Bacterial relatedness measured using select chromosomal loci forms the basis of public health genomic surveillance. While approximating vertical evolution through this approach has proven exceptionally valuable for understanding pathogen dynamics, it excludes a fundamental dimension of bacterial evolution-horizontal gene transfer. Incorporating the accessory genome is the logical remediation and has recently shown promise in expanding epidemiological resolution for enteric pathogens. Employing

Abstract Public health genomic surveillance systems typically measure genome relatedness and infer molecular epidemiological relationships using chromosomal loci alone – an approximation of vertical evolution, or homology-by-descent. The accessory genome, composed of plasmids and other mobile genetic elements, reflects horizontal gene transfer and serves as an important mechanism of bacterial evolution, enabling rapid adaptation. Measuring homology in the accessory genome – homology-by-admixture – could offer important molecular epidemiological information for public health application. We applied Jaccard Index and a novel genome length distance metric to compute pangenome relatedness for the globally-important pathogen Salmonella enterica serotype Typhi (Typhi), and graphically express both homology-by-descent and homology-by-admixture in a reticulate network. Jaccard Index Network Analysis revealed structure in the Typhi pangenome that can be harnessed to enhance discriminatory power for surveillance, track antimicrobial resistance, and refine our understanding of homology for outbreak management and prevention. This offers a more intricate, multidimensional framework for understanding pathogen evolution. Significance Statement Bacterial relatedness is often measured and visualized using chromosomal comparison and phylogenetic trees. While valuable, this approach captures only the vertical evolutionary dimension and excludes genetic material acquired or lost through horizontal gene transfer. We present an approach for measuring and visualizing bacterial relatedness using all core and accessory genetic material and discuss the interpretation of resulting reticulate networks of bacterial genomes. In application to Salmonella Typhi, Jaccard Index Network Analysis revealed structure in populations of this pathogen that may be harnessed for public health applications. This approach captures both vertical and horizontal evolutionary dimensions, offering an intricate genetic framework for exploring pathogen evolution.

Abstract Background While vaccination is the most effective way to prevent influenza infection and adverse outcomes, and despite WHO recommendations to vaccinate pregnant persons, access to seasonal influenza vaccines remains low. We explored knowledge, attitudes, and practices of pregnant persons about seasonal influenza vaccines to inform actions to improve vaccine uptake among this priority population. Methods We pooled individual-level data from cross-sectional surveys assessing pregnant persons’ attitudes toward seasonal influenza vaccines in eight low- and middle-income countries during 2018-2019. The eight countries used a standard protocol and questionnaire to measure attitudes and intents toward influenza vaccination. We stratified by country-level (presence/absence of a national influenza vaccination program, country income group, geographic region) and individual-level factors. Findings Our analysis included 8,556 pregnant persons from eight low- and middle-income countries with and without seasonal influenza vaccination programs. Most pregnant persons (6,323, 74%) were willing to receive influenza vaccine if it was offered for free. Willingness differed by presence of an existing influenza vaccination program; acceptance was higher in countries without influenza vaccination programs (2,383, 89%) than in those with such programs (3,940, 67%, p < 0.001). Interpretation Most pregnant persons in middle-income countries, regardless of influenza vaccination program status, were willing to be vaccinated against influenza if the vaccine was provided free of charge. National investments in influenza vaccination programs may be well-received by pregnant persons, leading to averted illness both in pregnant persons themselves and in their newborn babies. Funding US Centers for Disease Control and Prevention