PR
Paolo Radice
Author with expertise in Genetic Research on BRCA Mutations and Cancer Risk
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(50% Open Access)
Cited by:
6
h-index:
0
/
i10-index:
0
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
38

Combining genome-wide studies of breast, prostate, ovarian and endometrial cancers maps cross-cancer susceptibility loci and identifies new genetic associations

Siddhartha Kar et al.Jun 19, 2020
ABSTRACT We report a meta-analysis of breast, prostate, ovarian, and endometrial cancer genome-wide association data (effective sample size: 237,483 cases/317,006 controls). This identified 465 independent lead variants ( P <5×10 −8 ) across 192 genomic regions. Four lead variants were >1Mb from previously identified risk loci for the four cancers and an additional 23 lead variant-cancer associations were novel for one of the cancers. Bayesian models supported pleiotropic effects involving at least two cancers at 222/465 lead variants in 118/192 regions. Gene-level association analysis identified 13 shared susceptibility genes ( P <2.6×10 −6 ) in 13 regions not previously implicated in any of the four cancers and not uncovered by our variant-level meta-analysis. Several lead variants had opposite effects across cancers, including a cluster of such variants in the TP53 pathway. Fifty-four lead variants were associated with blood cell traits and suggested genetic overlaps with clonal hematopoiesis. Our study highlights the remarkable pervasiveness of pleiotropy across hormone-related cancers, further illuminating their shared genetic and mechanistic origins at variant- and gene-level resolution.
38
Citation6
0
Save
0

Genome-wide association study identifies 32 novel breast cancer susceptibility loci from overall and subtype-specific analyses

Haoyu Zhang et al.Sep 24, 2019
Breast cancer susceptibility variants frequently show heterogeneity in associations by tumor subtype. To identify novel loci, we performed a genome-wide association study (GWAS) including 133,384 breast cancer cases and 113,789 controls, plus 18,908 BRCA1 mutation carriers (9,414 with breast cancer) of European ancestry, using both standard and novel methodologies that account for underlying tumor heterogeneity by estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), and human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) status and tumor grade. We identified 32 novel susceptibility loci ( P <5.0×10-8), 15 of which showed evidence for associations with at least one tumor feature (false discovery rate <0.05). Five loci showed associations ( P <0.05) in opposite directions between luminal- and non-luminal subtypes. In-silico analyses showed these five loci contained cell-specific enhancers that differed between normal luminal and basal mammary cells. The genetic correlations between five intrinsic-like subtypes ranged from 0.35 to 0.80. The proportion of genome-wide chip heritability explained by all known susceptibility loci was 37.6% for triple-negative and 54.2% for luminal A-like disease. These findings provide an improved understanding of genetic predisposition to breast cancer subtypes and will inform the development of subtype-specific polygenic risk scores.