Abstract Soils of coniferous forest ecosystems are important for the global carbon cycle, and the identification of active microbial decomposers is essential for understanding organic matter transformation in these ecosystems. By the independent analysis of DNA and RNA, whole communities of bacteria and fungi and its active members were compared in topsoil of a Picea abies forest during a period of organic matter decomposition. Fungi quantitatively dominate the microbial community in the litter horizon, while the organic horizon shows comparable amount of fungal and bacterial biomasses. Active microbial populations obtained by RNA analysis exhibit similar diversity as DNA-derived populations, but significantly differ in the composition of microbial taxa. Several highly active taxa, especially fungal ones, show low abundance or even absence in the DNA pool. Bacteria and especially fungi are often distinctly associated with a particular soil horizon. Fungal communities are less even than bacterial ones and show higher relative abundances of dominant species. While dominant bacterial species are distributed across the studied ecosystem, distribution of dominant fungi is often spatially restricted as they are only recovered at some locations. The sequences of cbhI gene encoding for cellobiohydrolase (exocellulase), an essential enzyme for cellulose decomposition, were compared in soil metagenome and metatranscriptome and assigned to their producers. Litter horizon exhibits higher diversity and higher proportion of expressed sequences than organic horizon. Cellulose decomposition is mediated by highly diverse fungal populations largely distinct between soil horizons. The results indicate that low-abundance species make an important contribution to decomposition processes in soils.

Abstract Fungi are key players in vital ecosystem services, spanning carbon cycling, decomposition, symbiotic associations with cultural and wild plants and pathogenicity. The high importance of fungi in the ecosystem processes contrasts with the incompleteness of understanding of the patterns of fungal biogeography and the environmental factors that drive it. To close this gap of knowledge, we have here collected and validated data published on the composition of soil fungal communities in terrestrial environments including soil and plant-associated habitats and made them publicly accessible through a user interface at http://globalfungi.com . The GlobalFungi database contains over 650 million observations of fungal sequences across >20 000 samples with geographical locations and additional metadata contained in 207 original studies with millions of unique sequence variants of the fungal internal transcribed spacers (ITS) 1 and 2 representing fungal species and genera. As it is, the study represents the most comprehensive atlas of fungal distribution on the global scale open to further additions.

A chemical investigation of

Ambrosia fungi colonize freshly dead trees, sequester nutrients, and serve as nutritional source for ambrosia beetles in exchange for dispersal. A key aspect of this symbiosis is the ability of fungi to colonize and dominate the wood around the beetle tunnels, forming a monospecific nutritional mycelium in the beetle gallery. Hypotheses for these dynamics include active beetle management, fungal inoculation priority, and the fungus's chemical ecology facilitating resource capture and competition. The ecological role of allelochemicals produced by ambrosia fungi is unknown, although they may suppress microbes while being harmless to beetles, which has potential medical or food technology applications. This study presents a comprehensive analysis of secondary metabolites from the ambrosia fungus Geosmithia eupagioceri (Ascomycota: Hypocreales). Eight extracellular compounds were identified in vitro: 5-hydroxymethyl-2-furancarboxylic acid, 4-hydroxybenzoic acid, 2,3-dihydroxybenzoic acid, 3,4-dihydroxybenzoic acid, 4-hydroxyphenylacetic acid (4-HPA), 4-HPA methyl ester, tyrosol, and thymine. Most compounds show cross-taxon activity, suppressing the growth of bacteria, fungi, a nematode, and a mite. We have shown that often overlooked chemically simple compounds may have activities leading to increased fitness of beetle hosts, including previously unconsidered activity against mites and nematodes. For the first time, we point out that these compounds also have the previously unconsidered potential to modulate the physiology of their producer (by inducing symbiotic morphology by quorum sensing mechanisms), the beetle host and associated microbes through synergism. Furthermore, we have shown that the ambrosia fungi have biotechnological potential in the search for growth suppressors of microorganisms and invertebrates, not toxic to humans.

In this study, we assessed the phylogenetic relationships among members of Ceratostomella and the morphologically similar genus Xylomelasma , currently classified within the Sordariomycetes. Our phylogenetic analyses, utilising three and five gene markers, revealed that species from these two genera are congeneric, supporting the transfer of Xylomelasma to Ceratostomella . Consequently, we propose two new combinations: C. sordida comb. nov. and C. novae-zelandiae comb. nov. In addition, we identified two cryptic species within the C. sordida species complex, which are described as C. crypta sp. nov. and C. melanospora sp. nov. Traditional micromorphological characters have proven insufficient for differentiating these new species; however, they are clearly distinguishable by molecular data, particularly using the internal transcribed spacer region ITS1-5.8S-ITS2 (ITS) of the nuclear rRNA cistron, and genes encoding the second largest subunit of RNA polymerase II ( rpb2 ), and translation elongation factor 1-α ( tef1-α ) as primary and secondary barcodes. This study provides new insights into the morphological characteristics of Ceratostomella , identifying the ascogenous system as an important diagnostic trait at the generic level, which distinguishes Ceratostomella from morphologically similar fungi. Ceratostomella is currently recognised with eight species. We also investigated the relationship between Ceratostomella and the closely related Barbatosphaeria . The lack of statistical support in the Maximum likelihood analysis is discussed and the inclusion of Ceratostomella in Barbatosphaeriaceae is not supported. Ceratostomella is accepted as a genus incertae sedis , while Barbatosphaeriaceae remains a monotypic family. The global diversity of Ceratostomella is inferred from metabarcoding data and published field observations. Biogeographic analysis indicates that members of Ceratostomella are widespread, found in soil and decaying wood, as well as in air, dust, roots, shoots, and water across temperate, subtropical and tropical regions in both the Northern and Southern Hemispheres. We are concurrently publishing whole-genome analyses of three ex-type strains of Ceratostomella , i.e. C. crypta , C. melanospora and C. sordida . This effort aims to establish a new standard for high-quality taxonomic studies, which, in accordance with current trends, should incorporate whole-genome sequencing data for future research and application. Our findings underscore the importance of integrating morphological, biogeographic and molecular data for accurate species delineation and highlight the complexity within the genus Ceratostomella .