Abstract Objectives Reference intervals (RI) play a decisive role in the interpretation of medical laboratory results. An important step in the determination of RI is age- and sex specific partitioning, which is usually based on an empirical approach by graphical representation. In this study, we evaluate an automated machine learning approach. Methods This study uses pediatric data from the CALIPER RI (Canadian laboratory initiative on pediatric reference intervals) study. The calculation of potential partitions is carried out using a regression tree model included in the rpart package of the statistical programming language R. The Harris & Boyd method is used to compare the corresponding partitions suggested by rpart and CALIPER. For better comparability, the reference ranges of the partitions of both approaches are then calculated using reflimR . Results Most of the partitions suggested by rpart or CALIPER show sufficient heterogeneity among themselves to justify age- and/or sex-specific RI partitioning. With only few individual exceptions, both methods yield comparable results. The partitions of both approaches for albumin and γ -glutamyltransferase are very similar to each other. For creatinine rpart suggests a slightly earlier distinction between the sexes. Alkaline phosphatase shows the most pronounced differences. In addition to a considerable earlier sex split, rpart suggests different age intervals for both sexes, resulting in three partitions for females and four partitions for males. Conclusions Our findings indicate that the automated analysis provided by rpart yields results that comparable to traditional methods. Nevertheless, the medical plausibility of the automatic suggestions needs to be validated by human experts.

Cytotoxicity of oxaliplatin-containing solutions (OCS), sampled during patient treatment with hyperthermic intraperitoneal chemotherapy (HIPEC), was assessed by well-established continuous impedance-based real-time cell analysis (RTCA) ex vivo. HIPEC treatment was replicated by exposing OAW-42 cancer cells to OCS for 30 or 60 minutes at 42 °C. In contrast to previous results with continuous exposure, where cytotoxicity was proven, identical OCS obtained during HIPEC did not induce cell death reproducibly and showed strongly attenuated effects after only 30 minutes of application. Based on these unexpected findings, we used spike-ins of oxaliplatin (OX) into peritoneal dialysis solution (PDS) or dextrose 5 % in water (D5W) to replicate HIPEC conditions, as used in either our own protocols or the recently presented randomized controlled PRODIGE 7 trial, where OX HIPEC for 30 minutes failed to produce survival benefits in colorectal carcinoma patients. With OX-spiked into D5W or PDS at identical concentrations as used for PRODIGE 7 or conforming with own HIPEC protocols, we did not observe the expectable cytotoxic effects in RTCA, after replicating OX HIPEC for 30 minutes. These results were corroborated for both solvents at relevant drug concentrations by classical end-point assays for cytotoxicity in two cancer cell lines. Further results suggest that penetration depth, drug dosage, exposure time and drug solvents may constitute critical factors for HIPEC effectiveness. Accordingly, we witnessed substantial cell shrinkage with both PDS and D5W, potentially contributing to reduced drug effects. Based on these results, intensified pharmacological research seems essential to establish effective HIPEC protocols before clinical application.

A targeted high-throughput sequencing (HTS) panel test for clinical diagnostics requires careful consideration of the inclusion of appropriate diagnostic-grade genes, the ability to detect multiple types of genomic variation with high levels of analytic sensitivity and reproducibility, and variant interpretation by a multi-disciplinary team (MDT) in the context of the clinical phenotype. We have sequenced 2,390 index patients using the ThromboGenomics HTS panel test of diagnostic-grade genes known to harbour variants associated with rare bleeding, thrombotic or platelet disorders (BPD). The diagnostic rate was determined by the clinical phenotype, with an overall rate of 50.4% for all thrombotic, coagulation, platelet count and function disorder patients and a rate of 6.2% for patients with unexplained bleeding disorders characterized by normal hemostasis test results. The MDT classified 756 unique variants, including copy number and intronic variants, as Pathogenic, Likely Pathogenic or Variants of Uncertain Significance. Almost half (49.7%) of these variants are novel and 41 unique variants were identified in 7 genes recently found to be implicated in BPD. Inspection of canonical hemostasis pathways identified 29 patients with evidence of oligogenic inheritance. A molecular diagnosis has been reported for 897 index patients providing evidence that introducing a HTS genetic test for BPD patients is meeting an important unmet clinical need.