AF
Alison Fraser
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(67% Open Access)
Cited by:
1,420
h-index:
27
/
i10-index:
50
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genomewide significant regions in 43 Utah high-risk families implicate multiple genes involved in risk for completed suicide

Hilary Coon et al.Sep 28, 2017
Suicide is the 10th leading cause of death in the US. While environment has undeniable impact, evidence suggests genetic factors play a significant role in completed suicide. We linked a resource of >4,500 DNA samples from completed suicides obtained from the Utah Medical Examiner to genealogical records and medical records data available on over 8 million individuals. This linking has resulted in the identification of high-risk extended families (7-9 generations) with significant familial risk of completed suicide. Familial aggregation across distant relatives minimizes effects of shared environment, provides more genetically homogeneous risk groups, and magnifies genetic risks through familial repetition. We analyzed Illumina PsychArray genotypes from suicide cases in 43 high-risk families, identifying 30 distinct shared genomic segments with genome-wide evidence (p=2.02E-07 to 1.30E-18) of segregation with completed suicide. The 207 genes implicated by the shared regions provide a focused set of genes for further study; 18 have been previously associated with suicide risk. While PsychArray variants do not represent exhaustive variation within the 207 genes, we investigated these for specific segregation within the high-risk families, and for association of variants with predicted functional impact in ~1300 additional Utah suicides unrelated to the discovery families. None of the limited PsychArray variants explained the high-risk family segregation; sequencing of these regions will be needed to discover segregating risk variants, which may be rarer or regulatory. However, additional association tests yielded four significant PsychArray variants (SP110, rs181058279; AGBL2, rs76215382; SUCLA2, rs121908538; APH1B, rs745918508), raising the likelihood that these genes confer risk of completed suicide.
0

Rare protein coding variants implicate genes involved in risk of suicide death

Emily DiBlasi et al.Jan 11, 2020
Suicide death is a worldwide health crisis, claiming close to 800,000 lives per year. Recent evidence suggests that prediction and prevention challenges may be aided by discoveries of genetic risk factors. Here we focus on the role of rare (MAF <1%), putatively functional single nucleotide polymorphisms (SNPs) in suicide death using the large genetic resources available in the Utah Suicide Genetic Risk Study (USGRS). We conducted a single-variant association analysis of 30,377 rare putatively functional SNPs present on the PsychArray genotyping array in 2,672 USGRS suicides of non-Finnish European (NFE) ancestry and 51,583 publicly available NFE controls from gnomAD, with additional follow-up analyses using an independent control sample of 21,324 NFE controls from the Psychiatric Genomics Consortium. SNPs underwent rigorous quality control, and among SNPs meeting significance thresholds, we considered only those that were validated in sequence data. We identified five novel, high-impact, rare SNPs with significant associations with suicide death (SNAPC1, rs75418419; TNKS1BP1, rs143883793; ADGRF5, rs149197213; PER1, rs145053802; and ESS2, rs62223875). Both PER1 and SNAPC1 have other supporting gene-level evidence of suicide risk, and an association with bipolar disorder has been reported for PER1 and with schizophrenia for PER1, TNKS1BP1, and ESS2. Three genes (PER1, TNKS1BP1, and ADGRF5), with additional genes implicated by GWAS studies on suicidal behavior, showed significant enrichment in immune system, homeostatic and signal transduction processes. Pain, depression, and accidental trauma were the most prevalent phenotypes in electronic medical record data for the categories assessed. These findings suggest an important role for rare variants in suicide risk and provide new insights into the genetic architecture of suicide death. Furthermore, we demonstrate the added utility of careful assessment of genotyping arrays in rare variant discovery.
0

Universal Panel Testing of Pancreatic Cancer Cases for Cancer Predisposition

Erin Young et al.Sep 28, 2017
ABSTRACT Background and Aims Genes associated with hereditary breast and ovarian cancer (HBOC) and colorectal cancer (CRC) susceptibility have been shown to play a role in pancreatic cancer susceptibility. Germline genetic testing of pancreatic cancer cases could be beneficial for at-risk relatives with pathogenic variants in established HBOC and CRC genes, but it is unclear what proportion of pancreatic cancer cases harbor pathogenic variants in these genes. Methods 66 pancreatic cancer cases, unselected for family history and diagnosed at the Huntsman Cancer Hospital (HCH), were sequenced on a custom 34-gene panel including known HBOC and CRC genes. A second set of 156 unselected HCH pancreatic cancer cases were sequenced on an expanded 59-gene panel (n=95) or with a custom 14-gene clinical panel (n=61). Sequencing data from both sets of pancreatic cancer cases, the pancreatic cancer cases of the Cancer Genome Atlas (TCGA), and an unselected pancreatic cancer screen from the Mayo Clinic were combined in a meta-analysis to estimate the proportion of carriers with pathogenic and variants of uncertain significance. Results Approximately 8.9% of unselected pancreatic cancer cases at the HCH carried a variant with potential HBOC or CRC screening recommendations. A meta-analysis of unselected pancreatic cancer cases revealed that approximately 10.5% carry a pathogenic variant or HiP-VUS. Conclusion With the inclusion of both HBOC and CRC susceptibility genes in a panel test, unselected pancreatic cancer cases have a high enough percentage of carriers to rationalize genetic testing for identification of variants that could be further used in cascade testing of healthy relatives to increase HBOC and CRC surveillance measures.
0

Understanding and Overcoming Barriers to Admissions and Timely Discharges in a Cancer Hospital: A Case Study of National Centre for Cancer Care and Research, Doha, Qatar

Abdul Gul et al.Jul 12, 2024
Background Improving access to healthcare is crucial for patient experience, clinical safety, timeliness of care, and reducing staff pressure. The National Centre for Cancer Care and Research (NCCCR), the primary cancer center in Qatar, confronted challenges in delivering quality cancer care and services. Aim This project aimed to identify factors limiting patient admissions and discharges at NCCCR to improve the average patient admission and discharge rates by 50%. Methods The study was conducted at the National Center for Cancer Care and Research (NCCCR) in Qatar from June 2020 to December 2021. Descriptive statistics were used to analyze the average number of inpatient admissions, discharges, and patient length of stay. The Plan-Do-Study-Act (PDSA) Model for Improvement tool was utilized to test changes at the facility level. Results A comparison of baseline data in Quarter 2 (Q2) 2020 with Quarter 4 (Q4) 2021 showed a 37% increase in the average number of inpatient admissions and a 62% increase in inpatient discharges. The number of patients staying 0-10 days increased by 39% from Q2 2020 to Q4 2021. Conclusion This project identified several factors affecting patient admission and discharge services. Implementation of strategies such as establishing a physician-led discharge multidisciplinary committee, conducting frequent bed status evaluations by case managers and physicians, and expanding bed capacity led to significant improvements in the admission and discharge process.