Abstract The E3 ligase TRIM7 has emerged as a critical player in viral infection and pathogenesis. A recent study found that TRIM7 inhibits human enteroviruses through ubiquitination and proteasomal degradation of viral 2BC protein by targeting the 2C moiety of 2BC protein. Here, we report the crystal structures of TRIM7 in complex with 2C, where the C-terminal region of 2C is inserted into a positively charged groove of the TRIM7 PRY-SPRY domain. Structure-guided biochemical studies revealed the C-terminus glutamine residue of 2C as the primary determinant for TRIM7 binding. Such a glutamine-end motif binding mechanism can be successfully extended to other substrates of TRIM7. More importantly, leveraged by this finding, we were able to identify norovirus and SARS-CoV-2 proteins, and physiological proteins, as new TRIM7 substrates. We further show that TRIM7 may function as a restriction factor to promote the degradation of the viral proteins of norovirus and SARS-CoV-2, thereby restoring the Type I interferon immune response and inhibiting viral infection. Several crystal structures of TRIM7 in complex with SARS-CoV-2 proteins are also determined, and a conserved C-terminus glutamine-specific interaction is observed. These findings unveil a common recognition mode by TRIM7, providing the foundation for further mechanistic characterization of antiviral and cellular functions of TRIM7.

TIP60 consists of an N-terminal chromo barrel domain (TIP60-CB) and a C-terminal acetyltransferase domain and acetylates histone and non-histone proteins within diverse cellular processes. Whereas the TIP60-CB is thought to recognize histone tails, molecular details of this interaction remain unclear. Here we attempted a quantitative analysis of the interaction between the TIP60-CB and histone peptides, but did not observe any binding through either fluorescence polarization or isothermal titration calorimetry. We solved a crystal structure of the TIP60-CB alone. Analysis of the crystal structure demonstrates a putative peptide binding site that may be occluded by the basic side chain of a residue in a unique β hairpin between the two N-terminal strands of the β barrel.

ABSTRACT Objective To investigate IL-17 expression in orthodontic tooth movement and orthodontic nickel-titanium spring-induced inflammatory root resorption. Methods Orthodontic nickel-titanium springs were ligated between the bilateral maxillary first molar and the incisors of the rats to establish a rat model of orthodontic tooth movement (OTM), each rat was subjected to two cycles of near-GCF and peripheral blood serum collection before and after force application, and IL-17 levels in GCF and serum were measured quantitatively by ELISA. Morphological changes in periodontal tissue and root of the experimental dentine were evaluated by hematoxylin and eosin staining. Tartrate-resistant acid phosphatase staining and immunohistochemistry were used to determine the osteoclast number and expression changes in IL-17, receptor activator of nuclear factor kappa-B ligand (RANKL), and osteoprotegerin (OPG) in the periodontal tissues, respectively, on the pressure side of the experimental tooth. Results IL-17 was detected in GCF and serum. The pressure area exhibited alveolar bone resorption only at a force of 20g. Additionally, a force of 60g led to root resorption. IL-17, RANKL/OPG and osteoclast number showed similar trend that all expressed increasing high level at early stage, then significantly decreased from days 5 to 14, and revealed 60g group the highest expression level while 0g group the lowest. The change in the IL-17 level in the GCF was strongly correlated with IL-17 and RANKL/OPG expression levels and osteoclast numbers in the periodontal ligament. Conclusions The results indicated that measuring IL-17 level in GCF can predict the risk of alveolar bone and root resorption induced by orthodontic treatment.

Porting codes to GPU often requires major efforts.While several tools exist for automatically offload numerical libraries such as BLAS and LAPACK, they often prove impractical due to the high cost of mandatory data transfer.The new unified memory architecture in NVIDIA Grace-Hopper allows high bandwidth cachecoherent memory access of all memory from both CPU and GPU, potentially eliminating bottleneck faced in conventional architecture.This breakthrough opens up new avenues for application development and porting strategies.In this study, we introduce a new tool for automatic BLAS offload, the tool leverages the high speed cache coherent NVLink C2C interconnect in Grace-Hopper, and enables performant GPU offload for BLAS heavy applications with no code changes or recompilation.The tool was tested on two quantum chemistry or physics codes, great performance benefits were observed. CCS CONCEPTS• General and reference →

The quantum many-body problem is an important topic in condensed matter physics. To efficiently solve the problem, several methods have been developed to improve the representation ability of wave functions. For the Fermi-Hubbard model under periodic boundary conditions, current state-of-the-art methods are neural network backflows and the hidden fermion Slater determinant. The backflow correction is an efficient way to improve the Slater determinant of free particles. In this work we propose a tensor representation of the backflow-corrected wave function; we show that for the spinless $t\text{\ensuremath{-}}V$ model, the energy precision is competitive or even lower than current state-of-the-art fermionic tensor network methods. For models with spin, we further improve the representation ability by considering backflows on fictitious particles with different spins, thus naturally introducing nonzero backflow corrections when the orbital and the particle have opposite spins. We benchmark our method on molecules in the STO-3G basis and the Fermi-Hubbard model with periodic and cylindrical boundary conditions. We show that the tensor representation of backflow corrections achieves competitive or even lower-energy results than current state-of-the-art neural network methods.