Diverse mammalian species display susceptibility to and infection with SARS-CoV-2. Potential SARS-CoV-2 spillback into rodents is understudied despite their host role for numerous zoonoses and human proximity. We assessed exposure and infection among white-footed mice (Peromyscus leucopus) in Connecticut, USA. We observed 1% (6/540) wild-type neutralizing antibody seroprevalence among 2020-2022 residential mice with no cross-neutralization of variants. We detected no SARS-CoV-2 infections via RT-qPCR, but identified non-SARS-CoV-2 betacoronavirus infections via pan-coronavirus PCR among 1% (5/468) of residential mice. Sequencing revealed two divergent betacoronaviruses, preliminarily named Peromyscus coronavirus-1 and -2. Both belong to the Betacoronavirus 1 species and are ~90% identical to the closest known relative, Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus. Low SARS-CoV-2 seroprevalence suggests white-footed mice may not be sufficiently susceptible or exposed to SARS-CoV-2 to present a long-term human health risk. However, the discovery of divergent, non-SARS-CoV-2 betacoronaviruses expands the diversity of known rodent coronaviruses and further investigation is required to understand their transmission extent.

Significant variations have been observed in viral copies generated during SARS-CoV-2 infections. However, the factors that impact viral copies and infection dynamics are not fully understood, and may be inherently dependent upon different viral and host factors. Here, we conducted virus whole genome sequencing and measured viral copies using RT-qPCR from 9,902 SARS-CoV-2 infections over a 2-year period to examine the impact of virus genetic variation on changes in viral copies adjusted for host age and vaccination status. Using a genome-wide association study (GWAS) approach, we identified multiple single-nucleotide polymorphisms (SNPs) corresponding to amino acid changes in the SARS-CoV-2 genome associated with variations in viral copies. We further applied a marginal epistasis test to detect interactions among SNPs and identified multiple pairs of substitutions located in the spike gene that have non-linear effects on viral copies. We also analyzed the temporal patterns and found that SNPs associated with increased viral copies were predominantly observed in Delta and Omicron BA.2/BA.4/BA.5/XBB infections, whereas those associated with decreased viral copies were only observed in infections with Omicron BA.1 variants. Our work showcases how GWAS can be a useful tool for probing phenotypes related to SNPs in viral genomes that are worth further exploration. We argue that this approach can be used more broadly across pathogens to characterize emerging variants and monitor therapeutic interventions.