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Elisia Villemure
Author with expertise in Targeted Protein Degradation in Biomedical Research
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Engineering ERα degraders with pleiotropic ubiquitin ligase ligands maximizes therapeutic efficacy by co-opting distinct effector ligases

Anna Shemorry et al.Jun 9, 2024
Summary Proximity-inducing compounds that modulate target protein homeostasis are an emerging therapeutic strategy [1]. While the inherent complexity of these bifunctional compounds poses challenges for rational design and bioavailability, their composition also provides opportunities to co-opt specific cellular proteins to maximize therapeutic impact. Here, we systematically evaluate the cellular efficacy, biophysical mechanisms, and therapeutic benefits of a series of bifunctional degrader compounds, that are all engineered with the Estrogen Receptor-alpha (ERα)-inhibitor endoxifen linked to different bioactive ubiquitin ligase ligands. Bifunctional ERα degraders that incorporate CRL4-CRBN-binding ligands promoted the most potent ERα degradation, whereas those incorporating either CRL2-VHL- or IAP-binding ligands maximized the depth of ERα degradation. Notably, ERα degraders containing pan-IAP antagonist ligands significantly decreased the proliferation of ERα-dependent cells relative to clinical-stage ERα-degraders, including the SERDs fulvestrant and GDC-9545 and the bifunctional degrader ARV-471. Mechanistic studies revealed that pan-IAP antagonist-based ERα degraders uniquely promote TNFα-dependent cell death, unlike the clinical-stage comparators. Remarkably, the pan-IAP antagonist-ERα-degraders co-opt distinct effector ligases to achieve dual therapeutic effects: they harness XIAP within tumor cells to promote ERα degradation, and activate cIAP1/2 within tumor and immune cells to induce TNFα that drives tumor cell death. Our studies demonstrate a broader concept that co-opting the discrete functions of a selected set of cellular effectors, while simultaneously modulating therapeutic target protein homeostasis, are dual strategies that can be leveraged to maximize the efficacy of induced proximity therapeutics.
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Targeting the Hippo pathway in cancers via ubiquitination dependent TEAD degradation

Trang Pham et al.Jan 1, 2023
The Hippo pathway is among the most frequently altered key signaling pathways in cancer. TEAD1-4 are essential transcription factors and key downstream effectors in the Hippo pathway. Here we identified RNF146 as a ubiquitin ligase (E3) that can catalyze TEAD ubiquitination and negatively regulate their function in cells. We show that this ubiquitin of TEADs is governed by their PARylation state and validated the genetic interaction between RNF146 and the Hippo pathway in cancer cell lines and the model organism Drosophila melanogaster. Furthermore, we demonstrate that pharmacologically induced ubiquitination of TEADs by heterobifunctional chemical inducers of protein degradation (CIDE) molecules can promote potent pan-TEAD degradation. These TEAD-CIDEs can effectively suppress activation of TEAD target genes in a dose-dependent manner and exhibited significant anti-proliferative effects in Hippo-dependent tumor cells, thus phenocopy the effect of genetic ablation of TEAD protein. Collectively, this study demonstrates a post-translational mechanism of TEAD protein regulation and provides a proof-of-concept demonstration that pharmacological induced TEAD ubiquitination could be an effective therapeutic strategy to target Hippo-driven cancers.
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Tactics and Strategies for the Synthesis of Cereblon Ligands

Elisia Villemure et al.Jul 16, 2024
Abstract Targeted protein degradation (TPD) has emerged as an important strategy to target disease-relevant proteins that were previously considered difficult to drug or even undruggable. Cereblon (CRBN) plays an outsized role in TPD as a preferred degradation-inducing effector protein for several reasons, including its anticipated broad protein substrate scope and its ligandability with drug-like small molecules. Notably, CRBN-based molecular glue degraders (MGDs) and proteolysis targeting chimeras (PROTACs) have shown success in clinical trials and, in some cases, as approved drugs. Thus, the interest in CRBN ligands within the pharmaceutical industry and academia has increased dramatically in recent years, highlighting the need for robust synthetic approaches towards them. This short review summarizes tactics and strategies to synthesize CRBN ligands, including the most recent developments in the field. Particular emphasis is put on the construction and direct functionalization of key CRBN binding motifs such as glutarimides and dihydrouracils. 1 Introduction 2 Cereblon Ligands with Glutarimide Binding Motif 3 Cereblon Ligands with Dihydrouracil Binding Motif 4 Cereblon Ligands with Other Binding Motifs 5 Conclusions and Outlook