Ovarian clear-cell and endometrioid carcinomas may arise from endometriosis, but the molecular events involved in this transformation have not been described.We sequenced the whole transcriptomes of 18 ovarian clear-cell carcinomas and 1 ovarian clear-cell carcinoma cell line and found somatic mutations in ARID1A (the AT-rich interactive domain 1A [SWI-like] gene) in 6 of the samples. ARID1A encodes BAF250a, a key component of the SWI–SNF chromatin remodeling complex. We sequenced ARID1A in an additional 210 ovarian carcinomas and a second ovarian clear-cell carcinoma cell line and measured BAF250a expression by means of immunohistochemical analysis in an additional 455 ovarian carcinomas.ARID1A mutations were seen in 55 of 119 ovarian clear-cell carcinomas (46%), 10 of 33 endometrioid carcinomas (30%), and none of the 76 high-grade serous ovarian carcinomas. Seventeen carcinomas had two somatic mutations each. Loss of the BAF250a protein correlated strongly with the ovarian clear-cell carcinoma and endometrioid carcinoma subtypes and the presence of ARID1A mutations. In two patients, ARID1A mutations and loss of BAF250a expression were evident in the tumor and contiguous atypical endometriosis but not in distant endometriotic lesions.These data implicate ARID1A as a tumor-suppressor gene frequently disrupted in ovarian clear-cell and endometrioid carcinomas. Since ARID1A mutation and loss of BAF250a can be seen in the preneoplastic lesions, we speculate that this is an early event in the transformation of endometriosis into cancer. (Funded by the British Columbia Cancer Foundation and the Vancouver General Hospital–University of British Columbia Hospital Foundation.).

Background Olaparib (AZD2281) is a small-molecule, potent oral poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitor. We aimed to assess the safety and tolerability of this drug in patients without BRCA1 or BRCA2 mutations with advanced triple-negative breast cancer or high-grade serous and/or undifferentiated ovarian cancer. Methods In this phase 2, multicentre, open-label, non-randomised study, women with advanced high-grade serous and/or undifferentiated ovarian carcinoma or triple-negative breast cancer were enrolled and received olaparib 400 mg twice a day. Patients were stratified according to whether they had a BRCA1 or BRCA2 mutation or not. The primary endpoint was objective response rate by Response Evaluation Criteria In Solid Tumors (RECIST). All patients who received treatment were included in the analysis of toxic effects, and patients who had measurable lesions at baseline were included in the primary efficacy analysis. This trial is registered at ClinicalTrials.gov, number NCT00679783. Findings 91 patients were enrolled (65 with ovarian cancer and 26 breast cancer) and 90 were treated between July 8, 2008, and Sept 24, 2009. In the ovarian cancer cohorts, 64 patients received treatment. 63 patients had target lesions and therefore were evaluable for objective response as per RECIST. In these patients, confirmed objective responses were seen in seven (41%; 95% CI 22–64) of 17 patients with BRCA1 or BRCA2 mutations and 11 (24%; 14–38) of 46 without mutations. No confirmed objective responses were reported in patients with breast cancer. The most common adverse events were fatigue (45 [70%] of patients with ovarian cancer, 13 [50%] of patients with breast cancer), nausea (42 [66%] and 16 [62%]), vomiting (25 [39%] and nine [35%]), and decreased appetite (23 [36%] and seven [27%]). Interpretation Our study suggests that olaparib is a promising treatment for women with ovarian cancer and further assessment of the drug in clinical trials is needed. Funding AstraZeneca.

Background Although it has long been appreciated that ovarian carcinoma subtypes (serous, clear cell, endometrioid, and mucinous) are associated with different natural histories, most ovarian carcinoma biomarker studies and current treatment protocols for women with this disease are not subtype specific. With the emergence of high-throughput molecular techniques, distinct pathogenetic pathways have been identified in these subtypes. We examined variation in biomarker expression rates between subtypes, and how this influences correlations between biomarker expression and stage at diagnosis or prognosis. Methods and Findings In this retrospective study we assessed the protein expression of 21 candidate tissue-based biomarkers (CA125, CRABP-II, EpCam, ER, F-Spondin, HE4, IGF2, K-Cadherin, Ki-67, KISS1, Matriptase, Mesothelin, MIF, MMP7, p21, p53, PAX8, PR, SLPI, TROP2, WT1) in a population-based cohort of 500 ovarian carcinomas that was collected over the period from 1984 to 2000. The expression of 20 of the 21 biomarkers differs significantly between subtypes, but does not vary across stage within each subtype. Survival analyses show that nine of the 21 biomarkers are prognostic indicators in the entire cohort but when analyzed by subtype only three remain prognostic indicators in the high-grade serous and none in the clear cell subtype. For example, tumor proliferation, as assessed by Ki-67 staining, varies markedly between different subtypes and is an unfavourable prognostic marker in the entire cohort (risk ratio [RR] 1.7, 95% confidence interval [CI] 1.2%–2.4%) but is not of prognostic significance within any subtype. Prognostic associations can even show an inverse correlation within the entire cohort, when compared to a specific subtype. For example, WT1 is more frequently expressed in high-grade serous carcinomas, an aggressive subtype, and is an unfavourable prognostic marker within the entire cohort of ovarian carcinomas (RR 1.7, 95% CI 1.2%–2.3%), but is a favourable prognostic marker within the high-grade serous subtype (RR 0.5, 95% CI 0.3%–0.8%). Conclusions The association of biomarker expression with survival varies substantially between subtypes, and can easily be overlooked in whole cohort analyses. To avoid this effect, each subtype within a cohort should be analyzed discretely. Ovarian carcinoma subtypes are different diseases, and these differences should be reflected in clinical research study design and ultimately in the management of ovarian carcinoma.

Classification of endometrial carcinomas (ECs) by morphologic features is inconsistent, and yields limited prognostic and predictive information. A new system for classification based on the molecular categories identified in The Cancer Genome Atlas is proposed. Genomic data from the Cancer Genome Atlas (TCGA) support classification of endometrial carcinomas into four prognostically significant subgroups; we used the TCGA data set to develop surrogate assays that could replicate the TCGA classification, but without the need for the labor-intensive and cost-prohibitive genomic methodology. Combinations of the most relevant assays were carried forward and tested on a new independent cohort of 152 endometrial carcinoma cases, and molecular vs clinical risk group stratification was compared. Replication of TCGA survival curves was achieved with statistical significance using multiple different molecular classification models (16 total tested). Internal validation supported carrying forward a classifier based on the following components: mismatch repair protein immunohistochemistry, POLE mutational analysis and p53 immunohistochemistry as a surrogate for ‘copy-number’ status. The proposed molecular classifier was associated with clinical outcomes, as was stage, grade, lymph-vascular space invasion, nodal involvement and adjuvant treatment. In multivariable analysis both molecular classification and clinical risk groups were associated with outcomes, but differed greatly in composition of cases within each category, with half of POLE and mismatch repair loss subgroups residing within the clinically defined ‘high-risk’ group. Combining the molecular classifier with clinicopathologic features or risk groups provided the highest C-index for discrimination of outcome survival curves. Molecular classification of ECs can be achieved using clinically applicable methods on formalin-fixed paraffin-embedded samples, and provides independent prognostic information beyond established risk factors. This pragmatic molecular classification tool has potential to be used routinely in guiding treatment for individuals with endometrial carcinoma and in stratifying cases in future clinical trials.

BACKGROUND Classification of endometrial carcinomas (ECs) by morphologic features is irreproducible and imperfectly reflects tumor biology. The authors developed the Proactive Molecular Risk Classifier for Endometrial Cancer (ProMisE), a molecular classification system based on The Cancer Genome Atlas genomic subgroups, and sought to confirm both feasibility and prognostic ability in a new, large cohort of ECs. METHODS Immunohistochemistry (IHC) for the presence or absence of mismatch repair (MMR) proteins (to identify MMR deficiency [MMR‐D]), sequencing for polymerase‐ɛ ( POLE ) exonuclease domain mutations ( POLE EDMs), and IHC for tumor protein 53 (p53) (wild type vs null/missense mutations; p53 wt and p53 abn, respectively) were performed on 319 new EC samples. Subgroups were characterized and assessed relative to outcomes. The prognostic ability of ProMisE was compared with that of current risk‐stratification systems (European Society of Medical Oncology [ESMO]). RESULTS ProMisE decision‐tree classification achieved categorization of all cases and identified 4 prognostic subgroups with distinct overall, disease‐specific, and progression‐free survival ( P < .001). Tumors with POLE EDMs had the most favorable prognosis, and those with p53 abn the worst prognosis, and separation of the 2 middle survival curves (p53 wt and MMR‐D) was observed. There were no significant differences in survival between the ESMO low‐risk and intermediate‐risk groups. ProMisE improved the ability to discriminate outcomes compared with ESMO risk stratification. There was substantial overlap (89%) between the p53 abn and high‐risk ESMO subgroups; but, otherwise, there were no predictable associations between molecular and ESMO risk groups. CONCLUSIONS Molecular classification of ECs can be achieved using clinically applicable methods and provides independent prognostic information beyond established clinicopathologic risk factors available at diagnosis. Consistent, biologically relevant categorization enables stratification for clinical trials and/or targeted therapy, identification of women who are at increased risk of having Lynch syndrome, and may guide clinical management. Cancer 2017;123:802–13. © 2016 American Cancer Society .

Germline truncating mutations in DICER1, an endoribonuclease in the RNase III family that is essential for processing microRNAs, have been observed in families with the pleuropulmonary blastoma–family tumor and dysplasia syndrome. Mutation carriers are at risk for nonepithelial ovarian tumors, notably sex cord–stromal tumors.

The BRCA2 gene is mutated in familial breast and ovarian cancer, and its product is implicated in DNA repair and transcriptional regulation. Here we identify a protein, EMSY, which binds BRCA2 within a region (exon 3) deleted in cancer. EMSY is capable of silencing the activation potential of BRCA2 exon 3, associates with chromatin regulators HP1β and BS69, and localizes to sites of repair following DNA damage. EMSY maps to chromosome 11q13.5, a region known to be involved in breast and ovarian cancer. We show that the EMSY gene is amplified almost exclusively in sporadic breast cancer (13%) and higher-grade ovarian cancer (17%). In addition, EMSY amplification is associated with worse survival, particularly in node-negative breast cancer, suggesting that it may be of prognostic value. The remarkable clinical overlap between sporadic EMSY amplification and familial BRCA2 deletion implicates a BRCA2 pathway in sporadic breast and ovarian cancer.

High-grade serous ovarian cancer (HGSC) is characterized by poor outcome, often attributed to the emergence of treatment-resistant subclones. We sought to measure the degree of genomic diversity within primary, untreated HGSCs to examine the natural state of tumour evolution prior to therapy. We performed exome sequencing, copy number analysis, targeted amplicon deep sequencing and gene expression profiling on 31 spatially and temporally separated HGSC tumour specimens (six patients), including ovarian masses, distant metastases and fallopian tube lesions. We found widespread intratumoural variation in mutation, copy number and gene expression profiles, with key driver alterations in genes present in only a subset of samples (eg PIK3CA, CTNNB1, NF1). On average, only 51.5% of mutations were present in every sample of a given case (range 10.2–91.4%), with TP53 as the only somatic mutation consistently present in all samples. Complex segmental aneuploidies, such as whole-genome doubling, were present in a subset of samples from the same individual, with divergent copy number changes segregating independently of point mutation acquisition. Reconstruction of evolutionary histories showed one patient with mixed HGSC and endometrioid histology, with common aetiologic origin in the fallopian tube and subsequent selection of different driver mutations in the histologically distinct samples. In this patient, we observed mixed cell populations in the early fallopian tube lesion, indicating that diversity arises at early stages of tumourigenesis. Our results revealed that HGSCs exhibit highly individual evolutionary trajectories and diverse genomic tapestries prior to therapy, exposing an essential biological characteristic to inform future design of personalized therapeutic solutions and investigation of drug-resistance mechanisms. © 2013 The Authors. Journal of Pathology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of Pathological Society of Great Britain and Ireland.

Summary

Background

 Few biomarkers of ovarian cancer prognosis have been established, partly because subtype-specific associations might be obscured in studies combining all histopathological subtypes. We examined whether tumour expression of the progesterone receptor (PR) and oestrogen receptor (ER) was associated with subtype-specific survival. 

Methods

 12 studies participating in the Ovarian Tumor Tissue Analysis consortium contributed tissue microarray sections and clinical data to our study. Participants included in our analysis had been diagnosed with invasive serous, mucinous, endometrioid, or clear-cell carcinomas of the ovary. For a patient to be eligible, tissue microarrays, clinical follow-up data, age at diagnosis, and tumour grade and stage had to be available. Clinical data were obtained from medical records, cancer registries, death certificates, pathology reports, and review of histological slides. PR and ER statuses were assessed by central immunohistochemistry analysis done by masked pathologists. PR and ER staining was defined as negative (<1% tumour cell nuclei), weak (1 to <50%), or strong (≥50%). Associations with disease-specific survival were assessed. 

Findings

 2933 women with invasive epithelial ovarian cancer were included: 1742 with high-grade serous carcinoma, 110 with low-grade serous carcinoma, 207 with mucinous carcinoma, 484 with endometrioid carcinoma, and 390 with clear-cell carcinoma. PR expression was associated with improved disease-specific survival in endometrioid carcinoma (log-rank p<0·0001) and high-grade serous carcinoma (log-rank p=0·0006), and ER expression was associated with improved disease-specific survival in endometrioid carcinoma (log-rank p<0·0001). We recorded no significant associations for mucinous, clear-cell, or low-grade serous carcinoma. Positive hormone-receptor expression (weak or strong staining for PR or ER, or both) was associated with significantly improved disease-specific survival in endometrioid carcinoma compared with negative hormone-receptor expression, independent of study site, age, stage, and grade (hazard ratio 0·33, 95% CI 0·21–0·51; p<0·0001). Strong PR expression was independently associated with improved disease-specific survival in high-grade serous carcinoma (0·71, 0·55–0·91; p=0·0080), but weak PR expression was not (1·02, 0·89–1·18; p=0·74). 

Interpretation

 PR and ER are prognostic biomarkers for endometrioid and high-grade serous ovarian cancers. Clinical trials, stratified by subtype and biomarker status, are needed to establish whether hormone-receptor status predicts response to endocrine treatment, and whether it could guide personalised treatment for ovarian cancer. 

Funding

 Carraresi Foundation and others.

Patients with high-grade subtypes of endometrial carcinoma (grade 3 endometrioid, serous, clear cell, or carcinosarcoma) have a relatively poor prognosis. The specific subtype may be used to guide patient management, but there is little information on the reproducibility of subtype diagnosis in cases of high-grade endometrial carcinoma. Fifty-six cases diagnosed as a high-grade subtype of endometrial carcinoma were identified from the pathology archives of Vancouver General Hospital. All slides for each case were reviewed independently by 3 pathologists, who diagnosed the specific tumor subtype(s) and assigned the percentage of each subtype for mixed tumors. Agreement between observers was categorized as follows: major disagreement: (A) no consensus for low-grade endometrioid versus high-grade carcinoma (any subtype), or (B) no consensus with respect to the predominant high-grade subtype present; minor disagreement: consensus was reached about the cell type of the predominant component of a mixed tumor, but there was disagreement about the subtype of the minor component. A tissue microarray was constructed from these cases and immunostained for p16, ER, PR, PTEN, and p53. In 35 of 56 (62.5%) cases, there was agreement between all 3 reviewers regarding the subtype diagnosis of the exclusive (in pure tumors) or predominant (in mixed tumors) high-grade component. Of these cases, there was a minor disagreement (ie, disagreement about the minor high-grade component subtype in a mixed tumor) in 4 cases (4/56, 7.1%). In 20 of 56 (35.8%) cases there was a major disagreement; in 17 (30.4%) of these cases there was no consensus about the major subtype diagnosis, whereas in 3 (5.4%) cases there was disagreement about whether a component of high-grade endometrial carcinoma was present. In the final case, all 3 reviewers diagnosed the case as low-grade endometrioid carcinoma, disagreeing with the original diagnosis of high-grade carcinoma. The most frequent areas of disagreement were serous versus clear cell (7 cases) and serous versus grade 3 endometrioid (6 cases). Immunostaining results using the 5-marker immunopanel were then used to adjudicate in the 6 cases in which there was disagreement between reviewers with respect to serous versus endometrioid carcinoma, and these supported a diagnosis of serous carcinoma in 4 of 6 cases and endometrioid carcinoma in 2 of 6 cases. Pairwise comparison between the reviewers for the 20 cases classified as showing major disagreement was as follows: reviewer 1 and reviewer 2 agreed in 5/20 cases, reviewer 1 and reviewer 3 agreed in 7/20 cases, and reviewer 2 and reviewer 3 agreed in 8/20 cases, indicating that disagreements were not because of a single reviewer holding outlier opinions. Diagnostic consensus among 3 reviewers about the exclusive or major subtype of high-grade endometrial carcinoma was reached in only 35/56 (62.5%) cases, and in 4 of these cases there was disagreement about the minor component present. This poor reproducibility did not reflect systematic bias on the part of any 1 reviewer. There is a need for molecular tools to aid in the accurate and reproducible diagnosis of high-grade endometrial carcinoma subtype.