Abstract Mitochondria play a crucial role in numerous biological processes; however, limited methods and research have focused on revealing mitochondrial heterogeneity at the single‐cell level. In this study, we optimized the DNBelab C4 single‐cell ATAC (assay for transposase‐accessible chromatin) sequencing workflow for single‐cell mitochondrial sequencing (C4_mtscATAC‐seq). We validated the effectiveness of our C4_mtscATAC‐seq protocol by sequencing the HEK‐293T cell line with two biological replicates, successfully capturing both mitochondrial content (~68% of total sequencing data) and open chromatin status simultaneously. Subsequently, we applied C4_mtscATAC‐seq to investigate two mouse tissues, spleen and bone marrow, obtained from two mice aged 2 months and two mice aged 23 months. Our findings revealed higher mitochondrial DNA (mtDNA) content in young tissues compared to more variable mitochondrial content in aged tissues, consistent with higher activity scores of nuclear genes associated with mitochondrial replication and transcription in young tissues. We detected a total of 22, 15, and 21 mtDNA mutations in the young spleen, aged spleen, and bone marrow, respectively, with most variant allele frequencies (VAF) below 1%. Moreover, we observed a higher number of mtDNA mutations with higher VAF in aged tissues compared to young tissues. Importantly, we identified three mtDNA variations (m.9821A>T, m.15219T>C, and m.15984C>T) with the highest VAF in both aged spleen and aged bone marrow. By comparing cells with and without these mtDNA variations, we analyzed differential open chromatin status to identify potential genes associated with these mtDNA variations, including transcription factors such as KLF15 and NRF1 . Our study presents an alternative single‐cell mitochondrial sequencing method and provides crude insights into age‐related single‐cell mitochondrial variations.

Abstract Circadian clocks are endogenous timekeeping mechanisms that coordinate internal physiological responses with the external environment. EARLY FLOWERING3 (ELF3), PSEUDO RESPONSE REGULATOR (PRR9), and PRR7 are essential components of the plant circadian clock and facilitate entrainment of the clock to internal and external stimuli. Previous studies have highlighted a critical role for ELF3 in repressing the expression of PRR9 and PRR7 . However, the functional significance of activity in regulating circadian clock dynamics and plant development is unknown. To explore this regulatory dynamic further, we firstly employed mathematical modelling to simulate the effect of the prr9/prr7 mutation on the elf3 circadian phenotype. These simulations suggested that simultaneous mutations in prr9/prr7 could rescue the elf3 circadian arrythmia. Following these simulations, we generated all Arabidopsis elf3/prr9/prr7 mutant combinations and investigated their circadian and developmental phenotypes. Although these assays could not replicate the results from the mathematical modelling, our results have revealed a complex epistatic relationship between ELF3 and PRR9/7 in regulating different aspects of plant development. ELF3 was essential for hypocotyl development under ambient and warm temperatures, while PRR9 was critical for root thermomorphogenesis. Finally, mutations in prr9 and prr7 rescued the photoperiod insensitive flowering phenotype of the elf3 mutant. Together, our results highlight the importance of investigating the genetic relationship amongst plant circadian genes.

Warburgia ugandensis and Saururus chinensis are two of the most important medicinal plants in magnoliids and are widely utilized in traditional Kenya and Chinese medicine, respectively. The absence of higher-quality reference genomes has hindered research on the medicinal compound biosynthesis mechanisms of these plants. We report the chromosome-level genome assemblies of W. ugandensis and S. chinensis , and generated 1.13 Gb and 0.53 Gb genomes from 74 and 27 scaffolds, respectively, using BGI-DIPSEQ, Nanopore, and Hi-C sequencing. The scaffold N50 lengths were 82.97 Mb and 48.53 Mb, and the assemblies were anchored to 14 and 11 chromosomes of W. ugandensis and S. chinensis , respectively. In total, 24,739 and 20,561 genes were annotated, and 98.5% and 98% of the BUSCO genes were fully represented, respectively. The chromosome-level genomes of W. ugandensis and S. chinensis will be valuable resources for understanding the genetics of these medicinal plants, studying the evolution of magnoliids and angiosperms and conserving plant genetic resources.

Investigation of the protein corona of nanoscale metal–organic frameworks (NMOFs) is crucial for their safety assessment; however, it remains inadequately addressed. This study specifically focused on the impact of the bridging linker on the protein corona formation of NMOFs by utilizing nanoscale UiO66/UiO66-NH2 and human serum albumin (HSA) as models. Both UiO66 and UiO66-NH2 effectively quenched the endogenous fluorescence of HSA through a static quenching mechanism. Notably, UiO66 with higher hydrophobicity exhibited a stronger binding affinity (5.62 × 104 L·mol–1) with HSA than the UiO66-NH2–HSA system (2.51 × 104 L·mol–1) at 310 K. UiO66 also adsorbed a greater amount of HSA, induced conformational rearrangement in HSA to a greater extent, and finally led to a significant reduction in the protein surface hydrophobicity. Computer docking and molecular dynamics (MD) simulations further confirmed that HSA demonstrated a higher binding energy, lower total energy, and smaller solvent-accessible surface area when interacting with the bridging linker of UiO66. Moreover, although UiO66 displayed lower cytotoxicity toward 293T cells, UiO66-NH2 exhibited better blood compatibility as evidenced by the elevated values of activated partial thromboplastin time (APTT, 28–57 s) and prothrombin time (PT, 11.7–13.1 s).