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Lili Song
Author with expertise in Particle Filtering and Nonlinear Estimation Methods
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Hi-TOM: a platform for high-throughput tracking of mutations induced by CRISPR/Cas systems

Qing Liu et al.Dec 18, 2017
The CRISPR/Cas system has been extensively applied to make precise genetic modifications in various organisms. Despite its importance and widespread use, large-scale mutation screening remains time-consuming, labour-intensive and costly. Here, we describe a cheap, practicable and high-throughput screening strategy that allows parallel screening of 96 × N (N denotes the number of targets) genome-modified sites. The strategy simplified the construction of next-generation sequencing (NGS) library by fixing the second-round PCR primers. We also developed Hi-TOM (available at http://www.hi-tom.net/hi-tom/), an online tool to track the mutations with precise percentage. Hi-TOM does not require cumbersome parameter configuration or additional data analysis; thus, it can be exploited by researchers who are unfamiliar with NGS or bioinformatics. Analysis of the samples from rice, hexaploid wheat and human cells reveals that the Hi-TOM tool has high reliability and sensitivity. The simplicity, convenience and comprehensive output make Hi-TOM particularly suitable for high-throughput identification of all types of mutations induced by CRISPR/Cas systems.
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Distributed Consensus Multi-Distribution Filter for Heavy-Tailed Noise

Guanqing Chang et al.Jun 28, 2024
Distributed state estimation is one of the critical technologies in the field of target tracking, where the process noise and measurement noise may have a heavy-tailed distribution. Traditionally, heavy-tailed distributions like the student-t distribution are employed, but our observation reveals that Gaussian noise predominates in many instances, with occasional outliers. This sporadic reliance on heavy-tailed distributions can degrade performances or necessitate frequent parameter adjustments. To overcome this, we introduce a novel distributed consensus multi-distribution state estimation method that combines Gaussian and student-t filters. Our approach establishes a system model using both Gaussian and student-t distributions. We derive a multi-distribution filter for a single sensor, assigning probabilities to Gaussian and student-t noise models. Parallel estimation under both distributions, utilizing Gaussian and student-t filters, allows us to calculate the likelihood of each distribution. The fusion of these results yields a mixed-state estimation and corresponding error matrix. Recognizing the increasing degrees of freedom in the student-t distribution over time, we provide an effective approximation. An information consensus strategy for multi-distribution filters is introduced, achieving global estimation through consensus on fused local filter results via interaction with neighboring nodes. This methodology is extended to the distributed case, and the recursive process of the distributed multi-distribution consensus state estimation method is presented. Simulation results demonstrate that the estimation accuracy of the proposed algorithm improved by at least 20% compared to that of the traditional algorithm in scenarios involving both Gaussian and heavy-tailed distributions.