IT
Ioanna Tzoulaki
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
22
(55% Open Access)
Cited by:
4,761
h-index:
88
/
i10-index:
207
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genetic variants in novel pathways influence blood pressure and cardiovascular disease risk

Georg Ehret et al.Sep 9, 2011
+102
D
S
G
Compared to other common complex diseases, it has proved remarkably difficult to establish the genetic basis of blood-pressure elevation. A multi-stage genome-wide association study involving 200,000 individuals of European descent provides some of the missing detail in the genetic picture. The study identified 16 relevant loci, of which only 6 contain genes previously known or suspected to regulate blood pressure. An association was found between hypertension, the thickness of the left ventricular wall, stroke and coronary artery disease, but not kidney disease or kidney function. Comparison with data from more than 75,000 people of East Asian, South Asian and African ancestries confirmed that many of the variants identified in European-ancestry subjects also influence blood pressure in other populations. Blood pressure is a heritable trait1 influenced by several biological pathways and responsive to environmental stimuli. Over one billion people worldwide have hypertension (≥140 mm Hg systolic blood pressure or ≥90 mm Hg diastolic blood pressure)2. Even small increments in blood pressure are associated with an increased risk of cardiovascular events3. This genome-wide association study of systolic and diastolic blood pressure, which used a multi-stage design in 200,000 individuals of European descent, identified sixteen novel loci: six of these loci contain genes previously known or suspected to regulate blood pressure (GUCY1A3–GUCY1B3, NPR3–C5orf23, ADM, FURIN–FES, GOSR2, GNAS–EDN3); the other ten provide new clues to blood pressure physiology. A genetic risk score based on 29 genome-wide significant variants was associated with hypertension, left ventricular wall thickness, stroke and coronary artery disease, but not kidney disease or kidney function. We also observed associations with blood pressure in East Asian, South Asian and African ancestry individuals. Our findings provide new insights into the genetics and biology of blood pressure, and suggest potential novel therapeutic pathways for cardiovascular disease prevention.
0
Citation1,945
0
Save
0

Genomic Risk Prediction of Coronary Artery Disease in 480,000 Adults

Michael Weedon et al.Oct 1, 2018
+22
C
G
M
Coronary artery disease (CAD) has substantial heritability and a polygenic architecture. However, the potential of genomic risk scores to help predict CAD outcomes has not been evaluated comprehensively, because available studies have involved limited genomic scope and limited sample sizes. This study sought to construct a genomic risk score for CAD and to estimate its potential as a screening tool for primary prevention. Using a meta-analytic approach to combine large-scale, genome-wide, and targeted genetic association data, we developed a new genomic risk score for CAD (metaGRS) consisting of 1.7 million genetic variants. We externally tested metaGRS, both by itself and in combination with available data on conventional risk factors, in 22,242 CAD cases and 460,387 noncases from the UK Biobank. The hazard ratio (HR) for CAD was 1.71 (95% confidence interval [CI]: 1.68 to 1.73) per SD increase in metaGRS, an association larger than any other externally tested genetic risk score previously published. The metaGRS stratified individuals into significantly different life course trajectories of CAD risk, with those in the top 20% of metaGRS distribution having an HR of 4.17 (95% CI: 3.97 to 4.38) compared with those in the bottom 20%. The corresponding HR was 2.83 (95% CI: 2.61 to 3.07) among individuals on lipid-lowering or antihypertensive medications. The metaGRS had a higher C-index (C = 0.623; 95% CI: 0.615 to 0.631) for incident CAD than any of 6 conventional factors (smoking, diabetes, hypertension, body mass index, self-reported high cholesterol, and family history). For men in the top 20% of metaGRS with >2 conventional factors, 10% cumulative risk of CAD was reached by 48 years of age. The genomic score developed and evaluated here substantially advances the concept of using genomic information to stratify individuals with different trajectories of CAD risk and highlights the potential for genomic screening in early life to complement conventional risk prediction.
0
Citation649
0
Save
0

Association analyses based on false discovery rate implicate new loci for coronary artery disease

Christopher Nelson et al.Jul 17, 2017
+59
A
A
C
Hugh Watkins and colleagues meta-analyze data from the UK Biobank along with recent genome-wide association studies for coronary artery disease. They identify 13 new loci that were genome-wide significant and 243 loci at a 5% false discovery rate. Genome-wide association studies (GWAS) in coronary artery disease (CAD) had identified 66 loci at 'genome-wide significance' (P < 5 × 10−8) at the time of this analysis, but a much larger number of putative loci at a false discovery rate (FDR) of 5% (refs. 1,2,3,4). Here we leverage an interim release of UK Biobank (UKBB) data to evaluate the validity of the FDR approach. We tested a CAD phenotype inclusive of angina (SOFT; ncases = 10,801) as well as a stricter definition without angina (HARD; ncases = 6,482) and selected cases with the former phenotype to conduct a meta-analysis using the two most recent CAD GWAS2,3. This approach identified 13 new loci at genome-wide significance, 12 of which were on our previous list of loci meeting the 5% FDR threshold2, thus providing strong support that the remaining loci identified by FDR represent genuine signals. The 304 independent variants associated at 5% FDR in this study explain 21.2% of CAD heritability and identify 243 loci that implicate pathways in blood vessel morphogenesis as well as lipid metabolism, nitric oxide signaling and inflammation.
0
Citation625
0
Save
0

Risk of cardiovascular disease and all cause mortality among patients with type 2 diabetes prescribed oral antidiabetes drugs: retrospective cohort study using UK general practice research database

Ioanna Tzoulaki et al.Dec 3, 2009
+8
V
M
I
Objective To investigate the risk of incident myocardial infarction, congestive heart failure, and all cause mortality associated with prescription of oral antidiabetes drugs. Design Retrospective cohort study. Setting UK general practice research database, 1990-2005. Participants 91 521 people with diabetes. Main outcome measures Incident myocardial infarction, congestive heart failure, and all cause mortality. Person time intervals for drug treatment were categorised by drug class, excluding non-drug intervals and intervals for insulin. Results 3588 incident cases of myocardial infarction, 6900 of congestive heart failure, and 18 548 deaths occurred. Compared with metformin, monotherapy with first or second generation sulphonylureas was associated with a significant 24% to 61% excess risk for all cause mortality (P<0.001) and second generation sulphonylureas with an 18% to 30% excess risk for congestive heart failure (P=0.01 and P<0.001). The thiazolidinediones were not associated with risk of myocardial infarction; pioglitazone was associated with a significant 31% to 39% lower risk of all cause mortality (P=0.02 to P<0.001) compared with metformin. Among the thiazolidinediones, rosiglitazone was associated with a 34% to 41% higher risk of all cause mortality (P=0.14 to P=0.01) compared with pioglitazone. A large number of potential confounders were accounted for in the study; however, the possibility of residual confounding or confounding by indication (differences in prognostic factors between drug groups) cannot be excluded. Conclusions Our findings suggest a relatively unfavourable risk profile of sulphonylureas compared with metformin for all outcomes examined. Pioglitazone was associated with reduced all cause mortality compared with metformin. Pioglitazone also had a favourable risk profile compared with rosiglitazone; although this requires replication in other studies, it may have implications for prescribing within this class of drugs.
0

C-Reactive Protein, Interleukin-6, and Soluble Adhesion Molecules as Predictors of Progressive Peripheral Atherosclerosis in the General Population

Ioanna Tzoulaki et al.Aug 9, 2005
+3
A
G
I
Background— The relationship between levels of circulating inflammatory markers and risk of progressive atherosclerosis is relatively undetermined. We therefore studied inflammatory markers as predictors of peripheral atherosclerotic progression, measured by the ankle-brachial index (ABI) at 3 consecutive time points over 12 years. Methods and Results— The Edinburgh Artery Study is a population cohort study of 1592 men and women aged 55 to 74 years. C-reactive protein (CRP), interleukin-6 (IL-6), intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1), vascular adhesion molecule-1 (VCAM-1), and E-selectin were measured at baseline. Valid ABI measurements were obtained on 1582, 1081, and 813 participants at baseline and 5-year and 12-year follow-up examinations, respectively. At baseline, a significant trend was found between higher plasma levels of CRP ( P ≤0.05) and increasing severity of peripheral arterial disease (PAD), after adjustment for baseline cardiovascular risk factors. IL-6 at baseline ( P ≤0.001) was associated with progressive atherosclerosis at 5 years (ABI change from baseline), and CRP ( P ≤0.01), IL-6 ( P ≤0.001), and ICAM-1 ( P ≤0.01) were associated with changes at 12 years, independently of baseline ABI, cardiovascular risk factors, and baseline cardiovascular disease. Only IL-6 independently predicted ABI change at 5 years ( P ≤0.01) and 12 years ( P ≤0.05) in analyses of all inflammatory markers simultaneously and adjusted for baseline ABI, cardiovascular risk factors, and cardiovascular disease at baseline. Conclusions— These findings suggest that CRP, IL-6, and ICAM-1 are molecular markers associated with atherosclerosis and its progression. IL-6 showed more consistent results and stronger independent predictive value than other inflammatory markers.
0
Citation408
0
Save
0

External validation of new risk prediction models is infrequent and reveals worse prognostic discrimination

George Siontis et al.Oct 24, 2014
J
P
I
G
Objectives To evaluate how often newly developed risk prediction models undergo external validation and how well they perform in such validations. Study Design and Setting We reviewed derivation studies of newly proposed risk models and their subsequent external validations. Study characteristics, outcome(s), and models' discriminatory performance [area under the curve, (AUC)] in derivation and validation studies were extracted. We estimated the probability of having a validation, change in discriminatory performance with more stringent external validation by overlapping or different authors compared to the derivation estimates. Results We evaluated 127 new prediction models. Of those, for 32 models (25%), at least an external validation study was identified; in 22 models (17%), the validation had been done by entirely different authors. The probability of having an external validation by different authors within 5 years was 16%. AUC estimates significantly decreased during external validation vs. the derivation study [median AUC change: −0.05 (P < 0.001) overall; −0.04 (P = 0.009) for validation by overlapping authors; −0.05 (P < 0.001) for validation by different authors]. On external validation, AUC decreased by at least 0.03 in 19 models and never increased by at least 0.03 (P < 0.001). Conclusion External independent validation of predictive models in different studies is uncommon. Predictive performance may worsen substantially on external validation.
0

Predictive Accuracy of a Polygenic Risk Score–Enhanced Prediction Model vs a Clinical Risk Score for Coronary Artery Disease

Joshua Elliott et al.Feb 18, 2020
+7
T
B
J

Importance

 The incremental value of polygenic risk scores in addition to well-established risk prediction models for coronary artery disease (CAD) is uncertain. 

Objective

 To examine whether a polygenic risk score for CAD improves risk prediction beyond pooled cohort equations. 

Design, Setting, and Participants

 Observational study of UK Biobank participants enrolled from 2006 to 2010. A case-control sample of 15 947 prevalent CAD cases and equal number of age and sex frequency–matched controls was used to optimize the predictive performance of a polygenic risk score for CAD based on summary statistics from published genome-wide association studies. A separate cohort of 352 660 individuals (with follow-up to 2017) was used to evaluate the predictive accuracy of the polygenic risk score, pooled cohort equations, and both combined for incident CAD. 

Exposures

 Polygenic risk score for CAD, pooled cohort equations, and both combined. 

Main Outcomes and Measures

 CAD (myocardial infarction and its related sequelae). Discrimination, calibration, and reclassification using a risk threshold of 7.5% were assessed. 

Results

 In the cohort of 352 660 participants (mean age, 55.9 years; 205 297 women [58.2%]) used to evaluate the predictive accuracy of the examined models, there were 6272 incident CAD events over a median of 8 years of follow-up. CAD discrimination for polygenic risk score, pooled cohort equations, and both combined resulted in C statistics of 0.61 (95% CI, 0.60 to 0.62), 0.76 (95% CI, 0.75 to 0.77), and 0.78 (95% CI, 0.77 to 0.79), respectively. The change in C statistic between the latter 2 models was 0.02 (95% CI, 0.01 to 0.03). Calibration of the models showed overestimation of risk by pooled cohort equations, which was corrected after recalibration. Using a risk threshold of 7.5%, addition of the polygenic risk score to pooled cohort equations resulted in a net reclassification improvement of 4.4% (95% CI, 3.5% to 5.3%) for cases and −0.4% (95% CI, −0.5% to −0.4%) for noncases (overall net reclassification improvement, 4.0% [95% CI, 3.1% to 4.9%]). 

Conclusions and Relevance

 The addition of a polygenic risk score for CAD to pooled cohort equations was associated with a statistically significant, yet modest, improvement in the predictive accuracy for incident CAD and improved risk stratification for only a small proportion of individuals. The use of genetic information over the pooled cohort equations model warrants further investigation before clinical implementation.
0
Citation354
0
Save
0

What explains the effect of education on cardiovascular disease? Applying Mendelian randomization to identify the consequences of education inequality

Alice Carter et al.Dec 7, 2018
+15
N
D
A
Key Points Question What is the role of body mass index, systolic blood pressure and smoking in mediating the effect of education on cardiovascular disease risk? Finding We find consistent evidence that body mass index, systolic blood pressure and smoking mediate the effect of education, explaining up to 18%, 27% and 33% respectively. Including all three risk factors in a model together explains around 40% of the effect of education. Meaning Intervening on body mass index, systolic blood pressure and smoking would lead to reductions in cases of CVD attributable to lower levels of education. Over half of the effect of education on risk of cardiovascular disease is not mediated through these risk factors. Importance Lower levels of education are causally related to higher cardiovascular risk, but the extent to which this is driven by modifiable risk factors also associated with education is unknown. Objective To investigate the role of body mass index, systolic blood pressure and smoking in explaining the effect of education on risk of cardiovascular disease outcomes. Design Multivariable regression analysis of observational data and Mendelian randomization (MR) analysis of genetic data. Setting UK Biobank and international genome-wide association study consortia. Participants Predominantly individuals of European ancestry. Main outcomes and measures The effects of education (per 1-standard deviation increase, equivalent to 3.6 years) on coronary heart disease, cardiovascular disease (all subtypes), myocardial infarction and stroke risk (all measured in odds ratio, OR), and the degree to which this is mediated through body mass index, systolic blood pressure and smoking. Results Each additional standard deviation of education associated with 13% lower risk of coronary heart disease (OR 0.87, 95% confidence interval [CI] 0.84 to 0.89) in observational analysis and 37% lower risk (OR 0.63, 95% CI 0.60 to 0.67) in Mendelian randomization analysis. As a proportion of the total risk reduction, body mass index mediated 15% (95% CI 13% to 17%) and 18% (95% CI 14% to 23%) in the observational and Mendelian randomization estimates, respectively. Corresponding estimates for systolic blood pressure were 11% (95% CI 9% to 13%) and 21% (95% CI 15% to 27%), and for smoking, 19% (15% to 22%) and 33% (95% CI 17% to 49%). All three risk factors combined mediated 42% (95% CI 36% to 48%) and 36% (95 % CI 16% to 63%) of the effect of education on coronary heart disease in observational and Mendelian randomization respectively. Similar results were obtained when investigating risk of stroke, myocardial infarction and all-cause cardiovascular disease. Conclusions and relevance BMI, SBP and smoking mediate a substantial proportion of the protective effect of education on risk of cardiovascular outcomes and intervening on these would lead to reductions in cases of CVD attributable to lower levels of education. However, more than half of the protective effect of education remains unexplained and requires further investigation.
0
Citation3
0
Save
0

Neutrophil counts and cancer prognosis: an umbrella review of systematic reviews and meta-analyses of observational studies

Meghan Cupp et al.May 25, 2018
+3
I
Ε
M
ABSTRACT OBJECTIVE To evaluate the strength and validity of evidence on the association between the neutrophil to lymphocyte ratio (NLR) or tumour-associated neutrophils (TAN) and cancer prognosis. DESIGN Umbrella review of systematic reviews and meta-analyses of observational studies. DATA SOURCES Medline, EMBASE, and Cochrane Database of Systematic Reviews. ELIGIBILITY CRITERIA Systematic reviews or meta-analyses of observational studies evaluating the association between NLR or TAN and specific cancer outcomes related to disease progression or survival. DATA SYNTHESIS The available evidence was graded as strong, highly suggestive, suggestive, or weak through the application of pre-set grading criteria. For each included meta-analysis, the grading criteria considered the significance of the random effects estimate, the significance of the largest included study, the number of studies and individuals included, the heterogeneity between included studies, the 95% prediction intervals, presence of small study effects, excess significance and credibility ceilings. RESULTS 239 meta-analyses investigating the association between NLR or TAN and cancer outcomes were identified from 57 published studies meeting the eligibility criteria, with 81 meta-analyses from 36 studies meeting the criteria for inclusion. No meta-analyses found a hazard ratio (HR) in the opposite direction of effect (HR<1). When assessed for significance and bias related to heterogeneity and small study effects, only three (4%) associations between NLR and outcomes in gastrointestinal and nasopharyngeal cancers were supported by strong evidence. CONCLUSION Despite many publications exploring the association between NLR and cancer prognosis, the evidence is limited by significant heterogeneity and small study effects. There is a lack of evidence on the association between TAN and cancer prognosis, with all nine associations identified arising from the same study. Further research is required to provide strong evidence for associations between both TAN and NLR and poor cancer prognosis. REGISTRATION This umbrella review is registered on PROSPERO (CRD42017069131) FUNDING Medical Research Council COPYRIGHT Open access article under terms of CC BY SHORT TITLE Neutrophils and cancer prognosis: an umbrella review KEY RESULT When assessed for significance and bias related to heterogeneity and small study effects, only three (4%) associations between NLR and overall survival and progression-free survival in gastrointestinal and nasopharyngeal cancers were supported by strong evidence. WHAT THIS PAPER ADDS WHAT IS ALREADY KNOWN ON THE TOPIC Neutrophil counts have been linked to the progression of cancer due to their tumourigenic role in the cancer microenvironment. Numerous meta-analyses and individual studies have explored the association between neutrophil counts and cancer outcomes for a variety of cancer sites, leading to a large body of evidence with variable strength and validity. Uncertainty exists around the association between neutrophils and cancer outcomes, depending on the site, outcome and treatments considered. WHAT THIS STUDY ADDS All meta-analyses included in this review indicated an association between high neutrophil counts and poor cancer prognosis. There is strong evidence supporting the association between the neutrophil to lymphocyte ratio and poor cancer prognosis in some respiratory and gastrointestinal cancers. Further research is required to strengthen the existing body of evidence, particularly for the association between tumour-associated neutrophils and cancer outcomes.
0
Citation2
0
Save
0

Sex inequalities in cardiovascular risk prediction

Joshua Elliott et al.Jun 3, 2024
+6
M
B
J
Abstract Aims Evaluate sex differences in cardiovascular disease (CVD) risk prediction, including use of (i) optimal sex-specific risk predictors and (ii) sex-specific risk thresholds. Methods and results Prospective cohort study using UK Biobank, including 121 724 and 182 632 healthy men and women, respectively, aged 38–73 years at baseline. There were 11 899 (men) and 9110 (women) incident CVD cases (hospitalization or mortality) with a median of 12.1 years of follow-up. We used recalibrated pooled cohort equations (PCEs; 7.5% 10-year risk threshold as per US guidelines), QRISK3 (10% 10-year risk threshold as per UK guidelines), and Cox survival models using sparse sex-specific variable sets (via LASSO stability selection) to predict CVD risk separately in men and women. LASSO stability selection included 12 variables in common between men and women, with 3 additional variables selected for men and 1 for women. C-statistics were slightly lower for PCE than QRISK3 and models using stably selected variables, but were similar between men and women: 0.67 (0.66–0.68), 0.70 (0.69–0.71), and 0.71 (0.70–0.72) in men and 0.69 (0.68–0.70), 0.72 (0.71–0.73), and 0.72 (0.71–0.73) in women for PCE, QRISK3, and models using stably selected variables, respectively. At current clinically implemented risk thresholds, test sensitivity was markedly lower in women than men for all models: at 7.5% 10-year risk, sensitivity was 65.1 and 68.2% in men and 24.0 and 33.4% in women for PCE and models using stably selected variables, respectively; at 10% 10-year risk, sensitivity was 53.7 and 52.3% in men and 16.8 and 20.2% in women for QRISK3 and models using stably selected variables, respectively. Specificity was correspondingly higher in women than men. However, the sensitivity in women at 5% 10-year risk threshold increased to 50.1, 58.5, and 55.7% for PCE, QRISK3, and models using stably selected variables, respectively. Conclusion Use of sparse sex-specific variables improved CVD risk prediction compared with PCE but not QRISK3. At current risk thresholds, PCE and QRISK3 work less well for women than men, but sensitivity was improved in women using a 5% 10-year risk threshold. Use of sex-specific risk thresholds should be considered in any re-evaluation of CVD risk calculators.
Load More