Abstract Quantitative viral load assays have transformed our understanding of – and ability to manage − viral diseases. They hold similar potential to advance COVID-19 control and prevention, but SARS-CoV-2 viral load tests are not yet widely available. SARS-CoV-2 molecular diagnostic tests, which typically employ real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), yield semi-quantitative results only. Reverse transcriptase droplet digital PCR (RT-ddPCR), a technology that partitions each reaction into 20,000 nanolitre-sized droplets prior to amplification, offers an attractive platform for SARS-CoV-2 RNA quantification. We evaluated eight primer/probe sets originally developed for real-time RT-PCR-based SARS-CoV-2 diagnostic tests for use in RT-ddPCR, and identified three (Charité-Berlin E-Sarbeco and Pasteur Institute IP2 and IP4) as the most efficient, precise and sensitive for RT-ddPCR-based SARS-CoV-2 RNA quantification. Analytical efficiency of the E-Sarbeco primer/probe set, for example, was ~83%, while assay precision, as measured by the coefficient of variation, was ~2% at 1000 input copies/reaction. Lower limits of quantification and detection for this primer/probe set were 18.6 and 4.4 input SARS-CoV-2 RNA copies/reaction, respectively. SARS-CoV-2 RNA viral loads in a convenience panel of 48 COVID-19-positive diagnostic specimens spanned a 6.2log 10 range, confirming substantial viral load variation in vivo . We further calibrated RT-ddPCR-derived SARS-CoV-2 E gene copy numbers against cycle threshold (C t ) values from a commercial real-time RT-PCR diagnostic platform. The resulting log-linear relationship can be used to mathematically derive SARS-CoV-2 RNA copy numbers from C t values, allowing the wealth of available diagnostic test data to be harnessed to address foundational questions in SARS-CoV-2 biology.

Abstract Introduction During an investigation into a cluster of Shigella flexneri serotype 2a cases in an underserved community, we assessed the relatedness of human and rat S. flexneri isolates utilizing a novel PCR targeting insertion sites (IS-PCR) of mobile elements in the Shigella genome characteristic of the cluster strain. Methods Whole genome sequences of S. flexneri (n=50) associated with the cluster were analyzed. de novo genome assemblies were analyzed by a Geneious V10.2.6 motif search, and 2 unique IS were identified in all human Shigella sequences of the local cluster. Hydrolysis probe PCR assays were designed to detect these sequences consisting of forward and reverse primers to amplify across each insertion site, and a hydrolysis probe spanning the insertion site. IS-PCR was performed for three Shigella PCR-positive culture-negative rat intestine specimens from this community. Results Both insertion sites were detected in the de novo genome assemblies of all clinical S. flexneri isolates (n=50). Two of the three PCR-positive culture-negative rat samples were positive for both unique IS identified in the human S. flexneri isolates, suggesting that the rat Shigella spp. strains were closely related to the human strains in the cluster. The cycle threshold (Ct) values were >35, indicating that the bacterial load was very low in the rat samples. Conclusions Two unique IS were identified in clinical isolates from a community S. flexneri cluster. Both IS targets were identified in PCR-positive ( Shigella spp.), culture-negative rat tissue and clinical isolates from humans, indicating relatedness.

We conducted a retrospective chart review and whole-genome sequencing of specimens with presumptive Corynebacterium ulcerans in Vancouver from July 2019 to July 2023. WGS confirmed 8/14 wound culture isolates as C. ramonii. Two distinct clusters of C. ramonii were identified with clinical presentations similar to cutaneous C. diphtheriae.

Molecular syndromic panels can improve rapidity of results and ease clinical laboratory workflow, although caution has been raised for potential false-positive results. Upon implementation of a new panel for infectious diarrhea (BioFire® FilmArray® Gastrointestinal [GI] Panel, bioMérieux) in our clinical laboratory, a higher than expected number of stool samples with norovirus were detected.