XW
Xingkun Wu
Author with expertise in Recombinant Protein Production in Mammalian and Insect Cells
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(33% Open Access)
Cited by:
5
h-index:
9
/
i10-index:
9
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Molecular characterization of baculovirus-induced chromatin marginalization and architectural alteration

Xiangshuo Kong et al.Jul 17, 2023
Abstract To facilitate rapid replication and assembly of progeny, baculovirus is known to manipulate the host nuclear microenvironment by inducing chromatin changes in localization and architecture. However, the molecular mechanisms underlying these changes remain unknown. Here, we revealed that the nuclear lamina (NL) protein Lamin A/C interacts with the heterochromatin protein 1 alpha (HP1a) and identified the middle region of HP1a as critical for this interaction. Suppression of Lamin A/C and HP1a expression resulted in a significant inhibition of chromatin marginalization mediated by baculovirus infection. Moreover, the heterochromatin modification H3K9me3, which is recognized and bound by HP1a, also participated in the process of chromatin marginalization. Our live-cell imaging and quantitative analysis unveiled a passive function of marginal chromatin, which involves the formation of a physical barrier that impedes the nuclear egress of the nucleocapsids. Furthermore, baculovirus-induced nuclear F-actin altered the steady-state of intranuclear actin pool, thus regulating the nucleosome disassembly. Overall, our findings illustrate the molecular mechanisms dictating chromatin marginalization and structural alterations during baculovirus infection, shedding new light on the potential function of marginalized chromatin in the origin of its biphasic life cycle. Author Summary In our previous study, we illustrated the organization and accessibility of chromatin marginalized by baculovirus infection through a combination of ATAC-seq and biochemical assays. Here, we further dissect the molecular mechanism underlying the baculovirus infection induced chromatin marginalization and disassembly. Specifically, baculovirus utilizes the Lamin A/C-HP1a-H3K9me3 axis to mediate chromatin marginalization at the nuclear periphery. When the interaction between Lamin A/C and HP1a is disrupted, the marginalization of chromatin is also affected. Furthermore, our single-virion tracking results indicate that the marginalized chromatin forms a physical barrier, impeding the nuclear export of nucleocapsids at the very late stage of infection. For the changes in chromatin architecture, we propose a model in which baculovirus infection induced nuclear F-actin compromises the dynamics of nuclear actin pool, which in turn promotes chromatin disassembly. Taken together, we provide a comprehensive understanding of molecular mechanism of baculovirus infection induced changes in chromatin localization and organization, which lay the foundation for studies on how DNA viruses manipulate the nuclear microenvironment.
0

Quantitative Assessment System for Placental Gross Examination with Precise Localization of Umbilical Cord Insertion Point

Yiming Liu et al.Nov 29, 2024
Abstract A quantitative assessment for measuring the placenta during gross examination is a crucial step in evaluating the health status of both the mother and the fetus. However, in the current clinical practice, time-consuming and observer variant drawbacks are caused due to manual measurement and subjective determination of placental characteristics. Therefore, we propose a quantitative assessment system for placenta gross examination to efficiently and accurately measuring placental characteristics according to Amsterdam Consensus, including weight and thickness of placenta, length and width of placental disc, length and diameter of umbilical cord, distance from umbilical cord insertion point to placental edges, etc. The proposed system consists of (1) an instrument designed for standard acquisition of image, weight, and thickness of placenta and (2) an algorithm for quantitative morphological assessment based on precise segmentation of placental disc and umbilical cord and localization of umbilical cord insertion point. Considering the complexity of spatial distribution and ambiguous texture of umbilical cord insertion point, we design Umbilical Cord Insertion Point Candidate Generator to provide reliable umbilical cord insertion point location by employing prior structural knowledge of umbilical cord. Therefore, we integrate the Umbilical Cord Insertion Point Candidate Generator with a Base Detector to ensure umbilical cord insertion point is provided when the Base Detector fails to generate high-scoring candidate points. Experimental results on our self-collected placenta dataset demonstrate the effectiveness of our proposed algorithm. The measurements of placental morphological assessment are calculated based on segmentation and localization results. Our proposed quantitative assessment system, along with its associated instrument and algorithm, can automatically extract numerical measurements to boost the standardization and efficiency of placental gross examination.