1. Introduction: The Social Construction of Urbanism:. Why Social Practices?. Why Transnational Urbanism?. Why Agency--oriented Urban Theory?. On Social Constructionism. The Architectonics Ahead. Locating Globalization. Reconstructing Urban Theory. Part I: Locating Globalization: . 2. The as Globalisma s Other: The Confines of the Master Narrative of Time--Space Compression. Beyond Technological Determinism. Cultural Reductionism. Postmodern Subjectivity, Political Fragmentation, and Identity Politics. Essentializing Class and Marginalizing Gender. The Political Geography of Difference. An Alternative View of Urban Politics. Beyond Binary Dualities. 3. The Cities Discourse: A Return to the Master Narrative?. Reconsidering the City Thesis. The Limits of Economism. Historicizing the City. The Global Governance Agenda. Urbanism: Beyond Reification. 4. Reimagining Los Angeles from the Ground Up. Mexican Transmigration to Los Angeles The Legacy of Empire. The Social Construction of Local Economic Development. Urbanism and the Ethnic Economy. Constructing and Reconstructing Koreatown. Beyond Victimization. Part II: Reconstructing Urban Theory:. 5. Re--presenting the Local: Beyond Communitarian Metaphors. Localities as Defensive Community Formations. Rethinking the Boundaries of Locality. Localities and the Politics of Difference. The Social Construction of Space as Place. Rethinking the Politics of Everyday Life. Place--Making. 6. Beyond the Postmodern City: Rethinking Ethnography for Times. Social Constructionism and Postmodern Social Inquiry. Questioning the Knower and the Known. Constructing the Subject. The Uses and Limits of Postmodern Ethnography. Hybrid Subjects in Patterned Networks. The Border Crossings of Ethnography. 7. Transnationalizing the Grassroots. The Rise of Grassroots Politics. Transnationalizing Urban Research. Beyond the Global--Local Duality. Thinking Locally and Acting Globally. Bifocal Border Crossers. The Politics of Simultaneity. The Production of Political Space. 8. From Globalization to Urbanism. The Agency of Networks. The Rise of Translocalities Questioning the Post--national Discourse. Towards a Urban Studies. Comparative Transnationalisms. Summing Up. Epilogue. 9. Epilogue: The City as Crossroads. Index.

ABSTRACT Dysregulated cellular metabolism is a hallmark of cancer. As yet, few druggable oncoproteins directly responsible for this hallmark have been identified. Increased fatty acid acquisition allows cancer cells to meet their membrane biogenesis, ATP, and signaling needs. Excess fatty acids suppress growth factor signaling and cause oxidative stress in non-transformed cells, but surprisingly not in cancer cells. Molecules underlying this cancer adaptation may provide new drug targets. Here, we identify Diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1), an enzyme integral to triacylglyceride synthesis and lipid droplet formation, as a frequently up-regulated oncoprotein allowing cancer cells to tolerate excess fatty acids. DGAT1 over-expression alone induced melanoma in zebrafish melanocytes, and co-operated with oncogenic BRAF or NRAS for more rapid melanoma formation. Mechanistically, DGAT1 stimulated melanoma cell growth through sustaining mTOR kinase–S6 kinase signaling and suppressed cell death by tempering fatty acid oxidation, thereby preventing accumulation of reactive oxygen species including lipid peroxides. SIGNIFICANCE We show that DGAT1 is a bona fide oncoprotein capable of inducing melanoma formation and co-operating with other known drivers of melanoma. DGAT1 facilitates enhanced fatty acid acquisition by melanoma cells through suppressing lipototoxicity. DGAT1 is also critical for maintaining S6K activity required for melanoma cell growth.

SUMMARY Integration of signalling downstream of individual receptor tyrosine kinases (RTKs) is crucial to fine tune cellular homeostasis during development and in pathological conditions, including breast cancer. However, how signalling integration is regulated and whether the endocytic fate of single receptors controls such signalling integration remains poorly elucidated. Combining quantitative phosphoproteomics and targeted assays, we generated a detailed picture of recycling-dependent fibroblast growth factor (FGF) signalling in breast cancer cells, with a focus on distinct FGF receptors (FGFRs). We discovered reciprocal priming between FGFRs and epidermal growth factor (EGF) receptor (EGFR) that is coordinated at recycling endosomes. FGFR recycling ligands induce EGFR phosphorylation on threonine 693. This phosphorylation event alters both FGFR and EGFR trafficking and primes FGFR-mediated proliferation but not cell invasion. In turn, FGFR signalling primes EGF-mediated outputs via EGFR threonine 693 phosphorylation. This reciprocal priming between distinct families of RTKs from recycling endosomes exemplifies a novel signalling integration hub where recycling endosomes orchestrate cellular behaviour. Therefore, targeting reciprocal priming over individual receptors may improve personalized therapies in breast and other cancers.

Abstract High-throughput ‘omics methods result in lists of differentially regulated or expressed genes or proteins, whose function is generally studied through statistical methods such as enrichment analyses. One aspect of protein regulation is subcellular localization, which is crucial for their correct processing and function and can change in response to various cellular stimuli. Enrichment of proteins for subcellular compartments is often based on Gene Ontology Cellular Compartment annotations. Results of enrichment are typically visualized using bar-charts, however enrichment analyses can result in a long list of significant annotations which are highly specific, preventing researchers from gaining a broad understanding of the subcellular compartments their proteins of interest may be located in. Schematic visualization of known subcellular locations has become increasingly available for single proteins via the UniProt and COMPARTMENTS platforms. However, it is not currently available for a list of proteins (e.g. from the same experiment) or for visualizing the results of enrichment analyses. To generate an easy-to-interpret visualization of protein subcellular localization after enrichment we developed the SubcellulaRVis web app, which visualizes the enrichment of subcellular locations of gene lists in an easy and impactful manner. SubcellulaRVis projects the results of enrichment analysis on a graphical representation of a eukaryotic cell. Implemented as a web app and an R package, this tool is user-friendly, provides exportable results in different formats, and can be used for gene lists derived from multiple organisms. Here, we show the power of SubcellulaRVis to assign proteins to the correct subcellular compartment using gene list enriched in previously published spatial proteomics datasets. We envision SubcellulaRVis will be useful for cell biologists with limited bioinformatics expertise wanting to perform precise and quick enrichment analysis and immediate visualization of gene lists. Author Summary Cells contain intracellular compartments, such as membrane-bound organelles and the nucleus, and are surrounded by a plasma membrane. Proteins can be found in different cellular compartments; depending on the subcellular compartment they are localized to, they can be differentially regulated or perform location-specific functions. High-throughput ‘omics experiments result in a list of proteins or genes of interest; one way in which their functional role can be understood is through their subcellular localization, as deduced through statistical enrichment for Gene Ontology Cellular Component (GOCC) annotations or similar. We have designed a bioinformatic tool, named SubcellulaRVis, that compellingly visualizes the results of protein localization after enrichment and simplifies the results for a quick interpretation. We demonstrate that SubcellulaRVis precisely describes the subcellular localization of gene lists whose locations have been previously ascertained in publications. SubcellulaRVis can be accessed via the web or as a stand-alone app. SubcellulaRVis will be useful for experimental biologists with limited bioinformatics expertise analyzing data related to cellular signalling, protein (re)localization and regulation, and location-specific functional modules within the cell.

Summary Receptor Tyrosine Kinase (RTK) endocytosis-dependent signalling drives cell proliferation and motility during development and adult homeostasis, but is dysregulated in diseases, including cancer. The recruitment of RTK signalling partners during endocytosis, specifically during recycling to the plasma membrane, is still unknown. Focusing on Fibroblast Growth Factor Receptor 2b (FGFR2b) recycling, we revealed FGFR signalling partners proximal to recycling endosomes (REs) by developing a Spatially Resolved Phosphoproteomics (SRP) approach based on APEX2-driven biotinylation followed by phosphopeptide enrichment. Combining this with traditional phosphoproteomics, bioinformatics, and targeted assays, we uncovered that FGFR2b stimulated by its recycling ligand FGF10 activates mTOR-dependent signalling and ULK1 at the REs, leading to autophagy suppression and cell survival. This adds to the growing importance of RTK recycling in orchestrating cell fate and suggests a therapeutically targetable vulnerability in ligand-responsive cancer cells. Integrating SRP with other systems biology approaches provides a powerful tool to spatially resolve celllar signalling.

Abstract Breast cancer remains a leading cause of mortality, predominantly due to the development of metastases to vital organs. At present, predictive biomarkers of organ specific metastasis and therapies targeted to the metastatic niche are limited. Here, to identify the molecular determinants of breast cancer metastasis we analysed patient-derived breast tumours by combining quantitative proteomics, bioinformatics, and functional assays in vitro and in vivo. We identified elevated levels of the protein Osteomodulin (OMD) associated with breast cancer bone metastases in patient-derived samples. OMD overexpression in the breast cancer MDA-MB-231 cell model significantly increases cell migration in vitro and promotes the formation of bone metastases in vivo . Phosphoproteomics analysis of MDA-MB-231 cells expressing OMD identifies active Cyclin-dependent kinase 1 (CDK1) downstream of OMD. The importance of the OMD-CDK1 axis was validated using two independent phosphoproteomics datasets analysing patient-derived breast cancer samples. We also show that the OMD-CDK1 axis drives cell migration and cell viability in vitro and the formation of bone metastases in vivo . Finally, CDK1 inhibition reduces in vitro cell viability of an independent cohort of metastatic patient samples showing high CDK1 activity. Therefore, the OMD-CDK1 axis will determine which breast cancer patients develop bone metastases and is a therapeutic target to treat or prevent breast cancer bone metastases.

Abstract Adaptive resistance limits immune checkpoint blockade therapy (ICBT) response duration and magnitude. Interferon γ (IFNγ), a critical cytokine that promotes cellular immunity, also induces adaptive resistance to ICBT. Using syngeneic mouse tumour models, we confirmed that chronic IFNγ exposure confers resistance to anti-Programmed cell death protein 1 (α-PD-1) therapy. We identified consistent upregulation of poly-ADP ribosyl polymerase 14 (PARP14) in both chronic IFNγ-treated cancer cells and patient melanoma with elevated IFNG expression. Knockdown or pharmacological inhibition of PARP14 increased effector T cell infiltration into tumours derived from cells pre-treated with IFNγ and decreased the presence of regulatory T cells, leading to restoration of α-PD-1 sensitivity. Finally, we determined that tumours which spontaneously relapsed following α-PD-1 therapy could be re-sensitised upon receiving PARP14 inhibitor treatment, establishing PARP14 as an actionable target to reverse IFNγ-driven ICBT resistance.