LB
Line Bjørge
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
7
(71% Open Access)
Cited by:
1,672
h-index:
45
/
i10-index:
121
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Common Genetic Variation In Cellular Transport Genes and Epithelial Ovarian Cancer (EOC) Risk

Ganna Chornokur et al.Jun 19, 2015
+92
J
H
G
Background Defective cellular transport processes can lead to aberrant accumulation of trace elements, iron, small molecules and hormones in the cell, which in turn may promote the formation of reactive oxygen species, promoting DNA damage and aberrant expression of key regulatory cancer genes. As DNA damage and uncontrolled proliferation are hallmarks of cancer, including epithelial ovarian cancer (EOC), we hypothesized that inherited variation in the cellular transport genes contributes to EOC risk. Methods In total, DNA samples were obtained from 14,525 case subjects with invasive EOC and from 23,447 controls from 43 sites in the Ovarian Cancer Association Consortium (OCAC). Two hundred seventy nine SNPs, representing 131 genes, were genotyped using an Illumina Infinium iSelect BeadChip as part of the Collaborative Oncological Gene-environment Study (COGS). SNP analyses were conducted using unconditional logistic regression under a log-additive model, and the FDR q<0.2 was applied to adjust for multiple comparisons. Results The most significant evidence of an association for all invasive cancers combined and for the serous subtype was observed for SNP rs17216603 in the iron transporter gene HEPH (invasive: OR = 0.85, P = 0.00026; serous: OR = 0.81, P = 0.00020); this SNP was also associated with the borderline/low malignant potential (LMP) tumors (P = 0.021). Other genes significantly associated with EOC histological subtypes (p<0.05) included the UGT1A (endometrioid), SLC25A45 (mucinous), SLC39A11 (low malignant potential), and SERPINA7 (clear cell carcinoma). In addition, 1785 SNPs in six genes (HEPH, MGST1, SERPINA, SLC25A45, SLC39A11 and UGT1A) were imputed from the 1000 Genomes Project and examined for association with INV EOC in white-European subjects. The most significant imputed SNP was rs117729793 in SLC39A11 (per allele, OR = 2.55, 95% CI = 1.5-4.35, p = 5.66x10-4). Conclusion These results, generated on a large cohort of women, revealed associations between inherited cellular transport gene variants and risk of EOC histologic subtypes.
0
Citation897
0
Save
0

Landscape of genomic alterations in cervical carcinomas

Akinyemi Ojesina et al.Dec 24, 2013
+53
S
L
A
Cervical cancer is responsible for 10-15% of cancer-related deaths in women worldwide. The aetiological role of infection with high-risk human papilloma viruses (HPVs) in cervical carcinomas is well established. Previous studies have also implicated somatic mutations in PIK3CA, PTEN, TP53, STK11 and KRAS as well as several copy-number alterations in the pathogenesis of cervical carcinomas. Here we report whole-exome sequencing analysis of 115 cervical carcinoma-normal paired samples, transcriptome sequencing of 79 cases and whole-genome sequencing of 14 tumour-normal pairs. Previously unknown somatic mutations in 79 primary squamous cell carcinomas include recurrent E322K substitutions in the MAPK1 gene (8%), inactivating mutations in the HLA-B gene (9%), and mutations in EP300 (16%), FBXW7 (15%), NFE2L2 (4%), TP53 (5%) and ERBB2 (6%). We also observe somatic ELF3 (13%) and CBFB (8%) mutations in 24 adenocarcinomas. Squamous cell carcinomas have higher frequencies of somatic nucleotide substitutions occurring at cytosines preceded by thymines (Tp*C sites) than adenocarcinomas. Gene expression levels at HPV integration sites were statistically significantly higher in tumours with HPV integration compared with expression of the same genes in tumours without viral integration at the same site. These data demonstrate several recurrent genomic alterations in cervical carcinomas that suggest new strategies to combat this disease.
0
Citation766
0
Save
38

Combining genome-wide studies of breast, prostate, ovarian and endometrial cancers maps cross-cancer susceptibility loci and identifies new genetic associations

Siddhartha Kar et al.Jun 19, 2020
+111
F
M
S
ABSTRACT We report a meta-analysis of breast, prostate, ovarian, and endometrial cancer genome-wide association data (effective sample size: 237,483 cases/317,006 controls). This identified 465 independent lead variants ( P <5×10 −8 ) across 192 genomic regions. Four lead variants were >1Mb from previously identified risk loci for the four cancers and an additional 23 lead variant-cancer associations were novel for one of the cancers. Bayesian models supported pleiotropic effects involving at least two cancers at 222/465 lead variants in 118/192 regions. Gene-level association analysis identified 13 shared susceptibility genes ( P <2.6×10 −6 ) in 13 regions not previously implicated in any of the four cancers and not uncovered by our variant-level meta-analysis. Several lead variants had opposite effects across cancers, including a cluster of such variants in the TP53 pathway. Fifty-four lead variants were associated with blood cell traits and suggested genetic overlaps with clonal hematopoiesis. Our study highlights the remarkable pervasiveness of pleiotropy across hormone-related cancers, further illuminating their shared genetic and mechanistic origins at variant- and gene-level resolution.
38
Citation6
0
Save
0

Overall Survival in Patients with Endometrial Cancer Treated with Dostarlimab plus Carboplatin-Paclitaxel in the Randomized ENGOT-EN6/GOG-3031/RUBY Trial

M.A. Powell et al.Jun 10, 2024
+28
L
L
M
BackgroundPart 1 of the RUBY trial (NCT03981796) evaluated dostarlimab plus carboplatin-paclitaxel compared with placebo plus carboplatin-paclitaxel in patients with primary advanced or recurrent endometrial cancer. At the first interim analysis, the trial met one of its dual-primary endpoints with statistically significant progression-free survival benefits in the mismatch repair deficient/microsatellite instability–high (dMMR/MSI-H) and overall populations. Overall survival (OS) results are reported from the second interim analysis.Patients and MethodsRUBY is a phase 3, global, double-blind, randomized, placebo-controlled trial. Part 1 of RUBY enrolled eligible patients with primary advanced stage III or IV or first recurrent endometrial cancer who were randomly assigned (1:1) to receive either dostarlimab (500 mg) or placebo, plus carboplatin-paclitaxel every 3 weeks for 6 cycles followed by dostarlimab (1000 mg) or placebo every 6 weeks for up to 3 years. OS was a dual-primary endpoint.ResultsA total of 494 patients were randomized (245 in dostarlimab arm; 249 in placebo arm). In the overall population, with 51% maturity, RUBY met the dual-primary endpoint for OS at this second interim analysis, with a statistically significant reduction in the risk of death (HR = 0.69; 95% CI, 0.54-0.89; P = 0.0020) in patients treated with dostarlimab plus carboplatin-paclitaxel versus carboplatin-paclitaxel alone. The risk of death was lower in the dMMR/MSI-H population (HR = 0.32; 95% CI, 0.17-0.63; nominal P = 0.0002) and a trend in favor of dostarlimab was seen in the mismatch repair proficient/microsatellite stable (MMRp/MSS) population (HR = 0.79; 95% CI, 0.60-1.04; nominal P = 0.0493). The safety profile for dostarlimab plus carboplatin-paclitaxel was consistent with the first interim analysis.ConclusionsDostarlimab in combination with carboplatin-paclitaxel demonstrated a statistically significant and clinically meaningful overall survival benefit in the overall population of patients with primary advanced or recurrent endometrial cancer while demonstrating an acceptable safety profile.
0
Citation3
0
Save
0

Shared heritability and functional enrichment across six solid cancers

Xia Jiang et al.Oct 25, 2018
+333
C
N
X
Quantifying the genetic correlation between cancers can provide important insights into the mechanisms driving cancer etiology. Using genome-wide association study summary statistics across six cancer types based on a total of 296,215 cases and 301,319 controls of European ancestry, we estimate the pair-wise genetic correlations between breast, colorectal, head/neck, lung, ovary and prostate cancer, and between cancers and 38 other diseases. We observed statistically significant genetic correlations between lung and head/neck cancer (rg=0.57, p=4.6x10-8), breast and ovarian cancer (rg=0.24, p=7x10-5), breast and lung cancer (rg=0.18, p=1.5x10-6) and breast and colorectal cancer (rg=0.15, p=1.1x10-4). We also found that multiple cancers are genetically correlated with non-cancer traits including smoking, psychiatric diseases and metabolic characteristics. Functional enrichment analysis revealed a significant excess contribution of conserved and regulatory regions to cancer heritability. Our comprehensive analysis of cross-cancer heritability suggests that solid tumors arising across tissues share in part a common germline genetic basis.
0

755P Beyond HRD status: Unraveling genetic variants impacting PARP inhibitor sensitivity in advanced ovarian cancer

Malene Kjeldsen et al.Sep 1, 2024
+14
G
D
M
0

New immune phenotypes for treatment response in high-grade serous ovarian carcinoma patients

Cecilie Torkildsen et al.Jun 14, 2024
+8
A
M
C
Despite advances in surgical and therapeutic approaches, high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOC) prognosis remains poor. Surgery is an indispensable component of therapeutic protocols, as removal of all visible tumor lesions (cytoreduction) profoundly improves the overall survival. Enhanced predictive tools for assessing cytoreduction are essential to optimize therapeutic precision. Patients’ immune status broadly reflects the tumor cell biological behavior and the patient responses to disease and treatment. Serum cytokine profiling is a sensitive measure of immune adaption and deviation, yet its integration into treatment paradigms is underexplored. This study is part of the IMPACT trial (NCT03378297) and aimed to characterize immune responses before and during primary treatment for HGSOC to identify biomarkers for treatment selection and prognosis. Longitudinal serum samples from 22 patients were collected from diagnosis until response evaluation. Patients underwent primary cytoreductive surgery or neoadjuvant chemotherapy (NACT) based on laparoscopy scoring. Twenty-seven serum cytokines analyzed by Bio-Plex 200, revealed two immune phenotypes at diagnosis: Immune High with marked higher serum cytokine levels than Immune Low. The immune phenotypes reflected the laparoscopy scoring and allocation to surgical treatment. The five Immune High patients undergoing primary cytoreductive surgery exhibited immune mobilization and extended progression-free survival, compared to the Immune Low patients undergoing the same treatment. Both laparoscopy and cytoreductive surgery induced substantial and transient changes in serum cytokines, with upregulation of the inflammatory cytokine IL-6 and downregulation of the multifunctional cytokines IP-10, Eotaxin, IL-4, and IL-7. Over the study period, cytokine levels uniformly decreased in all patients, leading to the elimination of the initial immune phenotypes regardless of treatment choice. This study reveals distinct pre-treatment immune phenotypes in HGSOC patients that might be informative for treatment stratification and prognosis. This potential novel biomarker holds promise as a foundation for improved assessment of treatment responses in patients with HGSOC. ClinicalTrials.gov Identifier: NCT03378297.