Purposive sampling has a long developmental history and there are as many views that it is simple and straightforward as there are about its complexity. The reason for purposive sampling is the better matching of the sample to the aims and objectives of the research, thus improving the rigour of the study and trustworthiness of the data and results. Four aspects to this concept have previously been described: credibility, transferability, dependability and confirmability.The aim of this paper is to outline the nature and intent of purposive sampling, presenting three different case studies as examples of its application in different contexts.Presenting individual case studies has highlighted how purposive sampling can be integrated into varying contexts dependent on study design. The sampling strategies clearly situate each study in terms of trustworthiness for data collection and analysis. The selected approach to purposive sampling used in each case aligns to the research methodology, aims and objectives, thus addressing each of the aspects of rigour.Making explicit the approach used for participant sampling provides improved methodological rigour as judged by the four aspects of trustworthiness. The cases presented provide a guide for novice researchers of how rigour may be addressed in qualitative research.

The Open Targets Platform (https://platform.opentargets.org/) is an open source resource to systematically assist drug target identification and prioritisation using publicly available data. Since our last update, we have reimagined, redesigned, and rebuilt the Platform in order to streamline data integration and harmonisation, expand the ways in which users can explore the data, and improve the user experience. The gene-disease causal evidence has been enhanced and expanded to better capture disease causality across rare, common, and somatic diseases. For target and drug annotations, we have incorporated new features that help assess target safety and tractability, including genetic constraint, PROTACtability assessments, and AlphaFold structure predictions. We have also introduced new machine learning applications for knowledge extraction from the published literature, clinical trial information, and drug labels. The new technologies and frameworks introduced since the last update will ease the introduction of new features and the creation of separate instances of the Platform adapted to user requirements. Our new Community forum, expanded training materials, and outreach programme support our users in a range of use cases.

10513 Background: Genetic testing for hereditary cancer syndromes has diagnostic, prognostic and therapeutic implications; however, variant(s) of uncertain significance (VUS) are not clinically actionable. As such, VUS are a challenge to the entire medical community. Additionally, individuals from underrepresented race, ethnicity, and ancestry (REA) groups are disproportionately impacted by VUS. This study reports on the prevalence of VUS in patients referred for genetic testing for hereditary cancer syndromes and the results of reclassification. Methods: Patients were referred for diagnostic multigene panel testing for hereditary cancer from September 2014 to September 2022. Variants were classified as benign (B), likely benign (LB), VUS, likely pathogenic (LP), or pathogenic (P) using Sherloc, a validated system based on guidelines from ACMG/AMP. Both the number of unique VUS (uVUS) and the number of times they were observed in individuals (oVUS) were counted. All-time uVUS were separated as being reclassified and non-reclassified, and the relative contribution of evidence types used for reclassification was analyzed. Results: During this 8-year period, 1,122,444 unrelated individuals were tested for hereditary cancer with a mean number of 53 genes tested per individual. Results showed a mean of 0.45 oVUS per individual; 30.6% of individuals without a P/LP variant had at least 1 oVUS. The rate of oVUS normalized to the number of genes tested was highest in French Canadian and lowest in Ashkenazi Jewish individuals, as the mean number of genes sequenced to observe one VUS was 39.8 and 59.4, respectively. White individuals had a lower oVUS rate of 31.4% than Sephardic Jewish (53.8%), Asian (48.3%), Black (40.5%), Hispanic (37.6%), and additional underrepresented REA groups. In total, 7,542 (7.3%) of 103,767 uVUS were reclassified, affecting 88,877 individuals (7.9%); 5,864 (77.8%) of the reclassified uVUS were downgraded to B/LB, and 1,678 (22.2%) were upgraded to LP/P. Evidence from clinical observation contributed the most for upgrading uVUS (16.0-fold compared to non-reclassified uVUS), while evidence from experimental studies contributed the most to downgrading uVUS (23.9-fold). Conclusions: Experimental studies and clinical evidence were the most impactful types of evidence for reclassifications. This highlights the partnership among researchers, clinicians, and laboratories to resolve VUS. Further representation of diverse REA groups in genomic databases is needed to address the disparities in VUS rates, and additional research is needed into methods that could expedite the resolution of VUS so that patients can make more informed decisions.

Abstract Purpose The aim of this work is to assess the feasibility of novel targeted methods for fresh tissue procurement that facilitate accurate identification of lesion location and tissue sample extraction in an excised prostate gland, while minimizing the tissue deformation or damage. Methods and Results Proposed fresh tissue procurement methods are based on utilizing a custom 3D printed patient-specific prostate mold. In the semi-freehand method, the access cut is guided by a set of markers on the bottom of the mold that define the boundary of a lesion in two orthogonal directions. The procurement site is identified by palpation. In the guided cut with-locator card method the procurement sites are identified by a cutout in the locator cards inserted into the access cuts. The two approaches were utilized to procure >50 samples. In the biopsy needle method guiding channels were designed into the prostate mold to procure fresh tissue. This method was used 4 times. Finally, a mixed-reality biopsy needle method was developed for phantom testing. Conclusions Preliminary results of fresh tissue procurement utilizing novel methods showed improve precision of obtaining cancerous fresh tissue for molecular and genomic cancer research compared to current methods which rely on surgical estimation of lesion location.

10579 Background: Management of breast cancer (BC) patients with pathogenic germline variants (PGVs) can include risk-reducing bilateral mastectomy (BLM), PARP inhibitors (PARPi), enhanced breast imaging (MRI/tomosynthesis), risk-reducing salpingo-oophorectomy (RRSO) and pancreatic cancer surveillance (endoscopic ultrasound, EUS/MR cholangiopancreatography, MRCP). We assessed intervention uptake in >1,400 PGV-positive BC patients. Methods: Germline genetic testing (GGT) data (Invitae Corp.) and insurance claims data (Komodo Healthcare Map) were assembled for female patients with BC or DCIS diagnosed 2015-23, GGT <120 days from diagnosis, and >1 year of claims post-GGT. Inclusion/exclusion criteria followed prior work (PMID 32027353). Genes analyzed were those conferring high (>50%; BRCA1, BRCA2, CDH1, PALB2, PTEN, STK11, TP53) or moderate (20-50%; ATM, BARD1, CHEK2, NF1, RAD51C, RAD51D) BC risk. Multivariable logistic regression models of intervention use included PGV risk, race/ethnicity, age, family cancer history, local metastasis, type of insurance, geographic region and time from diagnosis to GGT. Chi-square tests were used to compare intervention uptake rates by PGV risk (Table). Results: 1,432 patients had >1 PGV in a high- (51%) or moderate-risk (49%) gene: 68% White, 32% lymph node involvement, 69% BC family history, 28% Medicare/Medicaid, mean (SD) age at testing: 51 (12) and mean (SD) days from diagnosis to GGT: 40 (26). The intervention with the highest uptake was BLM (60% in all PGV carriers). BLM, RRSO, and PARPi were significantly more frequent in high- vs. moderate-risk PGV carriers. In the multivariable model, patients with BLM uptake were younger (odds ratio, OR 0.9, 95% confidence interval, CI 0.9-1), more often had family cancer history reported (OR 2, 95% CI 1-3) and had high-risk PGV (OR 5, 95% CI 3-7). Patients with RRSO uptake had higher odds of pancreatic (OR 2, 95% CI 1-2) or ovarian (OR 2, 95% CI 1-3) cancer family history and high-risk PGV (OR 6, 95% CI 4-8) and lower odds of Medicare (OR 0.4, 95% CI 0.2-0.8). Conclusions: Overall, the uptake of interventions was higher in patients with high- compared to moderate-risk PGV. More research, however, is needed on the shared decision-making process, as uptake of BLM was relatively high in those with moderate-risk PGV, and uptake of surveillance measures was relatively low.[Table: see text]

5102 Background: Identification of pathogenic germline variants (PGV) in patients (pts) with prostate cancer (PC) enables precision therapy and cascade testing. Equitable advances in precision PC management require more detailed understanding of gene-level associations. Herein we describe PC gene-specific demography in a large cohort of PC pts. Methods: Germline genetic testing (GGT) (Invitae Corp.) and insurance claims (Komodo Healthcare Map) data were linked for PC pts from 2015-2023. ICD/CPT codes were used to define PC personal and family history and disease stage (early-stage = codes for active surveillance or definitive local treatment; advanced = remaining pts). PC genes analyzed were those in NCCN PC guidelines with >100 PGV+ pts: ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, HOXB13 and mismatch repair (MMR) genes ( EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). Two sample t-tests were used for age and chi-square tests were used for other variables, with a Bonferroni correction for post hoc analysis. Results: 14,979 pts had GGT: 68% with advanced disease (enriched for BRCA2) and 32% with early-stage. Mean diagnosis age was 64, and significantly younger for ATM/ BRCA2/ HOXB13+ pts (p<0.04) (Table). BRCA2was the most common PGV but was not enriched in any clinician-reported race/ethnicity. CHEK2/MMR+ pts were more likely to be White ( post hoc p<0.001). The Midwest had the highest frequency of PGV (12%). A lower proportion of CHEK2+ pts resided in the South ( post hoc p<0.001). 26% of PGV+ pts had documented PC family history, which was significantly associated with BRCA2/HOXB13, and negatively correlated with MMR (p<0.02 for both). Conclusions: In this cohort of ~15,000 PC pts, gene-specific associations were detected that warrant further study. Three-quarters of pts with PGV had no claims for family PC history, highlighting the importance of GGT in all pts meeting criteria, independent of family history. Further analysis of linked data will assess real-world treatment decisions and outcomes by GGT result. [Table: see text]

10578 Background: Gastric cancer (GC) is the fourth leading cause of cancer-related deaths worldwide. The role of pathogenic/likely pathogenic variants (PVs) in cancer predisposition genes is not well understood. We aimed to assess the prevalence of PVs in GC patients undergoing germline genetic testing (GGT) via multi-gene panel testing (MGPT) at a large commercial laboratory. Methods: Retrospective review of MGPT (>10 genes) in GC patients at a large commercial laboratory (Invitae Corp.) from March 2015 to July 2023 was performed. GC included diffuse type, intestinal type or unspecified type, as provided by ordering clinicians. Association of patient characteristics with positive GGT results was assessed with logistic regression with a significance threshold of p < 0.05. Results: 3,706 GC patients underwent GGT(Table). Overall, 495 (13.4%) patients were found to carry ≥1 PV, including 29 patients with 2 PVs and 3 patients with 3 PVs. GGT was negative in 1,890 (51.0%) patients, 1,199 (32.4%) had a variant of uncertain significance-only and 121 (3.3%) carried a single PV in a gene associated with autosomal recessive inheritance. PVs were identified in 38 genes; 77.7% (385/495) were in a gene previously associated with GC, primarily the homologous recombination repair genes ( BRCA1, BRCA2, PALB2and ATM, 34.9%), the Hereditary Diffuse Gastric Cancer genes ( CDH1and CTNNA1, 19.6%) and mismatch repair genes ( MLH1, MSH2, MSH6, PMS2and EPCAM, 17.4%). Males were more likely to carry a PV than females (OR 1.4, 95% CI 1.1-1.7) and having a personal history of another cancer increased the odds of carrying a PV (OR 1.3, 95% CI 1.0-1.7). Age, number of genes tested and histology were not significantly associated with PV. Conclusions: In this large study of GGT in GC patients, the prevalence of PVs in cancer associated genes was 13.4%, higher than previous estimates of 3-5%. PVs were predominantly in genes associated with GC. Male sex and history of other cancers were associated with a PV. Limitations include incomplete histologic data, varying panel size, and ascertainment bias as patients may have had additional personal/family history that prompted GGT. These results support consideration of GGT in all GC patients as prevalence of PVs is similar to other cancer types for which guidelines recommend universal genetic testing.[Table: see text]

10512 Background: Receipt of variant of uncertain significance (VUS) results from germline genetic testing (GGT) is common, but should not influence treatment or surveillance interventions. We examined treatment and surveillance uptake among breast (BC) patients (pts) undergoing GGT. Methods: GGT (Invitae Corporation) and insurance claims (Komodo Healthcare Map) data were assembled for female pts with ICD code(s) for BC or DCIS from 2015-2023, GGT <120 days post-diagnosis (dx) and >1 year of claims pre- and post-GGT. Inclusion/exclusion criteria followed prior work (PMID 32027353). Genes analyzed for VUS and positive (>1 pathogenic germline variant, PGV) results were those with high ( > 50%; BRCA1/ 2, CDH1, PALB2, PTEN, TP53) or moderate (20-50%; ATM, BARD1, CHEK2, NF1, STK11, RAD51C/D) BC risk. Multivariable logistic regression models of the association between GGT results and interventions included race/ethnicity, age, family history, local/distant metastasis, and log-transformed time from BC dx to GGT. Chi-square tests were used to compare demographics of VUS pts to other pts. Significance was set to p < 0.05. Results: The cohort consisted of 19,334 pts (2005 VUS, 16,062 negative, 1,267 positive): 68% White, 25% lymph node involvement, 63% cancer family history, 28% Medicare/Medicaid, mean (SD) age at testing: 53 (11) and mean (SD) days from dx to GGT: 37 (25). VUS pts were more likely to be non-White (p < 0.001). VUS pts were not more likely than negative pts to undergo BC-related therapies or surveillance, except for (anthracycline) chemotherapy (Table). In contrast, positive pts had significantly greater odds than negative pts of bilateral mastectomy, platinum/anthracycline chemotherapy, PARP inhibitors, and breast MRI. Conclusions: In a contemporary, real-world cohort of nearly 20,000 BC patients, receipt of BC-related interventions was similar in VUS and negative pts. VUS results do not appear to prompt guideline-discordant management, though the finding of increased anthracycline use needs further study. [Table: see text]

Abstract Zebrafish have eyes similar to humans, making them a beneficial model organism for studying vision. However, zebrafish are different in that they can regenerate their optic nerve after injury, which most other animals cannot. Measuring vision in people who have communicative ability is achieved using eye charts. Because fish cannot use an eye chart, we utilize the optokinetic response (OKR) that is present in virtually all vertebrates to determine if a zebrafish has eyesight. To this end, we have developed an inexpensive OKR setup that uses 3D-printed and off-the-shelf parts. This setup has been designed and used by undergraduate researchers and is also scalable to a classroom lab setup. We demonstrate that this setup is fully functional for assessing OKR, and we use it to illustrate the return of the OKR following optic nerve injury in adult zebrafish.