Importance

 Cytotoxic CD8⁺tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) participate in immune control of epithelial ovarian cancer; however, little is known about prognostic patterns of CD8⁺TILs by histotype and in relation to other clinical factors. 

Objective

 To define the prognostic role of CD8⁺TILs in epithelial ovarian cancer. 

Design, Setting, and Participants

 This was a multicenter observational, prospective survival cohort study of the Ovarian Tumor Tissue Analysis Consortium. More than 5500 patients, including 3196 with high-grade serous ovarian carcinomas (HGSOCs), were followed prospectively for over 24 650 person-years. 

Exposures

 Following immunohistochemical analysis, CD8⁺TILs were identified within the epithelial components of tumor islets. Patients were grouped based on the estimated number of CD8⁺TILs per high-powered field: negative (none), low (1-2), moderate (3-19), and high (≥20). CD8⁺TILs in a subset of patients were also assessed in a quantitative, uncategorized manner, and the functional form of associations with survival was assessed using penalized B-splines. 

Main Outcomes and Measures

 Overall survival time. 

Results

 The final sample included 5577 women; mean age at diagnosis was 58.4 years (median, 58.2 years). Among the 5 major invasive histotypes, HGSOCs showed the most infiltration. CD8⁺TILs in HGSOCs were significantly associated with longer overall survival; median survival was 2.8 years for patients with no CD8⁺TILs and 3.0 years, 3.8 years, and 5.1 years for patients with low, moderate, or high levels of CD8⁺TILs, respectively (Pvalue for trend = 4.2 × 10⁻¹⁶). A survival benefit was also observed among women with endometrioid and mucinous carcinomas, but not for those with the other histotypes. Among HGSOCs, CD8⁺TILs were favorable regardless of extent of residual disease following cytoreduction, known standard treatment, and germlineBRCA1pathogenic mutation, but were not prognostic forBRCA2mutation carriers. Evaluation of uncategorized CD8⁺TIL counts showed a near-log-linear functional form. 

Conclusions and Relevance

 This study demonstrates the histotype-specific nature of immune infiltration and provides definitive evidence for a dose-response relationship between CD8⁺TILs and HGSOC survival. That the extent of infiltration is prognostic, not merely its presence or absence, suggests that understanding factors that drive infiltration will be the key to unraveling outcome heterogeneity in this cancer.

Ovarian cancer remains the leading cause of death in women with gynecologic malignancies, despite surgical advances and the development of more effective chemotherapeutics. As increasing evidence indicates that clear-cell ovarian cancer may have unique pathogenesis, further understanding of molecular features may enable us to begin to understand the underlying biology and histology-specific information for improved outcomes. To study epigenetics in clear-cell ovarian cancer, fresh frozen tumor DNA (n = 485) was assayed on Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips. We identified a clear-cell ovarian cancer tumor methylation profile (n = 163) which we validated in two independent replication sets (set 1, n = 163; set 2, n = 159), highlighting 22 CpG loci associated with nine genes (VWA1, FOXP1, FGFRL1, LINC00340, KCNH2, ANK1, ATXN2, NDRG21 and SLC16A11). Nearly all of the differentially methylated CpGs showed a propensity toward hypermethylation among clear-cell cases. Several loci methylation inversely correlated with tumor gene expression, most notably KCNH2 (HERG, a potassium channel) (P = 9.5 × 10−7), indicating epigenetic silencing. In addition, a predicted methylation class mainly represented by the clear-cell cases (20 clear cell out of 23 cases) had improved survival time. Although these analyses included only 30 clear-cell carcinomas, results suggest that loss of expression of KCNH2 (HERG) by methylation could be a good prognostic marker, given that overexpression of the potassium (K+) channel Eag family members promotes increased proliferation and results in poor prognosis. Validation in a bigger cohort of clear-cell tumors of the ovary is warranted.

The tumor-associated inflammatory microenvironment may play a pivotal role in epithelial ovarian cancer (EOC) carcinogenesis and outcomes, but a detailed profile in patient-derived tumors is needed. Here, we investigated the expression of TLR4- and MyD88-associated markers in tumors from over 500 EOC patients using immunohistochemical staining. We demonstrate that high expression of TLR4 and MyD88 predicts poorer overall survival in patients with EOC; most likely, this is due to their association with serous histology and features of high tumor burden and aggressiveness, including stage, grade, and ascites at surgery. Combined TLR4 and MyD88 expression appears to serve as an independent risk factor for shortened survival time, even after covariate adjustment (both moderate HR 1.1 [95 % CI 0.7–1.8], both strong HR 2.1 [95 % CI 1.1–3.8], both weak as referent; p = 0.027). We reveal that in EOC tissues with elevated expression of both TLR4 and MyD88 and activated NF-κB signaling pathway, expression of hsp60, hsp70, beta 2 defensin, and HMGB1 are also enriched. In total, these results suggest that activation of TLR4/MyD88/NF-κB signaling by endogenous ligands may contribute to an inflammatory microenvironment that drives a more aggressive phenotype with poorer clinical outcome in EOC patients.

Abstract To reveal biologic mechanisms underlying clinical outcome of high-grade serous (HGS) epithelial ovarian carcinomas (EOC), we evaluated the association between tumor epigenetic changes and time to recurrence (TTR). We assessed methylation at approximately 450,000 genome-wide CpGs in tumors of 337 Mayo Clinic (Rochester, MN) patients. Semi-supervised clustering of discovery (n = 168) and validation (n = 169) sets was used to determine clinically relevant methylation classes. Clustering identified two methylation classes based on 60 informative CpGs, which differed in TTR in the validation set [R vs. L class, P = 2.9 × 10−3, HR = 0.52; 95% confidence interval (CI), 0.34–0.80]. Follow-up analyses considered genome-wide tumor mRNA expression (n = 104) and CD8 T-cell infiltration (n = 89) in patient subsets. Hypomethylation of CpGs located in 6p21.3 in the R class associated with cis upregulation of genes enriched in immune response processes (TAP1, PSMB8, PSMB9, HLA-DQB1, HLA-DQB2, HLA-DMA, and HLA-DOA), increased CD8 T-cell tumor infiltration (P = 7.6 × 10−5), and trans-regulation of genes in immune-related pathways (P = 1.6 × 10−32). This is the most comprehensive assessment of clinical outcomes with regard to epithelial ovarian carcinoma tumor methylation to date. Collectively, these results suggest that an epigenetically mediated immune response is a predictor of recurrence and, possibly, treatment response for HGS EOC. Cancer Res; 74(11); 3084–91. ©2014 AACR.

Abstract The presence of regulatory T cells (Treg) in solid tumors is known to play a role in patient survival in ovarian cancer and other malignancies. We assessed inherited genetic variations via 749 tag single-nucleotide polymorphisms (SNP) in 25 Treg-associated genes (CD28, CTLA4, FOXP3, IDO1, IL10, IL10RA, IL15, 1L17RA, IL23A, IL23R, IL2RA, IL6, IL6R, IL8, LGALS1, LGALS9, MAP3K8, STAT5A, STAT5B, TGFB1, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGRBR2, and TGFBR3) in relation to ovarian cancer survival. We analyzed genotype and overall survival in 10,084 women with invasive epithelial ovarian cancer, including 5,248 high-grade serous, 1,452 endometrioid, 795 clear cell, and 661 mucinous carcinoma cases of European descent across 28 studies from the Ovarian Cancer Association Consortium (OCAC). The strongest associations were found for endometrioid carcinoma and IL2RA SNPs rs11256497 [HR, 1.42; 95% confidence interval (CI), 1.22–1.64; P = 5.7 × 10−6], rs791587 (HR, 1.36; 95% CI, 1.17–1.57; P = 6.2 × 10−5), rs2476491 (HR, = 1.40; 95% CI, 1.19–1.64; P = 5.6 × 10−5), and rs10795763 (HR, 1.35; 95% CI, 1.17–1.57; P = 7.9 × 10−5), and for clear cell carcinoma and CTLA4 SNP rs231775 (HR, 0.67; 95% CI, 0.54–0.82; P = 9.3 × 10−5) after adjustment for age, study site, population stratification, stage, grade, and oral contraceptive use. The rs231775 allele associated with improved survival in our study also results in an amino acid change in CTLA4 and previously has been reported to be associated with autoimmune conditions. Thus, we found evidence that SNPs in genes related to Tregs seem to play a role in ovarian cancer survival, particularly in patients with clear cell and endometrioid epithelial ovarian cancer. Cancer Immunol Res; 2(4); 332–40. ©2014 AACR.

Abstract SARS-CoV-2 enters the body at mucosal surfaces, such as the nose and lungs. These events involve a small number of virions at these mucosal barriers and are therefore a strategic point to stop a COVID-19 infection before it starts. Despite this, most vaccines against COVID-19 are being injected into the muscle where they will not generate the highest levels of mucosal protection. The vaccines that are approved for use in humans are all replication-defective (RD) mRNA, DNA, or adenovirus (Ad) vaccines that do not amplify antigen transgenes. We developed single cycle adenovirus (SC-Ad) vectors that replicate antigen genes up to 10,000-fold in human cells, but that are disabled from producing infectious Ad particles. We show here that SC-Ad expressing the full-length SARS-CoV-2 spike protein produces 100-fold more spike protein than a matched RD-Ad-Spike vector. When Ad-permissive hamsters were immunized with these vaccines by intranasal (IN) or intramuscular (IM) routes, SC-Ad produced significantly stronger antibody responses as compared to RD-Ad against the spike protein that rose over 14 weeks after one immunization. Single IN or IM immunizations generated significant antibody responses in serum and in bronchoalveolar lavages (BALs). IN priming, but not IM priming, generated HLA-restricted CD8 T cell responses in BALs. SC-Ad-Spike generated antibodies that retain binding to spike receptor binding domains (RBDs) with mutations from new viral variants. These data suggest empowering the genomes of gene-based vaccines with the ability to amplify antigen genes can increase potency. This may be particularly advantageous when applying mucosal vaccines to combat mucosal pathogens like SARS-CoV-2. One Sentence Summary Arming adenovirus vaccines with the ability to replicate vaccine antigen genes may increase potency for systemic, or more importantly, mucosal immunization against mucosal pathogens.

e23269 Background: Most cases of malignant melanoma are cutaneous, with ≈50% having a BRAF driver mutation that predicts response to MAPK pathway inhibitors. A small minority of melanoma cases harbor an activating KIT mutation, most notably in mucosal and acral melanomas (15-20%) and occasionally in those arising from chronic sun-damaged skin (2-3%). Only about a third of KIT mutated melanomas respond to targeted therapy with Imatinib, yet data is scarce and limited, especially in older patients. We sought to characterize the efficacy and toxicity of Imatinib in KIT-mutated melanoma patients over 65. Methods: We identified electronic medical records of patients over 65 that were treated with Imatinib for KIT mutated melanoma at our institution over the years 2017-2023. Data was retrospectively collected including demographics, disease characteristics, response patterns and toxicity. Results: 10 patients were identified, 50% were males. The median age at treatment initiation was 75 years (71-100). 3 patients had cutaneous primary, 3 had Vulvar/vaginal primary, 3 had acral primary and 1 had anal canal primary. All patients had normal Lactate dehydrogenase at treatment initiation and ECOG performance status was 0-2 (median 0). 9 patients received Imatinib for stage IV disease with an overall response rate (ORR) of 55% (44% partial response, 11% complete response). Median duration of response was 4 months. Responses were seen in acral melanoma (67%), vulvar/vaginal melanoma (67%) and cutaneous melanoma (33%). Median Progression free survival was 4.3 months (1.8-44), median overall survival from treatment initiation was 22.6 months (4-64). 6 patients were treated as 2 nd line with an ORR of 67% and 3 were treated as 3 rd line with an ORR of 33%. There was one patient with M1d disease who did not respond to treatment either systematically or intracranially. 6 patients had Exon 11 mutations (V560D/G/E, N564S and L576P) of which 4 responded (67%). 2 had Exon 17 mutations (N822C/K) of which 1 responded (50%) and the 2 others had an Exon 14 (F681I) and Exon 13 (K642E) mutation that did not respond to treatment at all. Toxicity was moderate with 90% of patients experiencing any grade AE, yet only 1 experienced toxicity requiring dose interruption with two Grade 3 toxicities - Pneumonitis and decreased neutrophil count, leading to temporary treatment interruption, dose reduction and a course of corticosteroids. The rest of the patients experienced only Grade 1-2 toxicity. 4 patients needed dose reductions, there were no treatment discontinuations due to toxicity. Conclusions: Treatment with Imatinib for elderly KIT mutated melanoma patients is safe and well tolerated with no treatment discontinuations recorded. The response rate is encouraging yet seems to vary according to the KIT mutation present as previously reported. The duration of response is usually short-lived and alternative/combination treatments are still needed for this patient population.

TPS5630 Background: Platinum-resistant ovarian cancer (PROC) portends a poor prognosis and, although treatments are available, response rates are low. Previous studies have demonstrated that DNA topoisomerase I (TOP1) inhibitors exhibit clinical activity in PROC. Irinotecan also has a 15-25% response rate in some studies of platinum-resistant epithelial ovarian cancer but does not have FDA approval for this indication. Additional studies in preclinical models suggest that TOP1 poisons are more active if administered at low doses on prolonged schedules. PLX038 is a long-acting prodrug of the potent TOP1 inhibitor SN-38. In PLX038, SN-38 is covalently conjugated to circulating polyethylene glycol and is slowly released at a constant rate to provide the active agent with a long half-life, a low C max and very high exposure – important facets for optimal safety and efficacy of this drug. Further, in preclinical studies the nanoparticle prodrug accumulates and is retained in tumors, where it slowly releases the SN-38. Methods: This single arm, phase 2 clinical trial is open at Mayo Clinic in Rochester, MN. The primary endpoint is overall response rate and secondary endpoints include progression-free survival and assessment of tolerability of PLX038. Correlative goals include i) measurement of TOP1-DNA covalent complexes in tumor biopsies and circulating tumor cells to assess successful target engagement; ii) assessment of homologous recombination status and SLFN11 expression for correlation with tumor response rate; and iii) pharmacokinetics of SN-38 and SN-38G as well as their association with GI toxicity. Assessment of gut microbiota and association with GI toxicity profile are also being investigated. Eligible patients include women with platinum resistant high grade serous ovarian, primary peritoneal, and fallopian tube cancer who have received fewer than two prior chemotherapy regimens in the platinum-resistant setting. All patients must have an ECOG performance status of 0, 1, or 2 and adequate bone marrow, renal, and hepatic function. As of January 31, 2024, 12 of planned 37 patients have enrolled. Clinical trial information: NCT05465941 .

Using personalized peptide vaccines (PPVs) to target tumor-specific non-self antigens (neoantigens) is a promising approach to cancer treatment. However, the development of PPVs is hindered by the challenge of identifying tumor-specific neoantigens, in part because current in silico methods for identifying such neoantigens have limited effectiveness. Here we report the results of molecular dynamics simulations of 12 oligopeptides bound with a human leukocyte antigen (HLA), revealing a previously unrecognized association between the inability of an oligopeptide to elicit a T-cell response and the contraction of the peptide-binding groove upon binding of the oligopeptide to the HLA. Our conformational analysis showed that this association was due to incompatibility at the interface between the contracted groove and its αβ–T-cell antigen receptor (TCR). This structural demonstration that having the capability to bind HLA does not guarantee immunogenicity prompted us to develop an atom-based method to predict immunogenicity through using the structure and energy of a peptide•HLA complex to assess the propensity of the complex for forming a ternary complex with its TCR. In predicting the immunogenicities of the 12 oligopeptides, achieved a 100% success rate compared with success rates of 25–50% for 11 publicly available residue-based methods including NetMHC -4.0. While further validation and refinements of are required, our results suggest a need to develop in silico methods that assess peptide characteristics beyond their capability to form stable binary complexes with HLAs to help remove hurdles in using the patient tumor DNA information to develop PPVs for personalized cancer immunotherapy.