SARS-CoV-2 typically utilises host angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a cellular surface receptor and host serine protease TMPRSS2 for the proteolytic activation of viral spike protein enabling viral entry. Although macrophages express low levels of ACE2, they are often found positive for SARS-CoV-2 in autopsied lungs from COVID-19 patients. As viral-induced macrophage inflammation and overwhelming cytokine release are key immunopathological events that drives exacerbated tissue damage in severe COVID-19 patients, insights into the entry of SARS-CoV-2 into macrophages are therefore critical to understand COVID-19 pathogenesis and devise novel COVID-19 therapies. Mounting evidence suggest that COVID-19 pathogenesis is associated with apoptosis, a type of programmed cell death that often leads to the release of numerous large extracellular vesicles (EVs) called apoptotic bodies (ApoBDs). Here, we showed that ApoBDs derived from SARS-CoV-2-infected cells carry viral antigens and infectious virions. Human monocyte-derived macrophages readily efferocytosed SARS-CoV-2-induced ApoBDs, resulting in SARS-CoV-2 entry and pro-inflammatory responses. To target this novel ApoBD-mediated viral entry process, we screened for ApoBD formation inhibitors and discovered that T-type voltage-gated calcium channel (T-channel) blockers can inhibit SARS-CoV-2-induced ApoBD formation. Mechanistically, T-channel blockers impaired the extracellular calcium influxes required for ApoBD biogenesis. Importantly, blockade of ApoBD formation by T-channel blockers were able to limit viral dissemination and virus-induced macrophage inflammation in vitro and in a pre-clinical mouse model of severe COVID-19. Our discovery of the ApoBD-efferocytosis-mediated viral entry reveals a novel route for SARS-CoV-2 infection and cytokine storm induction, expanding our understanding of COVID-19 pathogenesis and offering new therapeutic avenues for infectious diseases.

Mucosa-associated invariant T (MAIT) cells are abundant antimicrobial T cells in humans, and recognize antigens derived from the microbial riboflavin biosynthetic pathway presented by the MHC-Ib-related protein (MR1). However, the mechanisms responsible for MAIT cell antimicrobial activity are not fully understood, and the efficacy of these mechanisms against antibiotic resistant bacteria has not been explored. Here, we show that MAIT cells mediate MR1-restricted antimicrobial activity against E. coli clinical strains in a manner dependent on the activity of cytolytic proteins, but independent of production of pro-inflammatory cytokines or induction of apoptosis in infected cells. The combined action of the pore-forming antimicrobial protein granulysin and the serine protease granzyme B released in response to TCR-mediated recognition of MR1-presented antigen is essential to mediate control against both cell-associated and free-living E. coli . Furthermore, MAIT cell-mediated bacterial control extend to multidrug-resistant E. coli primary clinical isolates additionally resistant to carbapenems, a class of last resort antibiotics. Notably, high levels of granulysin and granzyme B in the MAIT cell secretomes directly damage bacterial cells by increasing their permeability, rendering initially resistant E. coli susceptible to the bactericidal activity of carbapenems. These findings define the role of cytolytic effector proteins in MAIT cell-mediated antimicrobial activity, and indicate that granulysin and granzyme B synergize to restore carbapenem bactericidal activity and overcome carbapenem resistance in E. coli.