AS
André Scherag
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
17
(76% Open Access)
Cited by:
10,669
h-index:
66
/
i10-index:
183
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Assessment of Clinical Criteria for Sepsis

Christopher Seymour et al.Feb 23, 2016

Importance

 The Third International Consensus Definitions Task Force defined sepsis as “life-threatening organ dysfunction due to a dysregulated host response to infection.” The performance of clinical criteria for this sepsis definition is unknown. 

Objective

 To evaluate the validity of clinical criteria to identify patients with suspected infection who are at risk of sepsis. 

Design, Settings, and Population

 Among 1.3 million electronic health record encounters from January 1, 2010, to December 31, 2012, at 12 hospitals in southwestern Pennsylvania, we identified those with suspected infection in whom to compare criteria. Confirmatory analyses were performed in 4 data sets of 706 399 out-of-hospital and hospital encounters at 165 US and non-US hospitals ranging from January 1, 2008, until December 31, 2013. 

Exposures

 Sequential [Sepsis-related] Organ Failure Assessment (SOFA) score, systemic inflammatory response syndrome (SIRS) criteria, Logistic Organ Dysfunction System (LODS) score, and a new model derived using multivariable logistic regression in a split sample, the quick Sequential [Sepsis-related] Organ Failure Assessment (qSOFA) score (range, 0-3 points, with 1 point each for systolic hypotension [≤100 mm Hg], tachypnea [≥22/min], or altered mentation). 

Main Outcomes and Measures

 For construct validity, pairwise agreement was assessed. For predictive validity, the discrimination for outcomes (primary: in-hospital mortality; secondary: in-hospital mortality or intensive care unit [ICU] length of stay ≥3 days) more common in sepsis than uncomplicated infection was determined. Results were expressed as the fold change in outcome over deciles of baseline risk of death and area under the receiver operating characteristic curve (AUROC). 

Results

 In the primary cohort, 148 907 encounters had suspected infection (n = 74 453 derivation; n = 74 454 validation), of whom 6347 (4%) died. Among ICU encounters in the validation cohort (n = 7932 with suspected infection, of whom 1289 [16%] died), the predictive validity for in-hospital mortality was lower for SIRS (AUROC = 0.64; 95% CI, 0.62-0.66) and qSOFA (AUROC = 0.66; 95% CI, 0.64-0.68) vs SOFA (AUROC = 0.74; 95% CI, 0.73-0.76;P < .001 for both) or LODS (AUROC = 0.75; 95% CI, 0.73-0.76;P < .001 for both). Among non-ICU encounters in the validation cohort (n = 66 522 with suspected infection, of whom 1886 [3%] died), qSOFA had predictive validity (AUROC = 0.81; 95% CI, 0.80-0.82) that was greater than SOFA (AUROC = 0.79; 95% CI, 0.78-0.80;P < .001) and SIRS (AUROC = 0.76; 95% CI, 0.75-0.77;P < .001). Relative to qSOFA scores lower than 2, encounters with qSOFA scores of 2 or higher had a 3- to 14-fold increase in hospital mortality across baseline risk deciles. Findings were similar in external data sets and for the secondary outcome. 

Conclusions and Relevance

 Among ICU encounters with suspected infection, the predictive validity for in-hospital mortality of SOFA was not significantly different than the more complex LODS but was statistically greater than SIRS and qSOFA, supporting its use in clinical criteria for sepsis. Among encounters with suspected infection outside of the ICU, the predictive validity for in-hospital mortality of qSOFA was statistically greater than SOFA and SIRS, supporting its use as a prompt to consider possible sepsis.
0

Common variants near MC4R are associated with fat mass, weight and risk of obesity

Ruth Loos et al.May 4, 2008
To identify common variants influencing body mass index (BMI), we analyzed genome-wide association data from 16,876 individuals of European descent. After previously reported variants in FTO, the strongest association signal (rs17782313, P = 2.9 × 10−6) mapped 188 kb downstream of MC4R (melanocortin-4 receptor), mutations of which are the leading cause of monogenic severe childhood-onset obesity. We confirmed the BMI association in 60,352 adults (per-allele effect = 0.05 Z-score units; P = 2.8 × 10−15) and 5,988 children aged 7–11 (0.13 Z-score units; P = 1.5 × 10−8). In case-control analyses (n = 10,583), the odds for severe childhood obesity reached 1.30 (P = 8.0 × 10−11). Furthermore, we observed overtransmission of the risk allele to obese offspring in 660 families (P (pedigree disequilibrium test average; PDT-avg) = 2.4 × 10−4). The SNP location and patterns of phenotypic associations are consistent with effects mediated through altered MC4R function. Our findings establish that common variants near MC4R influence fat mass, weight and obesity risk at the population level and reinforce the need for large-scale data integration to identify variants influencing continuous biomedical traits.
0
Citation1,305
0
Save
0

Dysfunction of lipid sensor GPR120 leads to obesity in both mouse and human

Atsuhiko Ichimura et al.Feb 17, 2012
Mice deficient in the lipid sensor GPR120 develop obesity, glucose intolerance and fatty liver when fed a high-fat diet, and a loss-of-function variant in the GPR120 gene strongly contributes to increased obesity in human. The G-protein-coupled receptor GPR120 is a receptor for free fatty acids, and is involved in homeostasis mechanisms such as fat-cell generation and the regulation of appetite. Here it is shown that without GPR120, mice on a high-fat diet develop obesity, glucose intolerance and fatty liver. In humans, GPR120 expression in adipose tissue is shown to be significantly elevated in obesity. The authors also identify a mutation that inhibits GPR120 signalling activity and is associated with an increased risk for obesity in Europeans. Free fatty acids provide an important energy source as nutrients, and act as signalling molecules in various cellular processes1,2,3,4. Several G-protein-coupled receptors have been identified as free-fatty-acid receptors important in physiology as well as in several diseases3,5,6,7,8,9,10,11,12,13. GPR120 (also known as O3FAR1) functions as a receptor for unsaturated long-chain free fatty acids and has a critical role in various physiological homeostasis mechanisms such as adipogenesis, regulation of appetite and food preference5,6,14,15,16. Here we show that GPR120-deficient mice fed a high-fat diet develop obesity, glucose intolerance and fatty liver with decreased adipocyte differentiation and lipogenesis and enhanced hepatic lipogenesis. Insulin resistance in such mice is associated with reduced insulin signalling and enhanced inflammation in adipose tissue. In human, we show that GPR120 expression in adipose tissue is significantly higher in obese individuals than in lean controls. GPR120 exon sequencing in obese subjects reveals a deleterious non-synonymous mutation (p.R270H) that inhibits GPR120 signalling activity. Furthermore, the p.R270H variant increases the risk of obesity in European populations. Overall, this study demonstrates that the lipid sensor GPR120 has a key role in sensing dietary fat and, therefore, in the control of energy balance in both humans and rodents.
0

Genome Wide Association (GWA) Study for Early Onset Extreme Obesity Supports the Role of Fat Mass and Obesity Associated Gene (FTO) Variants

Anke Hinney et al.Dec 26, 2007
Background Obesity is a major health problem. Although heritability is substantial, genetic mechanisms predisposing to obesity are not very well understood. We have performed a genome wide association study (GWA) for early onset (extreme) obesity. Methodology/Principal Findings a) GWA (Genome-Wide Human SNP Array 5.0 comprising 440,794 single nucleotide polymorphisms) for early onset extreme obesity based on 487 extremely obese young German individuals and 442 healthy lean German controls; b) confirmatory analyses on 644 independent families with at least one obese offspring and both parents. We aimed to identify and subsequently confirm the 15 SNPs (minor allele frequency ≥10%) with the lowest p-values of the GWA by four genetic models: additive, recessive, dominant and allelic. Six single nucleotide polymorphisms (SNPs) in FTO (fat mass and obesity associated gene) within one linkage disequilibrium (LD) block including the GWA SNP rendering the lowest p-value (rs1121980; log-additive model: nominal p = 1.13×10−7, corrected p = 0.0494; odds ratio (OR)CT 1.67, 95% confidence interval (CI) 1.22–2.27; ORTT 2.76, 95% CI 1.88–4.03) belonged to the 15 SNPs showing the strongest evidence for association with obesity. For confirmation we genotyped 11 of these in the 644 independent families (of the six FTO SNPs we chose only two representing the LD bock). For both FTO SNPs the initial association was confirmed (both Bonferroni corrected p<0.01). However, none of the nine non-FTO SNPs revealed significant transmission disequilibrium. Conclusions/Significance Our GWA for extreme early onset obesity substantiates that variation in FTO strongly contributes to early onset obesity. This is a further proof of concept for GWA to detect genes relevant for highly complex phenotypes. We concurrently show that nine additional SNPs with initially low p-values in the GWA were not confirmed in our family study, thus suggesting that of the best 15 SNPs in the GWA only the FTO SNPs represent true positive findings.
0
Citation505
0
Save
0

Quality control and conduct of genome-wide association meta-analyses

Thomas Winkler et al.Apr 24, 2014
A protocol providing guidelines on the organizational aspects of genome-wide association meta-analyses and to implement quality control at the study file level, the meta-level across studies, and the meta-analysis output level. Rigorous organization and quality control (QC) are necessary to facilitate successful genome-wide association meta-analyses (GWAMAs) of statistics aggregated across multiple genome-wide association studies. This protocol provides guidelines for (i) organizational aspects of GWAMAs, and for (ii) QC at the study file level, the meta-level across studies and the meta-analysis output level. Real-world examples highlight issues experienced and solutions developed by the GIANT Consortium that has conducted meta-analyses including data from 125 studies comprising more than 330,000 individuals. We provide a general protocol for conducting GWAMAs and carrying out QC to minimize errors and to guarantee maximum use of the data. We also include details for the use of a powerful and flexible software package called EasyQC. Precise timings will be greatly influenced by consortium size. For consortia of comparable size to the GIANT Consortium, this protocol takes a minimum of about 10 months to complete.
0
Citation453
0
Save
0

Radioembolization with yttrium-90 glass microspheres in hepatocellular carcinoma: European experience on safety and long-term survival

Philip Hilgard et al.Aug 31, 2010
Radioembolization has been demonstrated to allow locoregional therapy of patients with hepatocellular carcinoma not eligible for transarterial chemoembolization or other local therapies. The aim of this study was to validate evidence of the safety and efficacy of this treatment in a European sample of patients with advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Therefore, 108 consecutive patients with advanced HCC and liver cirrhosis were included. Yttrium-90 (Y-90) microspheres were administered in a lobar fashion over the right or left branch of the hepatic artery. The response to treatment was evaluated by computed tomography (CT) imaging applying Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) and World Health Organization (WHO) criteria with recent European Association for the Study of the Liver / National Cancer Institute (EASL/NCI) amendments. Time to progression (TTP) and overall survival were estimated by the Kaplan-Meier method. In all, 159 treatment sessions were performed ranging between one to three treatments per patient. The mean radiation dose per treatment was 120 (± 18) Gy. According to EASL criteria, complete responses were determined in 3% of patients, partial responses in 37%, stable disease 53%, and primary progression in 6% of patients. TTP was 10.0 months, whereas the median overall survival was 16.4 months. No lung or visceral toxicity was observed. The most frequently observed adverse events was a transient fatigue-syndrome.Radioembolization with Y-90 glass microspheres for patients with advanced HCC is a safe and effective treatment which can be utilized even in patients with compromised liver function. Because TTP and survival appear to be comparable to systemic therapy in selected patients with advanced HCC, randomized controlled trials in combination with systemic therapy are warranted.
0

Sex-stratified Genome-wide Association Studies Including 270,000 Individuals Show Sexual Dimorphism in Genetic Loci for Anthropometric Traits

Joshua Randall et al.Jun 6, 2013
Given the anthropometric differences between men and women and previous evidence of sex-difference in genetic effects, we conducted a genome-wide search for sexually dimorphic associations with height, weight, body mass index, waist circumference, hip circumference, and waist-to-hip-ratio (133,723 individuals) and took forward 348 SNPs into follow-up (additional 137,052 individuals) in a total of 94 studies. Seven loci displayed significant sex-difference (FDR<5%), including four previously established (near GRB14/COBLL1, LYPLAL1/SLC30A10, VEGFA, ADAMTS9) and three novel anthropometric trait loci (near MAP3K1, HSD17B4, PPARG), all of which were genome-wide significant in women (P<5×10−8), but not in men. Sex-differences were apparent only for waist phenotypes, not for height, weight, BMI, or hip circumference. Moreover, we found no evidence for genetic effects with opposite directions in men versus women. The PPARG locus is of specific interest due to its role in diabetes genetics and therapy. Our results demonstrate the value of sex-specific GWAS to unravel the sexually dimorphic genetic underpinning of complex traits.
0
Citation406
0
Save
0

A genome-wide association study of anorexia nervosa

Vesna Perica et al.Feb 11, 2014
Anorexia nervosa (AN) is a complex and heritable eating disorder characterized by dangerously low body weight. Neither candidate gene studies nor an initial genome-wide association study (GWAS) have yielded significant and replicated results. We performed a GWAS in 2907 cases with AN from 14 countries (15 sites) and 14 860 ancestrally matched controls as part of the Genetic Consortium for AN (GCAN) and the Wellcome Trust Case Control Consortium 3 (WTCCC3). Individual association analyses were conducted in each stratum and meta-analyzed across all 15 discovery data sets. Seventy-six (72 independent) single nucleotide polymorphisms were taken forward for in silico (two data sets) or de novo (13 data sets) replication genotyping in 2677 independent AN cases and 8629 European ancestry controls along with 458 AN cases and 421 controls from Japan. The final global meta-analysis across discovery and replication data sets comprised 5551 AN cases and 21 080 controls. AN subtype analyses (1606 AN restricting; 1445 AN binge–purge) were performed. No findings reached genome-wide significance. Two intronic variants were suggestively associated: rs9839776 (P=3.01 × 10−7) in SOX2OT and rs17030795 (P=5.84 × 10−6) in PPP3CA. Two additional signals were specific to Europeans: rs1523921 (P=5.76 × 10−6) between CUL3 and FAM124B and rs1886797 (P=8.05 × 10−6) near SPATA13. Comparing discovery with replication results, 76% of the effects were in the same direction, an observation highly unlikely to be due to chance (P=4 × 10−6), strongly suggesting that true findings exist but our sample, the largest yet reported, was underpowered for their detection. The accrual of large genotyped AN case-control samples should be an immediate priority for the field.
0
Citation306
0
Save
0

Polymorphonuclear granulocytes in human head and neck cancer: Enhanced inflammatory activity, modulation by cancer cells and expansion in advanced disease

Sokratis Trellakis et al.Dec 28, 2010
Abstract The progression of epithelial cancer is associated with an intense immunological interaction between the tumor cells and immune cells of the host. However, little is known about the interaction between tumor cells and polymorphonuclear granulocytes (PMNs) in patients with head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). In our study, we investigated systemic PMN‐related alterations in HNSCC, the role of tumor‐infiltrating PMNs and their modulation by the tumor microenvironment. We assessed the infiltration of HNSCC tissue by PMNs (retrospectively) and systemic PMN‐related alterations in blood values (prospectively) in HNSCC patients ( n = 99 and 114, respectively) and control subjects ( n = 41). PMN recruitment, apoptosis and inflammatory activity were investigated in an in vitro system of peripheral blood PMNs and a human HNSCC cell line (FaDu). HNSCC tissue exhibited considerable infiltration by PMNs, and strong infiltration was associated with poorer survival in advanced disease. PMN count, neutrophil‐to‐lymphocyte ratio and serum concentrations of CXCL8 (interleukin‐8), CCL4 (MIP‐1β) and CCL5 (RANTES) were significantly higher in the peripheral blood of HNSCC patients than in that of controls. In vitro , HNSCC‐conditioned medium inhibited apoptosis of PMNs, increased chemokinesis and chemotaxis of PMNs, induced release of lactoferrin and matrix metalloproteinase 9 by PMNs and enhanced the secretion of CCL4 by PMN. Our findings demonstrate alterations in PMN biology in HNSCC patients. In vitro , tumor‐derived factors modulate cellular functions of PMNs and increase their inflammatory activity. Thus, the interaction between HNSCC and PMNs may contribute to host‐mediated changes in the tumor microenvironment.
0
Citation251
0
Save
Load More