FZ
Fabio Zanzotto
Author with expertise in Statistical Machine Translation and Natural Language Processing
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
8
(63% Open Access)
Cited by:
203
h-index:
27
/
i10-index:
58
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Microenvironment of metastatic site reveals key predictors of PD-1 blockade response in renal cell carcinoma

Florian Jeanneret et al.Jul 19, 2023
Immune checkpoint blockade (ICB) therapies have improved the overall survival (OS) of many patients with advanced cancers. However, the response rate to ICB varies widely among patients, exposing non-responders to potentially severe immune-related adverse events. The discovery of new biomarkers to identify patients responding to ICB is now a critical need in the clinic. We therefore investigated the tumor microenvironment (TME) of advanced clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) samples from primary and metastatic sites to identify molecular and cellular markers of response to ICB. We revealed a significant discrepancy in treatment response between subgroups based on cell fractions inferred from metastatic sites. One of the subgroups was enriched in non-responders and harbored a lower fraction of CD8+ T cells and plasma cells, as well as a decreased expression of immunoglobulin genes. In addition, we developed the Tumor-Immunity Differential (TID) score which combines features from tumor cells and the TME to accurately predict response to anti-PD-1 immunotherapy (AUC-ROC=0.88, log-rank tests for PFS P < 0.0001, OS P = 0.01). Finally, we also defined TID-related genes (YWHAE, CXCR6 and BTF3), among which YWHAE was validated as a robust predictive marker of ICB response in independent cohorts of pre- or on-treatment biopsies of melanoma and lung cancers. Overall, these results provide a rationale to further explore variations in the cell composition of metastatic sites, and underlying gene signatures, to predict patient response to ICB treatments.
0

Evaluating Explainable Machine Learning Models for Clinicians

Noemi Scarpato et al.May 31, 2024
Abstract Gaining clinicians’ trust will unleash the full potential of artificial intelligence (AI) in medicine, and explaining AI decisions is seen as the way to build trustworthy systems. However, explainable artificial intelligence (XAI) methods in medicine often lack a proper evaluation. In this paper, we present our evaluation methodology for XAI methods using forward simulatability. We define the Forward Simulatability Score (FSS) and analyze its limitations in the context of clinical predictors. Then, we applied FSS to our XAI approach defined over an ML-RO, a machine learning clinical predictor based on random optimization over a multiple kernel support vector machine (SVM) algorithm. To Compare FSS values before and after the explanation phase, we test our evaluation methodology for XAI methods on three clinical datasets, namely breast cancer, VTE, and migraine. The ML-RO system is a good model on which to test our XAI evaluation strategy based on the FSS. Indeed, ML-RO outperforms two other base models—a decision tree (DT) and a plain SVM—in the three datasets and gives the possibility of defining different XAI models: TOPK, MIGF, and F4G. The FSS evaluation score suggests that the explanation method F4G for the ML-RO is the most effective in two datasets out of the three tested, and it shows the limits of the learned model for one dataset. Our study aims to introduce a standard practice for evaluating XAI methods in medicine. By establishing a rigorous evaluation framework, we seek to provide healthcare professionals with reliable tools for assessing the performance of XAI methods to enhance the adoption of AI systems in clinical practice.