We review lattice results related to pion, kaon, $D$-meson, $B$-meson, and nucleon physics with the aim of making them easily accessible to the nuclear and particle physics communities. More specifically, we report on the determination of the light-quark masses, the form factor $f_+(0)$ arising in the semileptonic $K \to \pi$ transition at zero momentum transfer, as well as the decay constant ratio $f_K/f_\pi$ and its consequences for the CKM matrix elements $V_{us}$ and $V_{ud}$. Furthermore, we describe the results obtained on the lattice for some of the low-energy constants of $SU(2)_L\times SU(2)_R$ and $SU(3)_L\times SU(3)_R$ Chiral Perturbation Theory. We review the determination of the $B_K$ parameter of neutral kaon mixing as well as the additional four $B$ parameters that arise in theories of physics beyond the Standard Model. For the heavy-quark sector, we provide results for $m_c$ and $m_b$ as well as those for $D$- and $B$-meson decay constants, form factors, and mixing parameters. These are the heavy-quark quantities most relevant for the determination of CKM matrix elements and the global CKM unitarity-triangle fit. We review the status of lattice determinations of the strong coupling constant $\alpha_s$. Finally, in this review we have added a new section reviewing results for nucleon matrix elements of the axial, scalar and tensor bilinears, both isovector and flavor diagonal.

We review lattice results related to pion, kaon, $D$-meson, $B$-meson, and nucleon physics with the aim of making them easily accessible to the nuclear and particle physics communities. More specifically, we report on the determination of the light-quark masses, the form factor $f_+(0)$ arising in the semileptonic $K \to \pi$ transition at zero momentum transfer, as well as the decay constant ratio $f_K/f_\pi$ and its consequences for the CKM matrix elements $V_{us}$ and $V_{ud}$. Furthermore, we describe the results obtained on the lattice for some of the low-energy constants of $SU(2)_L\times SU(2)_R$ and $SU(3)_L\times SU(3)_R$ Chiral Perturbation Theory. We review the determination of the $B_K$ parameter of neutral kaon mixing as well as the additional four $B$ parameters that arise in theories of physics beyond the Standard Model. For the heavy-quark sector, we provide results for $m_c$ and $m_b$ as well as those for the decay constants, form factors, and mixing parameters of charmed and bottom mesons and baryons. These are the heavy-quark quantities most relevant for the determination of CKM matrix elements and the global CKM unitarity-triangle fit. We review the status of lattice determinations of the strong coupling constant $\alpha_s$. We consider nucleon matrix elements, and review the determinations of the axial, scalar and tensor bilinears, both isovector and flavor diagonal. Finally, in this review we have added a new section reviewing determinations of scale-setting quantities.

Abstract To capture the full spectrum of genetic risk for autism, we performed a two-stage analysis of rare de novo and inherited coding variants in 42,607 autism cases, including 35,130 new cases recruited online by SPARK. We identified 60 genes with exome-wide significance ( P < 2.5 × 10 −6 ), including five new risk genes ( NAV3 , ITSN1 , MARK2 , SCAF1 and HNRNPUL2 ). The association of NAV3 with autism risk is primarily driven by rare inherited loss-of-function (LoF) variants, with an estimated relative risk of 4, consistent with moderate effect. Autistic individuals with LoF variants in the four moderate-risk genes ( NAV3 , ITSN1 , SCAF1 and HNRNPUL2 ; n = 95) have less cognitive impairment than 129 autistic individuals with LoF variants in highly penetrant genes ( CHD8, SCN2A, ADNP, FOXP1 and SHANK3 ) (59% vs 88%, P = 1.9 × 10 −6 ). Power calculations suggest that much larger numbers of autism cases are needed to identify additional moderate-risk genes.

Autism spectrum disorder (ASD) is a genetically heterogeneous condition, caused by a combination of rare de novo and inherited variants as well as common variants in at least several hundred genes. However, significantly larger sample sizes are needed to identify the complete set of genetic risk factors. We conducted a pilot study for SPARK (SPARKForAutism.org) of 457 families with ASD, all consented online. Whole exome sequencing (WES) and genotyping data were generated for each family using DNA from saliva. We identified variants in genes and loci that are clinically recognized causes or significant contributors to ASD in 10.4% of families without previous genetic findings. Additionally, we identified variants that are possibly associated with autism in an additional 3.4% of families. A meta-analysis using the TADA framework at a false discovery rate (FDR) of 0.2 provides statistical support for 34 ASD risk genes with at least one damaging variant identified in SPARK. Nine of these genes (BRSK2, DPP6, EGR3, FEZF2, ITSN1, KDM1B, NR4A2, PAX5 and RALGAPB) are newly emerging genes in autism, of which BRSK2 has the strongest statistical support as a risk gene for autism (TADA q-value = 0.0015). Future studies leveraging the thousands of individuals with ASD that have enrolled in SPARK are likely to further clarify the genetic risk factors associated with ASD as well as allow accelerate autism research that incorporates genetic etiology.