitude in the Ethiopian highlands

Laura Scheinfeldt et al.Jan 1, 2012
Genomic analysis of high-altitude populations residing in the Andes and Tibet has revealed several candidate loci for involvement in high-altitude adaptation, a subset of which have also been shown to be associated with hemoglobin levels, including EPAS1, EGLN1, and PPARA, which play a role in the HIF-1 pathway. Here, we have extended this work to high- and low-altitude populations living in Ethiopia, for which we have measured hemoglobin levels. We genotyped the Illumina 1M SNP array and employed several genome-wide scans for selection and targeted association with hemoglobin levels to identify genes that play a role in adaptation to high altitude.We have identified a set of candidate genes for positive selection in our high-altitude population sample, demonstrated significantly different hemoglobin levels between high- and low-altitude Ethiopians and have identified a subset of candidate genes for selection, several of which also show suggestive associations with hemoglobin levels.We highlight several candidate genes for involvement in high-altitude adaptation in Ethiopia, including CBARA1, VAV3, ARNT2 and THRB. Although most of these genes have not been identified in previous studies of high-altitude Tibetan or Andean population samples, two of these genes (THRB and ARNT2) play a role in the HIF-1 pathway, a pathway implicated in previous work reported in Tibetan and Andean studies. These combined results suggest that adaptation to high altitude arose independently due to convergent evolution in high-altitude Amhara populations in Ethiopia.
0
Citation363
0
Save
17

The Genetic and Evolutionary Basis of Gene Expression Variation in East Africans

Derek Kelly et al.Feb 16, 2022
Abstract Background Mapping of quantitative trait loci (QTL) associated with molecular phenotypes is a powerful approach for identifying the genes and molecular mechanisms underlying human traits and diseases. How the genetic architecture of molecular traits varies across human populations, however, has been less explored. To better understand the genetics of gene regulation in East Africans, we perform expression and splicing QTL mapping in whole blood from a cohort of 162 diverse Africans from Ethiopia and Tanzania. We assess replication of these QTLs in cohorts of predominantly European ancestry and identify candidate genes under selection in human populations. Results We find the gene regulatory architecture of African and non-African populations is broadly shared, though there is a considerable amount of variation at individual loci across populations. Comparing our analyses to an equivalently sized cohort of European Americans, we find that QTL mapping in Africans improves the detection of expression QTLs and fine mapping of causal variation. Integrating our QTL scans with signatures of selection, we find several genes related to immunity and metabolism that are highly differentiated between Africans and non-Africans, as well as a gene associated with pigmentation, TMEM216 , with evidence of population-specific selection in Nilo-Saharan speaking pastoralists. Conclusion Extending QTL-mapping studies beyond groups of European ancestry, particularly to diverse indigenous populations, is vital for a complete understanding of the genetic architecture of human traits and can reveal novel functional variation underlying human traits and disease.
17
Citation1
0
Save