The primary endosymbiotic origin of the plastid in eukaryotes more than 1 billion years ago led to the evolution of algae and plants. We analyzed draft genome and transcriptome data from the basally diverging alga Cyanophora paradoxa and provide evidence for a single origin of the primary plastid in the eukaryote supergroup Plantae. C. paradoxa retains ancestral features of starch biosynthesis, fermentation, and plastid protein translocation common to plants and algae but lacks typical eukaryotic light-harvesting complex proteins. Traces of an ancient link to parasites such as Chlamydiae were found in the genomes of C. paradoxa and other Plantae. Apparently, Chlamydia-like bacteria donated genes that allow export of photosynthate from the plastid and its polymerization into storage polysaccharide in the cytosol.

Marine protist cells from the wild environment contain DNA from several viruses and bacteria, but apparently lack plastids.

The tribe Aedini (Family Culicidae) contains approximately one-quarter of the known species of mosquitoes, including vectors of deadly or debilitating disease agents. This tribe contains the genus Aedes, which is one of the three most familiar genera of mosquitoes. During the past decade, Aedini has been the focus of a series of extensive morphology-based phylogenetic studies published by Reinert, Harbach, and Kitching (RH&K). Those authors created 74 new, elevated or resurrected genera from what had been the single genus Aedes, almost tripling the number of genera in the entire family Culicidae. The proposed classification is based on subjective assessments of the "number and nature of the characters that support the branches" subtending particular monophyletic groups in the results of cladistic analyses of a large set of morphological characters of representative species. To gauge the stability of RH&K's generic groupings we reanalyzed their data with unweighted parsimony jackknife and maximum-parsimony analyses, with and without ordering 14 of the characters as in RH&K. We found that their phylogeny was largely weakly supported and their taxonomic rankings failed priority and other useful taxon-naming criteria. Consequently, we propose simplified aedine generic designations that 1) restore a classification system that is useful for the operational community; 2) enhance the ability of taxonomists to accurately place new species into genera; 3) maintain the progress toward a natural classification based on monophyletic groups of species; and 4) correct the current classification system that is subject to instability as new species are described and existing species more thoroughly defined. We do not challenge the phylogenetic hypotheses generated by the above-mentioned series of morphological studies. However, we reduce the ranks of the genera and subgenera of RH&K to subgenera or informal species groups, respectively, to preserve stability as new data become available.

Transcriptome and genome data from twenty stony coral species and a selection of reference bilaterians were studied to elucidate coral evolutionary history. We identified genes that encode the proteins responsible for the precipitation and aggregation of the aragonite skeleton on which the organisms live, and revealed a network of environmental sensors that coordinate responses of the host animals to temperature, light, and pH. Furthermore, we describe a variety of stress-related pathways, including apoptotic pathways that allow the host animals to detoxify reactive oxygen and nitrogen species that are generated by their intracellular photosynthetic symbionts, and determine the fate of corals under environmental stress. Some of these genes arose through horizontal gene transfer and comprise at least 0.2% of the animal gene inventory. Our analysis elucidates the evolutionary strategies that have allowed symbiotic corals to adapt and thrive for hundreds of millions of years.

Importance Neurological manifestations during acute SARS-CoV-2–related multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) are common in hospitalized patients younger than 18 years and may increase risk of new neurocognitive or functional morbidity. Objective To assess the association of severe neurological manifestations during a SARS-CoV-2–related hospital admission with new neurocognitive or functional morbidities at discharge. Design, Setting, and Participants This prospective cohort study from 46 centers in 10 countries included patients younger than 18 years who were hospitalized for acute SARS-CoV-2 or MIS-C between January 2, 2020, and July 31, 2021. Exposure Severe neurological manifestations, which included acute encephalopathy, seizures or status epilepticus, meningitis or encephalitis, sympathetic storming or dysautonomia, cardiac arrest, coma, delirium, and stroke. Main Outcomes and Measures The primary outcome was new neurocognitive (based on the Pediatric Cerebral Performance Category scale) and/or functional (based on the Functional Status Scale) morbidity at hospital discharge. Multivariable logistic regression analyses were performed to examine the association of severe neurological manifestations with new morbidity in each SARS-CoV-2–related condition. Results Overall, 3568 patients younger than 18 years (median age, 8 years [IQR, 1-14 years]; 54.3% male) were included in this study. Most (2980 [83.5%]) had acute SARS-CoV-2; the remainder (588 [16.5%]) had MIS-C. Among the patients with acute SARS-CoV-2, 536 (18.0%) had a severe neurological manifestation during hospitalization, as did 146 patients with MIS-C (24.8%). Among survivors with acute SARS-CoV-2, those with severe neurological manifestations were more likely to have new neurocognitive or functional morbidity at hospital discharge compared with those without severe neurological manifestations (27.7% [n = 142] vs 14.6% [n = 356]; P < .001). For survivors with MIS-C, 28.0% (n = 39) with severe neurological manifestations had new neurocognitive and/or functional morbidity at hospital discharge compared with 15.5% (n = 68) of those without severe neurological manifestations ( P = .002). When adjusting for risk factors in those with severe neurological manifestations, both patients with acute SARS-CoV-2 (odds ratio, 1.85 [95% CI, 1.27-2.70]; P = .001) and those with MIS-C (odds ratio, 2.18 [95% CI, 1.22-3.89]; P = .009) had higher odds of having new neurocognitive and/or functional morbidity at hospital discharge. Conclusions and Relevance The results of this study suggest that children and adolescents with acute SARS-CoV-2 or MIS-C and severe neurological manifestations may be at high risk for long-term impairment and may benefit from screening and early intervention to assist recovery.

Sleep difficulties are common in CDKL5 deficiency disorder (CDD), a developmental and epileptic encephalopathy (DEE). This study evaluated the factor structure of the Disorders of Initiating and Maintaining Sleep (DIMS), Disorders of Excessive Daytime Somnolence (DOES) and Sleep Breathing Disorders (SBD) domains of the Sleep Disturbance Scale for Children (SDSC) for CDD.

The widespread algal and plant (Archaeplastida) plastid originated >1 billion years ago, therefore relatively little can be learned about plastid integration during the initial stages of primary endosymbiosis by studying these highly derived species. Here we focused on a unique model for endosymbiosis research, the photosynthetic amoeba Paulinella micropora KR01 (Rhizaria) that underwent a more recent independent primary endosymbiosis about 124 Mya. A total of 149 Gbp of PacBio and 19 Gbp of Illumina data were used to generate the draft assembly that comprises 7,048 contigs with N50=143,028 bp and a total length of 707 Mbp. Genome GC-content was 44% with 76% repetitive sequences. We predicted 32,358 genes that contain 73% of the complete, conserved genes in the BUSCO database. The mean intron length was 882 bp, which is significantly greater than in other Rhizaria (86~184 bp). Symbiotic bacteria from the culture were isolated and completed genomes were generated from three species ( Mesorhizobium amorphae Pch-S, Methylibium petroeiphilum Pch-M, Polaromonas sp. Pch-P) with one draft genome ( Pimelobacter simplex Pch-N). Our holobiont data establish P. micropora KR01 as a model for studying plastid integration and the role of bacterial symbionts in Paulinella biology.

Abstract Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is spreading rapidly in Asia. It is transmitted by Haemaphysalis longicornis (Asian longhorned tick, ALT), which has both parthenogenetically and sexually reproducing populations. Parthenogenetic populations were found in at least 15 provinces in China and strongly correlated with the distribution of SFTS. The distribution of SFTS cases was however poorly correlated with the distribution of populations of bisexual ALTs. Phylogeographic analysis suggested that the parthenogenetic population spread much faster than bisexual population because colonization is independent of sexual reproduction. A higher proportion of parthenogenetic ALTs were collected from migratory birds captured at an SFTS endemic area, implicating the contribution to the long-range movement of ALTs in China. The SFTSV susceptibility of parthenogenetic females was like that of bisexual females under laboratory conditions. These results suggest that parthenogenetic ALT, probably transported by migratory birds, play a major role in the rapid spread of SFTSV. Article Summary Line The parthenogenetic population of Asian longhorned tick is broadly distributed in China and plays a major role in the long-distance spread of SFTSV and perhaps future invasion of countries outside of Asia.

Plants have adapted to the diurnal light-dark cycle by establishing elaborate transcriptional programs that coordinate innumerable metabolic, physiological, and developmental responses to the external environment. These transcriptional programs have been studied in only a few species, and their function and conservation across algae and plants is currently unknown. We performed a comparative transcriptome analysis of the diurnal cycle of nine members of Archaeplastida, and we observed that, despite large phylogenetic distances and dramatic differences in morphology and lifestyle, diurnal transcriptional programs of these organisms are similar. However, the establishment of multicellularity coincided with the uncoupling of cell division from the diurnal cycle and decreased diurnal control of the expression of the biological pathways. Hence, our study provides evidence for the universality of diurnal gene expression and elucidates its evolutionary history among different photosynthetic eukaryotes.