ABSTRACT Mutualistic interactions with the commensal microbiota are enforced through a range of immune responses that confer metabolic benefits for the host and ensure tissue health and homeostasis. Immunoglobulin (Ig)A responses directly determine the composition of commensal species that colonize the intestinal tract but require significant metabolic resources to fuel antibody production by tissue-resident plasma cells. Here we demonstrate IgA responses are subject to diurnal regulation by dietary-derived metabolic cues and a cell-intrinsic circadian clock. Rhythmicity in IgA secretion conferred oscillatory patterns on the commensal microbial community and its associated metabolic activity, resulting in changes to metabolite availability over the course of the circadian day. Our findings suggest circadian networks comprising intestinal IgA, the diet and the microbiota align to ensure metabolic health. One-Sentence Summary We demonstrate diurnal rhythms in intestinal IgA act to cross-regulate oscillations in the abundance of commensal microbes to foster mutualism.

Abstract Group 3 innate lymphoid cells (ILC3) are potent effector cells with critical roles in enforcing immunity, barrier integrity and tissue homeostasis along the gastrointestinal tract. ILC3 are considered to be primarily tissue-resident cells, seeding the gastrointestinal tract during embryonic stages. However, the mechanisms through which ILC3 are maintained within these tissues are poorly understood. Here, we report that ILC3 are minimally replenished from bone marrow precursors in healthy adult mice, persist in the tissue for extended periods of time in the gut, and display a quiescent phenotype. Strikingly, despite robustly producing cytokines, LTi-like ILC3 remain non-proliferative during enteric bacterial infection. Survival of LTi-like ILC3 was found to be dependent upon the balance of the metabolic activity required to drive effector function and anti-apoptotic programs. Notably, the pro-survival protein Bcl-2 was required for the survival of LTi-like ILC3 but was rendered partially dispensable if mitochondrial respiration was inhibited. Together we demonstrate LTi-like ILC3 are a quiescent-like population that persists independently of haematopoietic replenishment to survive within the tissue microenvironment.