We present a comprehensive phylogeny derived from 5 genes, nucSSU, nucLSU rDNA, TEF1, RPB1 and RPB2, for 356 isolates and 41 families (six newly described in this volume) in Dothideomycetes.All currently accepted orders in the class are represented for the first time in addition to numerous previously unplaced lineages.Subclass Pleosporomycetidae is expanded to include the aquatic order Jahnulales.An ancestral reconstruction of basic nutritional modes supports numerous transitions from saprobic life histories to plant associated and lichenised modes and a transition from terrestrial to aquatic habitats are confirmed.Finally, a genomic comparison of 6 dothideomycete genomes with other fungi finds a high level of unique protein associated with the class, supporting its delineation as a separate taxon.

The ending of dual nomenclatural systems for pleomorphic fungi in 2011 requires the reconciliation of competing names, ideally linked through culture based or molecular methods. The phylogenetic systematics of Hypocreales and its many genera have received extensive study in the last two decades, however resolution of competing names in Cordycipitaceae has not yet been addressed. Here we present a molecular phylogenetic investigation of Cordycipitaceae that enables identification of competing names in this family, and provides the basis upon which these names can be maintained or suppressed. The taxonomy presented here seeks to harmonize competing names by principles of priority, recognition of monophyletic groups, and the practical usage of affected taxa. In total, we propose maintaining nine generic names, Akanthomyces, Ascopolyporus, Beauveria, Cordyceps, Engyodontium, Gibellula, Hyperdermium, Parengyodontium, and Simplicillium and the rejection of eight generic names, Evlachovaea, Granulomanus, Isaria, Lecanicillium, Microhilum, Phytocordyceps, Synsterigmatocystis, and Torrubiella. Two new generic names, Hevansia and Blackwellomyces, and a new species, Beauveria blattidicola, are described. New combinations are also proposed in the genera Akanthomyces, Beauveria, Blackwellomyces, and Hevansia.

Abstract Host-microbe interactions are increasingly recognized as important drivers of organismal health, growth, longevity, and community-scale ecological processes. However, less is known about how genetic variation affects hosts’ associated microbiomes and downstream phenotypes. We demonstrate that sunflower ( Helianthus annuus ) harbors substantial, heritable variation in microbial communities under field conditions. We show that microbial communities explain up to 77.5% of the heritable variation in resistance to root infection caused by the necrotrophic pathogen Sclerotinia sclerotiorum , and that plants grown in sterilized soil showed almost complete elimination of pathogen resistance. Association mapping revealed 69 genetic locations related to microbial abundance and Sclerotinia resistance. Although the genetic architecture is complex and quantitative, we have, in large part, elucidated previously unexplained genetic variation for resistance to this pathogen. This suggests new targets for plant breeding and demonstrates the potential for heritable microbial associations to play important roles in defense in natural and human-altered environments.

ABSTRACT Emerging fungal pathogens commonly originate from benign or non-pathogenic strains living in the natural environment. Assessing the evolutionary relationships between pathogenic and non-pathogenic species is one approach for tracing the origins of pathogenicity across species. The recently emerged human pathogen, Candida auris belongs to the Candida/Clavispora clade, a diverse group of 45 yeast species including human pathogens and environmental saprobes. C. auris is believed to have originated in the environment and recently transitioned to a human pathogen. We present a phylogenomic analysis of this clade aimed at testing for patterns implicated in the emergence of pathogenicity using an expanded sample of non-pathogenic strains and species. To build a robust framework for investigating these relationships, we developed a whole-genome sequence dataset of 108 isolates representing 18 species, including 4 newly sequenced species and 18 environmentally isolated strains. Our phylogeny, based on 619 orthologous genes, shows environmentally isolated species and strains interspersed with clinically isolated counterparts, rejecting the hypothesis of a single origin of pathogenicity within the lineage containing C. auris and its closest relatives. Our findings highlight the breadth of environments these yeasts inhabit, and imply, concerningly, that known pathogens could just as easily live outside the human body in diverse natural environments. Based on this result, we suggest that surveillance aimed at detecting emerging pathogens should expand to related environmentally-derived fungi with pathogenic potential. AUTHOR SUMMARY The rapid rise in the number of fungal pathogens over the past few decades has been linked to climate change, globalization, intensive farming practices, and an increase in immunocompromised individuals. Candida auris is an example of a recently emerged fungal pathogen capable of causing severe disease and large outbreaks in vulnerable patient populations. The evolutionary origins of C. auris are poorly understood, however, they are essential to understanding how and when this pathogen emerged. In this study, we investigated relationships between a sample of pathogenic and non-pathogenic strains and species in the Candida/Clavispora clade, a group of 45 yeast species including human pathogens (including C. auris ) and environmental saprobes. We used these relationships to test for patterns that might support differing pathogen emergence hypotheses. We found that the relationships between pathogens and non-pathogens suggest many transitions between humans and other environments, rather than a single origin of pathogenicity. It seems plausible that these pathogens, often found in harsh environmental conditions such as seawater, already possessed traits that make them suitable human pathogens, which are perpetuated by increased at-risk patient populations. We should, therefore, be vigilant in our surveillance for clinical isolation of yeasts belonging to this clade from humans.