Abstract Although it is well documented that mountains tend to exhibit high biodiversity, how geological processes affect the assemblage of montane floras is a matter of ongoing research. Here, we explore landform-specific differences among montane floras based on a dataset comprising 17,576 angiosperm species representing 140 Chinese mountain floras, which we define as the collection of all angiosperm species growing on a specific mountain. Our results show that igneous bedrock (granitic and karst-granitic landforms) is correlated with higher species richness and phylogenetic overdispersion, while the opposite is true for sedimentary bedrock (karst, Danxia, and desert landforms), which is correlated with phylogenetic clustering. Furthermore, we show that landform type was the primary determinant of the assembly of evolutionarily older species within floras, while climate was a greater determinant for younger species. Our study indicates that landform type not only affects montane species richness, but also contributes to the composition of montane floras. To explain the assembly and differentiation of mountain floras, we propose the ‘floristic geo-lithology hypothesis’, which highlights the role of bedrock and landform processes in montane floristic assembly and provides insights for future research on speciation, migration, and biodiversity in montane regions.

With more than 200 species of native Rubus, China is considered a center of diversity for this genus. Due to a paucity of molecular markers, the phylogenetic relationships for this genus are poorly understood. In this study, we sequenced and assembled the plastomes of 22 out of 204 Chinese Rubus species (including varieties) from three of the eight sections reported in China, i.e., the sections Chamaebatus, Idaeobatus, and Malachobatus. Plastomes were annotated and comparatively analyzed with the inclusion of two published plastomes. The plastomes of all 24 Rubus species were composed of a large single-copy region (LSC), a small single-copy region (SSC), and a pair of inverted repeat regions (IRs), and ranged in length from 155,464 to 156,506 bp. We identified 112 unique genes, including 79 protein-coding genes, 29 transfer RNAs, and four ribosomal RNAs. With highly consistent gene order, these Rubus plastomes showed strong collinearity, and no significant changes in IR boundaries were noted. Nine divergent hotspots were identified based on nucleotide polymorphism analysis: trnH-psbA, trnK-rps16, rps16-trnQ-psbK, petN-psbM, trnT-trnL, petA-psbJ, rpl16 intron, ndhF-trnL, and ycf1. Based on whole plastome sequences, we obtained a clearer phylogenetic understanding of these Rubus species. All sampled Rubus species formed a monophyletic group; however, sections Idaeobatus and Malachobatus were polyphyletic. These data and analyses demonstrate the phylogenetic utility of plastomes for systematic research within Rubus.

Some species in the Sect. Oleifera of the genus Camellia L. known as oil-seed camellia because of their high oil content and economic value. Additional studies aimed at clarifying the phylogenetic relationships and chloroplast genomes of Camellia species are needed to hybridization, as well as improve the breeding, selection and interspecific hybridization of Camellia species. The complete chloroplast genomes (cpDNA) of the four oil-seed camellia species C. semiserrata, C. meiocarpa, C. suaveolens, and C. osmantha were resequenced to clarify their interspecific relationships. These cpDNA had typical tetrad structures, and they were highly conserved in various structural features. The total lengths of the cpDNA ranged from 156,965 to 157,018 bp, and 134 genes were annotated, including 88 protein-coding genes, 37 transfer RNA genes, and 8 messenger RNA genes. The average GC content of these genomes was 37.3%. The codons with the highest and lowest codon usage bias were UUA (which codes for leucine) and AGC (which codes for serine), respectively. The number of simple sequences repeats of the four Camelia species ranged from 38 to 40. Mononucleotide repeats were the most common repeat type, followed by tetranucleotide, trinucleotide, and hexanucleotide repeats. Our phylogenetic analysis of cpDNA, coupled with the results of previous ploidy analyses and artificial interspecific hybridization, revealed that C. semiserrata was most closely related to C. azalea, C. suaveolens was most closely related to C. gauchowensis, C. osmantha was most closely related to C. vietnamensis, and C. meiocarpa was most closely related to C. oleifera. The phylogenetic relationships between oil-seed camellia species with high oil content and economic value were characterized. Our analysis of the cpDNA provided new insights that will aid the use of artificial distant hybridization in camellia breeding programs.

The wild raspberry species Rubus sumatranus Miq 1861 is a promising resource for breeding thermotolerant cultivars. Its complete chloroplast genome spans 155,935 base pairs (bp), featuring the classic quadripartite structure: an 18,729 bp small single-copy region, an 85,662 bp large single-copy region, and two 25,772 bp inverted repeats. A total of 130 genes were identified, including 86 protein-coding, 36 tRNA genes, and 8 rRNA genes. A maximum likelihood phylogenetic tree based on chloroplast genomes shows that R. sumatranus, within the subgenus Idaeobatus, is sister to the subgenus Batothamnus. This confirms the polyphyletic nature of the subgenus Idaeobatus. The chloroplast genome assembly of R. sumatranus enhances our understanding of its evolutionary history.