Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
XL
Xuedie Liu
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(100% Open Access)
Cited by:
4
h-index:
11
/
i10-index:
12
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
10

Chinese fir genome and the evolution of gymnosperms

Shan-Hsiung Lin et al.Oct 26, 2022
Abstract Seed plants comprise angiosperms and gymnosperms. The latter includes gnetophytes, cycads, Ginkgo, and conifers. Conifers are distributed worldwide, with 630 species distributed across eight families and 70 genera. Their distinctiveness has triggered much debate on their origin, evolution, and phylogenetic placement among seed plants. To better understand the evolution of gymnosperms and their relation to other seed plants, we report here a high-quality genome sequence for a tree species, Chinese fir ( Cunninghamia lanceolata ), which has excellent timber quality and high aluminum adaptability and is a member of Cupressaceae with high levels of heterozygosity. We assembled an 11.24 Gb genome with a contig N50 value of 2.15 Mb and anchored the 10.89 Gb sequence to 11 chromosomes. Phylogenomic analyses showed that cycads sister to Ginkgo, which place to sister in all gymnosperm lineages, and Gnetales within conifers sister to Pinaceae. Whole-genome duplication (WGD) analysis showed that the ancestor of seed plants has differentiated into angiosperms and gymnosperms after having experienced a WGD event. The ancestor of extant gymnosperm has experienced a gymnosperm-specific WGD event and the extant angiosperms do not share a common WGD before their most recent common ancestor diverged into existing angiosperms lineages. Analysis of the MADS-box gene family of C. lanceolata revealed the developmental mechanism of the reproductive organs in C. lanceolata , which supported the (A)B(C) model of the development of gymnosperms reproductive organs. In addition, astringent seeds and shedding of whole branches (with withered leaves) might be a strategy of C. lanceolata that evolved during long-term adaptation to an aluminum-rich environment. The findings also reveal the molecular regulation mechanism of shade tolerance in C. lanceolata seedlings. Our results improve the resolution of ancestral genomic features within seed plants and the knowledge of genome evolution and diversification of gymnosperms.
10
Citation4
0
Save
1

Selection and Validation of Reference Genes Desirable for Gene Expression Analysis by qRT-PCR on Seed Germination ofCastanea henryi

Bin Liu et al.Jan 27, 2021
Abstract Seed germination is the beginning of the plant’s life cycle, and seed biology is one of the most extensively researched areas in plant physiology, however, Castanea henryi as an important seed plant, the stable internal reference gene during germination is not clear. In this study, seven candidate genes (TUA, TUB, TIF, UBC, RPL21, RPL30, RPL34) were screened out from transcriptome data, we analyzed the expression of seven candidate reference genes in C. henryi at different germination stages with RT–qPCR, and using common algorithms including NormFinder, geNorm and BestKeeper to evaluate the candidate genes stability. The results showed that RPL34 and RPL30 were selected as the most stable genes by NormFinder; TIF was the most stable gene identified by BestKeeper; RPL34 and RPL21 were the most stable genes ranked by geNorm, and TUB was the most unstable gene identified by all of the three software. The RPL34 gene was used as the reference gene, to detected the expression trend of two starch synthetase genes SS1 and SS2 during germination by RT–qPCR, the results of RT–qPCR and transcriptome sequencing were basically consistent, which verified the stability of RPL34 candidate gene. Our result is not only showed functional genes for germination of C. henryi seeds and provide useful guidelines for the selection of reliable reference genes for the normalization of RT– qPCR data for germination of seed plants.
0

Mitochondrial Genome Characteristics Reveal Evolution of Danxiaorchis yangii and Phylogenetic Relationships

Xuedie Liu et al.Jan 10, 2025
Danxiaorchis yangii is a fully mycoheterotrophic orchid that lacks both leaves and roots, belonging to the genus Danxiaorchis in the subtribe Calypsoinae. In this study, we assembled and annotated its mitochondrial genome (397,867 bp, GC content: 42.70%), identifying 55 genes, including 37 protein-coding genes (PCGs), 16 tRNAs, and 2 rRNAs, and conducted analyses of relative synonymous codon usage (RSCU), repeat sequences, horizontal gene transfers (HGTs), and gene selective pressure (dN/dS). Additionally, we sequenced and assembled its plastome, which has a reduced size of 110,364 bp (GC content: 36.60%), comprising 48 PCGs, 26 tRNAs, and 4 rRNAs. We identified 64 potential chloroplast DNA fragments transferred to the mitogenome. Phylogenomic analysis focusing on 33 mitogenomes, with Vitis vinifera as the outgroup, indicated that D. yangii is grouped as follows: D. yangii + ((Dendrobium wilsonii + Dendrobium wilsonii henanense) + Phalaenopsis aphrodite). Phylogenetic analysis based on 83 plastid PCGs from these species showed that D. yangii is grouped as follows: (D. yangii + Pha. aphrodite) + (Den. wilsonii + Den. henanense). Gene selective pressure analysis revealed that most mitochondrial and plastid genes in D. yangii are under purifying selection, ensuring functional stability, and certain genes may have undergone positive selection or adaptive evolution, reflecting the species’ adaptation to specific ecological environments. Our study provides valuable data on the plastomes and mitogenomes of D. yangii and lays the groundwork for future research on genetic variation, evolutionary relationships, and the breeding of orchids.