Abstract Spatial transcriptomics has transformed our ability to study tissue complexity. However, it remains challenging to accurately dissect tissue organization at single-cell resolution. Here we introduce scHolography, a machine learning-based method designed to reconstruct single-cell spatial neighborhoods and facilitate 3D tissue visualization using spatial and single-cell RNA sequencing data. scHolography employs a high-dimensional transcriptome-to-space projection that infers spatial relationships among cells, defining spatial neighborhoods and enhancing analyses of cell–cell communication. When applied to both human and mouse datasets, scHolography enables quantitative assessments of spatial cell neighborhoods, cell–cell interactions, and tumor-immune microenvironment. Together, scHolography offers a robust computational framework for elucidating 3D tissue organization and analyzing spatial dynamics at the cellular level.

Abstract Histone H4 lysine 16 acetylation (H4K16ac), governed by the histone acetyltransferase (HAT) MOF, orchestrates critical functions in gene expression regulation and chromatin interaction. However, how does MOF and H4K16ac control cellular function and regulate mammalian tissue development remains unclear. Furthermore, whether the function of MOF is mediated by MSL or NSL, two distinct MOF-containing HAT complexes, have not been determined during mammalian development. Here we show that conditional deletion of Mof but not Kansl1 , an essential component of the NSL complex, causes severe defects during murine skin development. In the absence of Mof and H4K16ac, basal epithelial progenitors of mammalian skin fail to establish the basement membrane and cell polarity, causing the failure of self-renewal. Furthermore, epidermal differentiation and hair growth are severely compromised, leading to barrier defects and perinatal lethality. Single-cell and bulk RNA-seq, in combination with MOF ChIP-seq, reveal that MOF regulated genes are highly enriched in mitochondria and cilia. Mechanistically, MOF coordinates with RFX2 transcription factor, which preferentially binds to gene promoters, to regulate ciliary and mitochondrial genes. Importantly, genetic deletion of Uqcrq , a nuclear-encoded, essential subunit for electron transport chain (ETC) Complex III, recapitulates the defects of epidermal differentiation and hair follicle growth observed in MOF cKO. Together, this study reveals the requirement of MOF-mediated epigenetic mechanism for mitochondria and cilia, and demonstrates the important function of the MOF/ETC axis for mammalian skin development.

Abstract Stiffness and actomyosin contractility are intrinsic mechanical properties of animal cells required for the shaping of tissues. However, whether tissue stem cells (SCs) and progenitors located within SC niche have different mechanical properties that govern their size and functions remains unclear. We show that hair follicle SCs in the bulge are stiff with high actomyosin contractility and resistant to size change, whereas hair germ (HG) progenitors are soft and periodically enlarge and contract during quiescence. During activation, HGs reduce contraction and more frequently enlarge, a process that is associated with weakening of the actomyosin network, nuclear YAP accumulation and cell cycle re-entry. Induction of miR-205, a novel regulator of the actomyosin cytoskeleton, reduces actin contractility, decreases the stiffness of the bulge and HG, and activates hair regeneration in young and old mice. This study reveals the control of tissue SC size and activities by spatiotemporally compartmentalized mechanical properties and demonstrates the possibility to stimulate tissue regeneration by fine-tuning cell mechanics.

Recent advances in spatial transcriptomics (ST) have allowed for the mapping of tissue heterogeneity, but this technique lacks the resolution to investigate gene expression patterns, cell-cell communications and tissue organization at the single-cell resolution. ST data contains a mixed transcriptome from multiple heterogeneous cells, and current methods predict two-dimensional (2D) coordinates for individual cells within a predetermined space, making it difficult to reconstruct and study three-dimensional (3D) tissue organization. Here we present a new computational method called scHolography that uses deep learning to map single-cell transcriptome data to 3D space. Unlike existing methods, which generate a projection between transcriptome data and 2D spatial coordinates, scHolography uses neural networks to create a high-dimensional transcriptome-to-space map that preserves the distance information between cells, allowing for the construction of a cell-cell proximity matrix beyond the 2D ST scaffold. Furthermore, the neighboring cell profile of a given cell type can be extracted to study spatial cell heterogeneity. We apply scHolography to human skin, human skin cancer and mouse brain datasets, providing new insights into gene expression patterns, cell-cell interactions and spatial microenvironment. Together, scHolography offers a computational solution for digitizing transcriptome and spatial information into high-dimensional data for neural network-based mapping and the reconstruction of 3D tissue organization at the single-cell resolution.

This study empirically investigates whether board internationalization enhances corporate ESG performance, using data from Chinese listed companies from 2012 to 2022. The findings indicate that the introduction of foreign directors significantly improves corporate ESG performance, a conclusion that holds robust after various checks and addressing endogeneity concerns. Further analysis reveals that the positive impact of board internationalization on ESG performance is stronger in samples with older average management age and in high-pollution enterprises. By using Chinese companies as an example, this research uncovers the relationship between board internationalization and ESG performance, offering empirical evidence on how emerging market companies can enhance ESG performance through global human resource management.

Accurate disclosure and proactive engagement in ESG practices are essential for achieving high-quality economic development, particularly as China addresses significant challenges during its reform journey. The Classified Reform of State-Owned Enterprises (CRSOE) is a strategic initiative by the Chinese government aimed at fostering this development. Our study leverages the implementation of the CRSOE as an exogenous shock, employing the difference-in-differences approach to assess the policy’s governance impact on ESG decoupling from the perspective of ownership heterogeneity. The policy was found to alleviate ESG decoupling, particularly pronounced among SOEs with special functions. The governance effect is achieved by reducing the aspiration–performance gap. Specifically, the policy effectively narrows the disparity between a company’s actual performance and the expected performance based on the industry average, thereby mitigating ESG decoupling. However, the policy’s impact can be weakened by factors such as political connections among executives and media attention. Furthermore, the CRSOE effectively addresses greenwashing practices within ESG decoupling, with a particularly strong effect on SOEs that fail to disclose ESG information in alignment with Global Reporting Initiative (GRI) standards. These findings highlight the importance of understanding the broader implications and underlying mechanisms of the policy. Therefore, building on the assessment of how the CRSOE policy impacts ESG decoupling, we also examine the mechanisms through which this policy operates and how its effectiveness varies under different conditions of heterogeneity. By extending the application of principal-agent theory and performance feedback theory, our research suggests that policymakers should prioritize market-driven reforms for fully competitive SOEs and promote a stronger emphasis on non-financial goals. Additionally, it is essential to mitigate the undue influence of political promotions on the management of all SOEs.