Following its emergence in late 2019, the spread of SARS-CoV-21,2 has been tracked by phylogenetic analysis of viral genome sequences in unprecedented detail3–5. Although the virus spread globally in early 2020 before borders closed, intercontinental travel has since been greatly reduced. However, travel within Europe resumed in the summer of 2020. Here we report on a SARS-CoV-2 variant, 20E (EU1), that was identified in Spain in early summer 2020 and subsequently spread across Europe. We find no evidence that this variant has increased transmissibility, but instead demonstrate how rising incidence in Spain, resumption of travel, and lack of effective screening and containment may explain the variant's success. Despite travel restrictions, we estimate that 20E (EU1) was introduced hundreds of times to European countries by summertime travellers, which is likely to have undermined local efforts to minimize infection with SARS-CoV-2. Our results illustrate how a variant can rapidly become dominant even in the absence of a substantial transmission advantage in favourable epidemiological settings. Genomic surveillance is critical for understanding how travel can affect transmission of SARS-CoV-2, and thus for informing future containment strategies as travel resumes. Analysis of the spread of the 20E (EU1) variant of SARS-CoV-2 through Europe suggests that international travel and insufficient containment, rather than increased transmissibility, led to a resurgence of infections.

Abstract Health care workers (HCW) are a high-risk population to acquire SARS-CoV-2 infection from patients or other fellow HCW. This study aims at estimating the seroprevalence against SARS-CoV-2 in a random sample of HCW from a large hospital in Spain. Of the 578 participants recruited from 28 March to 9 April 2020, 54 (9.3%, 95% CI: 7.1–12.0) were seropositive for IgM and/or IgG and/or IgA against SARS-CoV-2. The cumulative prevalence of SARS-CoV-2 infection (presence of antibodies or past or current positive rRT-PCR) was 11.2% (65/578, 95% CI: 8.8–14.1). Among those with evidence of past or current infection, 40.0% (26/65) had not been previously diagnosed with COVID-19. Here we report a relatively low seroprevalence of antibodies among HCW at the peak of the COVID-19 epidemic in Spain. A large proportion of HCW with past or present infection had not been previously diagnosed with COVID-19, which calls for active periodic rRT-PCR testing in hospital settings.

A monkeypox (MPX) outbreak has expanded worldwide since May 2022. We tested 147 clinical samples collected at different time points from 12 patients by real-time PCR. MPX DNA was detected in saliva from all cases, sometimes with high viral loads. Other samples were frequently positive: rectal swab (11/12 cases), nasopharyngeal swab (10/12 cases), semen (7/9 cases), urine (9/12 cases) and faeces (8/12 cases). These results improve knowledge on virus shedding and the possible role of bodily fluids in disease transmission.

Abstract The objective of this study was to assess the performance of direct real time RT-PCR detection of SARS-CoV-2 in heated saliva samples, avoiding the RNA isolation step. Oropharyngeal and nasopharyngeal swabs together with saliva samples were obtained from 51 patients clinically diagnosed as potentially having COVID-19. Two different methods were compared: 1. RNA was extracted from 500 μl of sample using a MagNA Pure Compact Instrument with an elution volume of 50μl and 2. 700µL of saliva were heat-inactivated at 96°C for 15 minutes, and directly subjected to RT-PCR. One step real time RT-PCR was performed using 5 μl of extracted RNA or directly from 5 μl of heated sample. RT-PCR was performed targeting the SARS-CoV-2 envelope (E) gene region. Diagnostic performance was assessed using the results of the RT-PCR from nasopharyngeal and oropharyngeal swabs as the gold standard. The overall sensitivity, specificity, positive and negative predictive values were 81.08%, 92.86%, 96.77% and 65.00%, respectively when RNA extraction was included in the protocol with saliva, whereas sensitivity, specificity, positive and negative predictive values were 83.78%, 92.86%, 68.42% and 96.88%, respectively, for the heat-inactivation protocol. However, when the analysis was performed exclusively on saliva samples with a limited time from the onset of symptoms (<9 days, N=28), these values were 90%, 87.5%, 44% and 98.75% for the heat-inactivation protocol. The study showed that RT-PCR can be performed using saliva in an RNA extraction free protocol, showing good sensitivity and specificity.

ABSTRACT Current global pandemic due to the SARS-CoV-2 has struggled and pushed the limits of global health systems. Supply chain disruptions and scarce availability of commercial laboratory reagents have motivated worldwide actors to search for alternative workflows to cope with the demand. We have used the OT-2 open-source liquid-handling robots (Opentrons, NY), RNA extraction and RT-qPCR reagents to set-up a reproducible workflow for RT-qPCR SARS-CoV-2 testing. We developed a framework with a template and several functions and classes that allow the creation of customized RT-qPCR automated circuits. As a proof of concept, we provide data obtained by a fully-functional tested code using the MagMax™ Pathogen RNA/DNA kit and the MagMax™ Viral/Pathogen II kit (Thermo Fisher Scientific, MA) on the Kingfisher™ Flex instrument (Thermo Fisher Scientific, MA). With these codes available is easy to create new stations or circuits from scratch, adapt existing ones to changes in the experimental protocol, or perform fine adjustments to fulfil special needs. The affordability of this platform makes it accessible for most laboratories and hospitals with a bioinformatician, democratising automated SARS-CoV-2 PCR testing and increasing, temporarily or not, the capacity of carrying out tests. It also confers flexibility, as this platform is not dependant on any particular commercial kit and can be quickly adapted to protocol changes or other special needs.