DT
Duncan Taylor
Author with expertise in Genomic Selection in Plant and Animal Breeding
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(50% Open Access)
Cited by:
264
h-index:
35
/
i10-index:
93
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Testing methods for quantifying Monte Carlo variation for categorical variables in Probabilistic Genotyping

Jo‐Anne Bright et al.Jun 26, 2021
Abstract Two methods for applying a lower bound to the variation induced by the Monte Carlo effect are trialled. One of these is implemented in the widely used probabilistic genotyping system, STRmix ™ . Neither approach is giving the desired 99% coverage. In some cases the coverage is much lower than the desired 99%. The discrepancy (i.e. the distance between the LR corresponding to the desired coverage and the LR observed coverage at 99%) is not large. For example, the discrepancy of 0.23 for approach 1 suggests the lower bounds should be moved downwards by a factor of 1.7 to achieve the desired 99% coverage. Although less effective than desired these methods provide a layer of conservatism that is additional to the other layers. These other layers are from factors such as the conservatism within the sub-population model, the choice of conservative measures of co-ancestry, the consideration of relatives within the population and the resampling method used for allele probabilities, all of which tend to understate the strength of the findings. Highlights Two methods for quantifying Monte Carlo variability are tested, Both give less than the desired 99% coverage, The magnitude of possible discrepancy is small, For example an LR of 4.3 × 10 11 could be reported as 1.8 × 10 12 An LR of 18 could be reported as 22.
1
Citation2
0
Save
0

Where did it go? A study of DNA transfer in a social setting

Amy Cahill et al.Aug 2, 2024
The sensitivity of DNA analysis has progressed to the point that trace levels of DNA, originating from only a few cells, can generate informative profiles. This means that virtually any item or surface can be sampled with a reasonable chance of obtaining a DNA profile. As the presence of DNA does not suggest how it was deposited, questions are often raised as to how the DNA came to be at a particular location and the activity that led to its deposition. Therefore, understanding different modes of DNA deposition, reflective of realistic forensic casework situations, is critical for proper evaluation of DNA results in court. This study aimed to follow the movements of DNA to and from individuals and common household surfaces in a residential premises, while socially interacting. This took place over an hour and involved four participants, with known shedder status, designated as visitors (a male and a female) and hosts (a male and a female), who engaged in the activity of playing a board game while being served food. During the study, the participants were instructed to use the toilet on a single occasion to assess the transfer of DNA to new and unused underwear that was provided. All contacts made by the participants in the dining room and kitchen were video recorded to follow the movements of DNA. Samples were collected based on the history of contact, which included hands, fingernails and penile swabs. Direct contacts resulted in detectable transfer (LR > 1) in 87 % (87/100) of the non-intimate samples and clothing. For surfaces touched by multiple participants, DNA from the person who made the last contact was not always detectable. The duration and number of contacts did not significantly affect the detection of the person contacting the item. On the other hand, presence of background DNA and participant's shedder status appear to play an important role. Further, unknown contributors were detected in the majority of samples. Finally, indirect transfer was observed on a number of occasions including co-habiting partners of guests who were not present at the study location. The results of this study may assist with decision making for exhibit selection or targeting areas for sampling within the home environment. Our findings can also be used in conjunction with previous literature to develop activity-level evaluations in such situations where the source of the DNA is conceded, but the mode of deposition is disputed.
0
Citation1
0
Save
0

Accounting for site-to-site DNA transfer on a packaged exhibit in an evaluation given activity level propositions

Duncan Taylor et al.Aug 10, 2024
Considering activity level propositions in the evaluation of forensic biology findings is becoming more common place. There are increasing numbers of publications demonstrating different transfer mechanisms that can occur under a variety of circumstances. Some of these publications have shown the possibility of DNA transfer from site to site on an exhibit, for instance as a result of packaging and transport. If such a possibility exists, and the case circumstances are such that the area on an exhibit where DNA is present or absent is an observation that is an important diagnostic characteristic given the propositions, then site to site transfer should be taken into account during the evaluation of observations. In this work we demonstrate the ways in which site to site transfer can be built into Bayesian networks when carrying out activity level evaluations of forensic biology findings. We explore the effects of considering qualitative vs quantitative categorisation of DNA results. We also show the importance of taking into account multiple individual's DNA being transferred (such as unknown or wearer DNA), even if the main focus of the evaluation is the activity of one individual.
0

Exploring sexual and reproductive health among adolescent and young adult patients with cancer: A patient-oriented qualitative study using novel, serial focus groups.

Niki Oveisi et al.Jun 1, 2024
e23080 Background: While treatment advances for adolescent and young adult (AYA, ages 15 - 39) cancers are improving survival, there is a lack of information and support regarding impacts of AYA cancer on sexual and reproductive health (SRH) during and after treatment. Our study explored SRH experiences of AYA cancer patients using novel, serial focus groups. Methods: With online and in-person approaches, we recruited folks who: 1) Were diagnosed with cancer at age 15 – 39; 2) Reside in Canada; and 3) Are over 18. Participants were grouped into cohorts based on akin characteristics (e.g., sex, stage). Each cohort engaged in three focus groups, mimicking support groups, to foster community and trust. An interview guide was iteratively developed with patient research partners. We used framework analysis to identify recurring themes and patterns, offering full insight of participants’ SRH perspectives and experiences from deductive and inductive views. Results: We recruited 4 focus group cohorts, with 6–10 participants each (N = 24 females, 6 males), representing various cancer types (e.g., pelvic, hematologic) and stages (1–4). Cohorts had representation of transgender (n = 1) and gender diverse folks (n = 3), non-heterosexual sexual orientation (n = 11), and racial diversity (n = 9). We identified three themes describing participants’ experiences: 1) internally (“looking inwards”) – impact of AYA cancer on SRH; 2) externally (“looking outwards”) – impact of cancer on interpersonal relationships; and 3) role of the healthcare system. Internally, folks described complex impacts of AYA cancer on themselves, revealing shifting definitions, perspectives, expectations, and goals of SRH over time. Dynamic interplays of AYA cancer also surfaced, unveiling mental, physical, and financial health changes that positively or negatively impacted participants’ SRH and influenced short and long-term well-being. Externally, changes in romantic relationships and family planning underscored the complex interplay of societal pressures on SRH and reproductive choices. Regarding the healthcare system, findings highlight facilitators (i.e., self-advocacy, nurses, recent pregnancy, provider with similar identity, etc.) and barriers (i.e., gender, SRH stigma, age, fertility treatment costs, heteronormativity, SRH deprioritization, etc.) that influence access to appropriate and available SRH resources and support. Conclusions: SRH challenges have significant internal and external impacts among AYA cancer patients and their interpersonal relationships during and after treatment. By understanding their SRH experiences throughout their cancer care, providers and the healthcare system can identify opportunities to implement SRH care more effectively into the cancer care continuum, significantly improving health outcomes for AYA cancer patients.
0

Air DNA forensics: Novel air collection method investigations for human DNA identification

Emily Bibbo et al.Nov 10, 2024
Abstract Modern techniques can generate highly discriminatory DNA profiles from minuscule biological samples, providing valuable information in criminal investigations and court proceedings. However, trace and touch DNA samples, due to their nature, often have lower success rates than other biological materials, such as blood. Further, forensically aware criminals can utilize gloves and meticulously clean the crime scene to remove DNA traces of themselves from contacted surfaces. Air sampling offers a novel approach to the collection of human DNA that has the potential to bypass some of these issues. This study reports on the results of research into the prevalence and persistence of human DNA in the air. The ability to collect human DNA from the air was investigated with the use of an AirPrep Cub Sampler ACD220 in different spaces, with and without the presence of individuals for various durations of sample collection. Results of this study demonstrate that level of occupation and sampling duration each have an influence on quantity and quality of DNA recovered from the air whereas the effects of orientation and distance of participants from the collection device as well as sequence of occupation remain unclear and require further investigation.