Topologically Associating Domains (TAD)-boundaries induce spatial constraints, allowing interaction between regulatory elements and promoters only within their TAD. Their disruption could lead to disease, through gene-expression deregulation. This mechanism has been shown in only a relatively low number of diseases and a relatively low proportion of patients, raising the possibility of TAD boundary disruption without phenotypical consequence. We investigated, therefore, the occurrence of TAD boundaries disruption in the general population. Coordinates of 307,430 benign deletions from public databases were crossed with 36 Hi-C datasets. Differences in gene content and gene localization were compared in the TADs, according to the possible disruption of their boundaries by a deletion found in the general population. TADs with no deletion encompassing their boundaries (R-TAD) represented 38% of TADs. Enrichment in OMIM genes as well as in morbid genes was observed in R-TADs and genes in R-TADs were found to localize closer to the boundaries. Our results support recent publications tempering the impact of breaking TADs on gene expression with a majority of broken TADs in the general population. A subgroup of R-TAD emerges from this analysis with enrichment in disease genes and their coordinates could be used to annotate CNV from pangenomic approaches to enhance data interpretation.

Pathogenic variants in the MED13L gene are associated with the autosomal dominant MED13L syndrome, which is characterised by global developmental delay and cardiac malformations. We investigated two heterozygous MED13L variants located at the canonical donor splice site motif of exon 7: c.1009+1G>C and c.1009+5G>C. We report that in silico predictions suggested two possible outcomes: exon 7 skipping, resulting in loss of the phosphodegron motif essential for MED13L regulation, or activation of a cryptic donor site in intron 7, leading to intron retention. RNA analysis confirmed that both variants affected the exon 7 splice donor site, resulting in the retention of 73 bp of intron 7. This retention caused a frameshift and premature translation termination, consistent with haploinsufficiency. Our results highlight the importance of combining predictive and experimental approaches to understand the functional impact of splice site variants. These insights into the molecular consequences of MED13L variants provide a deeper understanding of the genetic basis of MED13L syndrome.

A strategic research plan (SRP) serves as a compass for the patient advocacy organizations driving the therapeutic options for their rare disorder. The MED13L Foundation commissioned the SRP in 2022 through COMBINEDBrain, a consortium of patient advocacy organizations of rare neurodevelopmental disorders, working toward clinical trial readiness. The MED13L Foundation SRP is an objective evaluation of MED13L literature including clinical and basic science knowledge interwoven with an assessment of preclinical trial readiness tools necessary for achieving therapeutic interventions. Clinical evaluation is conducted through a review of the literature documenting symptoms and variant information for each individual with MED13L syndrome. Data is collated and presented as a summary, providing any unique genotype–phenotype, as applicable. Scientific literature is reviewed in the same manner, identifying areas of opportunity to expand knowledge of MED13L syndrome. Researchers and clinicians responsible for growing the understanding of MED13L syndrome are interviewed and information is shared to create an open and collaborative network. Preclinical trial readiness tools are largely framed through Food and Drug Administration guidelines for the development of therapeutics from bench to bedside. Finally, the Foundation infrastructure and community engagement are assessed providing areas of strengths and opportunities to elevate the bond formed to drive patient-centered research forward. Completed, this SRP becomes a living resource for the MED13L Foundation to set priorities, share with researchers and clinicians, and provide direction to reach their organizational goals, including therapies for their community affected by MED13L syndrome.