Abstract Trichuriasis is a neglected tropical disease that affects as many as 500 million individuals and can cause significant morbidity, even death. 1 For decades, it is thought to be caused by one species of Whipworm, Trichuris trichiura . Discrepancies in response rates to benzimidazole treatment for trichuriasis exist across clinical trial reports, and the emergence of anthelmintic resistance is predicted to be established within the next decade. 2,3 However, data that addresses these discrepancies and provides evidence for resistance does not exist. Here, we present the discovery of a novel Trichuris species, Trichuris hominis , causing Trichuriasis, and we provide genomic evidence that supports the establishment of drug resistance in humans. Combining long- and short-read sequencing approaches, we assembled a high-quality reference genome of Trichuris hominis to construct the species tree of the Trichuris genus and we sequenced a total of 752 individual worms which confirmed the phylogenetic placement and provided evidence supporting benzimidazole resistance. Gene duplication events across the species tree and a genome wide association study point towards β-tubulin variations as a source of albendazole resistance. Our results demonstrate how trichuriasis can be caused by more than one species of whipworm and that this species carries genomic variations conferring with drug resistance in humans. We anticipate our findings to have a profound impact on how we understand whipworm infections with implications on all present and future de-worming strategies across the globe. Efforts should support the development of species-level diagnostic tools, patient-centric treatment approaches in addition to mass-drug administration strategies, the definition of species-specific standard-of-care guidelines, and the incorporation of species diversity in vaccine development.

Albendazole-ivermectin combination therapy is a promising alternative to benzimidazole monotherapy for Trichuris trichiura control. We used fecal DNA metabarcoding to genetically characterize Trichuris populations in patients from a clinical trial showing lower albendazole-ivermectin efficacy in C&ocircte d'Ivoire (ERR below 70%) than in Lao PDR and Tanzania (ERR above 98%). ITS-1 and ITS-2 rDNA metabarcoding revealed the entire C&ocircte d'Ivoire Trichuris population was phylogenetically distinct from T. trichiura in Lao PDR and Tanzania, and more closely related to the porcine parasite Trichuris suis . Complete mitogenomes of eight adult Trichuris from C&ocircte d'Ivoire confirmed their species-level differentiation. Corresponding Trichuris ITS-1 and ITS-2 sequences in NCBI from individual human patients in Cameroon and Uganda and three captive non-human primates suggest this newly recognized species, T. hominis , is distributed beyond C&ocircte d'Ivoire and has zoonotic potential. Further work is needed to assess the impact of this Trichuris species on soil transmitted helminth control programs.

Introduction: Mass deworming against soil-transmitted helminthiasis (STH) is a hallmark program in the neglected tropical diseases portfolio that is designed to be equitable and pro-poor. However, the extent to which current deworming treatment programs achieve equitable coverage across wealth class and gender remains unclear, and the current public health metric of national deworming coverage does not include representation of inequity. This study develops a framework to measure both coverage and equity in global deworming to guide future programmatic evaluation, investment, and metric design. Methods: We used nationally representative, geospatial household survey data that measured mother-reported deworming receipt in pre-school age children (age 1-4 years) in the previous 6 months. We estimated global deworming coverage disaggregated by geography, wealth quintile and gender and computed an equity index. We examined trends in coverage and equity index across countries, within countries, and over time. We used a regression model to compute the household correlates of deworming receipt and ecological correlates of equitable deworming. Findings: Our study included 820,883 pre-school age children living in 50 STH-endemic countries between 2004 and 2017. Globally, the mean global deworming coverage in pre-school children was estimated at 36%. The sub-national coverage ranged from 0.5% to 87.5%, and within-country variation was greater than between-country variation in coverage. The equity index was undesirable (deworming was consistently concentrated in the wealthier populations) in every endemic region of 12 countries. Of the 31 study countries that WHO reported achieving the goal of 75% national coverage, 26 had persistent inequity in deworming as defined by the mean equity index. Deworming equity modestly improved over time, and within-country variation in inequity decreased over time. We did not detect differences in deworming equity by gender. We found the strongest household correlates of deworming to be vitamin A supplementation and receipt of three doses of diphtheria-tetanus-pertussis vaccine (DTP3), while the strongest ecological predictors of equitable deworming were regions with higher coverage of health services such as DTP3 and vitamin A supplementation. Interpretation: Although mass deworming is considered to be pro-poor, we find substantial inequities by wealth, despite often high reported national coverage. These inequities appear to be geographically heterogeneous, modestly improving over time, and we found no evidence of gender differences in inequity. Future reporting of deworming coverage should consider disaggregation by geography, wealth, and gender with incorporation of an equity index to complement national deworming coverage.

Liver diseases of infectious and non-infectious etiology cause considerable morbidity and mortality, particularly in low- and middle-income countries (LMICs). However, data on the prevalence of liver diseases and underlying risk factors in LMICs are scarce. The objective of this study was to elucidate the occurrence of infectious diseases among individuals with chronic liver damage in a rural setting of Côte d'Ivoire.

Novel methods are required to aid the monitoring of schistosomiasis control and elimination initiatives through mass drug administration. Portable digital and mobile phone microscopy is a promising tool for this purpose. This cross-sectional study evaluated the diagnostic operating characteristics of a converted mobile phone microscope (the SchistoScope) for the detection of Schistosoma haematobium eggs, as determined by community-based field workers and expert microscopists, compared with a field gold standard of light microscopy. Three hundred sixty-five urine samples were evaluated by conventional light microscopy, with 49 (13.4%) positive for S. haematobium. Compared with light microscopy, the sensitivity and specificity of S. haematobium detection by field microscopists trained to use the SchistoScope were 26.5% (95% CI: 14.9-41.1%) and 98.4% (95% CI: 96.3-99.5%), respectively. The sensitivity and specificity of S. haematobium detection by expert microscopists using the SchistoScope was 74% (95% CI: 59.7-85.4%) and 98.1% (95% CI: 95.9-99.3%), respectively, compared with light microscopy. The sensitivity rose to 96.1% and 100% when evaluating for egg counts greater than five and 10 eggs per 10 mL, respectively. A point-of-care circulating cathodic anion (POC CCA) test was used to evaluate Schistosoma mansoni; however, there were too few positive samples to reliably comment on diagnostic characteristics. This study demonstrated that a "urine-only" approach to rapidly screen for schistosomiasis at the point of sample collection can be conducted with mobile phone microscopy (S. haematobium) coupled with POC CCA (S. mansoni). Such an approach may aid in streamlined schistosomiasis control and elimination initiatives.

Abstract Soil-transmitted helminthiases (STH), including trichuriasis, pose a significant global burden, affecting numerous mammalian hosts. Traditional diagnostic methods have struggled to differentiate species within the Trichuris genus, prompting the use of molecular techniques to understand the diversity and zoonotic transmission of Trichuris spp. among humans and non-human primates (NHP), dogs and pigs. In this study, we used nanopore-based full-length ITS2 rDNA sequencing to genetically characterize and confirm the phylogenetic placement of the newly identified human-infecting Trichuris hominis and the well-known Trichuris trichiura . Using 670 samples from clinical studies in Côte d’Ivoire, Laos, Tanzania, and Uganda, along with publicly available ITS2 sequences, we confirmed two distinct clusters of human-infecting Trichuris species. We found a varying prevalence of T. hominis and T. trichiura across the four countries and that these were also present in NHP. Additionally, we demonstrated that ITS2 fragment length accurately differentiates both human-infecting Trichuris species and thus makes it a good diagnostic marker for future point-of-care applications in resource-constrained settings.