Making Connections Genetic interaction profiles highlight cross-connections between bioprocesses, providing a global view of cellular pleiotropy, and enable the prediction of genetic network hubs. Costanzo et al. (p. 425 ) performed a pairwise fitness screen covering approximately one-third of all potential genetic interactions in yeast, examining 5.4 million gene-gene pairs and generating quantitative profiles for ∼75% of the genome. Of the pairwise interactions tested, about 3% of the genes investigated interact under the conditions tested. On the basis of these data, a reference map for the yeast genetic network was created.

Trigenic interactions in yeast link bioprocesses To dissect the genotype-phenotype landscape of a cell, it is necessary to understand interactions between genes. Building on the digenic protein-protein interaction network, Kuzmin et al. created a trigenic landscape of yeast by using a synthetic genetic array (see the Perspective by Walhout). Triple-mutant analyses indicated that the majority of genes with trigenic associations functioned within the same biological processes. These converged on networks identified in the digenic interaction landscape. Although the overall effects were weaker for trigenic than for digenic interactions, trigenic interactions were more likely to bridge biological processes in the cell. Science , this issue p. eaao1729 ; see also p. 269

Endocytosis is a conserved process that mediates the internalization of nutrients and plasma membrane components, including receptors, for sorting to endosomes and the vacuole (lysosome). We combined systematic yeast genetics, high-content screening, and neural network-based image analysis of single cells to screen for genes that influence the morphology of four main endocytic compartments: coat proteins, actin patches, late endosome, and vacuole. This unbiased approach identified 17 mutant phenotypes and ~1600 genes whose perturbation affected at least one of the four compartments. Numerous mutants were associated with multiple phenotypes, indicating that morphological pleiotropy is often seen within the endocytic pathway. Morphological profiles based on the 17 aberrant phenotypes were highly correlated for functionally related genes, enabling prediction of gene function. Incomplete penetrance was prevalent, and single-cell analysis enabled exploration of the mechanisms underlying cellular heterogeneity, which include replicative age, organelle inheritance, and stress response.

Ribosome assembly requires precise coordination between the production and assembly of ribosomal components. Mutations in ribosomal proteins that inhibit the assembly process or ribosome function are often associated with ribosomopathies, some of which are linked to defects in proteostasis. In this study, we examine the interplay between several yeast proteostasis enzymes, including deubiquitylases (DUBs) Ubp2 and Ubp14, and E3 ligases Ufd4 and Hul5, and we explore their roles in the regulation of the cellular levels of K29-linked unanchored polyubiquitin (polyUb) chains. Accumulating K29-linked unanchored polyUb chains associate with maturing ribosomes to disrupt their assembly, activate the ribosome assembly stress response (RASTR), and lead to the sequestration of ribosomal proteins at the intranuclear quality control compartment (INQ). These findings reveal the physiological relevance of INQ and provide insights into mechanisms of cellular toxicity associated with ribosomopathies.

Ribosome assembly requires precise coordination between the production and assembly of ribosomal components. Mutations in ribosomal proteins that inhibit the assembly process or ribosome function are often associated with Ribosomopathies, some of which are linked to defects in proteostasis. In this study, we examine the interplay between several yeast proteostasis enzymes, including deubiquitylases (DUBs), Ubp2 and Ubp14, and E3 ligases, Ufd4 and Hul5, and we explore their roles in the regulation of the cellular levels of K29-linked unanchored polyubiquitin (polyUb) chains. Accumulating K29-linked unanchored polyUb chains associate with maturing ribosomes to disrupt their assembly, activate the Ribosome assembly stress response (RASTR), and lead to the sequestration of ribosomal proteins at the Intranuclear Quality control compartment (INQ). These findings reveal the physiological relevance of INQ and provide insights into mechanisms of cellular toxicity associated with Ribosomopathies.